Domena Semy
 Domena Sema, domena immunoglobuliny (Ig), krótkie podstawowe
| |||||||||
| identyfikatory domen | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Symbol | Sema | ||||||||
| Pfam | PF01403 | ||||||||
| InterPro | IPR001627 | ||||||||
| PROZYTA | PDOC51004 | ||||||||
| SCOP2 | 1olz / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| Błona | 71 | ||||||||
| |||||||||
Domena Sema jest domeną strukturalną semaforyn , które są dużą rodziną wydzielanych i transbłonowych białek, z których niektóre działają jako sygnały odstraszające podczas kierowania aksonami . Domeny Sema występują również w receptorze czynnika wzrostu hepatocytów (Uniprot:), Pleksynie-A3 (Uniprot:) iw białkach wirusowych.
CD100 (zwany także SEMA4D ) jest związany z aktywnością PTPazy i kinazy serynowej . CD100 zwiększa indukowaną przez PMA, CD3 i CD2 proliferację komórek T, zwiększa adhezję komórek T indukowaną przez CD45, indukuje homotypową adhezję komórek B i obniża ekspresję CD23 w komórkach B.
Domena Sema charakteryzuje się konserwatywnym zestawem reszt cysteiny, które tworzą cztery wiązania dwusiarczkowe w celu ustabilizowania struktury. Fałd domeny Sema jest odmianą topologii śmigła beta, z siedmioma łopatami rozmieszczonymi promieniowo wokół osi centralnej. Każde ostrze zawiera czteroniciowy (nici od A do D) antyrównoległy arkusz beta. Wewnętrzne pasmo każdej łopaty (A) wyznacza kanał w środku śmigła, przy czym pasma B i C tego samego powtórzenia rozchodzą się promieniście na zewnątrz, a pasmo D następnego powtórzenia tworzy zewnętrzną krawędź łopaty. Duży rozmiar domeny Sema nie jest spowodowany pojedynczą wstawioną domeną, ale wynika z obecności dodatkowych elementów struktury drugorzędowej umieszczonych w większości ostrzy. Domena Sema wykorzystuje system „pętli i haczyka”, aby zamknąć krąg między pierwszym a ostatnim ostrzem. Łopatki są zbudowane sekwencyjnie z N-końcową nicią beta zamykającą okrąg, zapewniając najbardziej zewnętrzną nić (D) siódmej (C-końcowej) łopatki. Śmigło beta jest dodatkowo stabilizowane przez przedłużenie N-końca, zapewniając dodatkową, piątą nić beta na zewnętrznej krawędzi łopaty 6.
Białka ludzkie zawierające tę domenę
MET ; MST1R ; PLXNA1 ; PLXNA2 ; PLXNA3 ; PLXNA4; PLXNB1 ; PLXNB2 ; PLXNB3 ; PLXND1 ; SEMA3A ; SEMA3B ; SEMA3C ; SEMA3D; SEMA3E; SEMA3F ; SEMA3G; SEMA4A ; SEMA4B ; SEMA4C ; SEMA4D ; SEMA4F ; SEMA4G ; SEMA5A ; SEMA5B; SEMA6A ; SEMA6B; SEMA6C ; SEMA6D; SEMA7A ;