Domena wiążąca metylo-CpG
| MBD | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 ludzkich
| |||||||||
| identyfikatorów MECO2 | |||||||||
| Symbol | MBD | ||||||||
| Pfam | PF01429 | ||||||||
| Klan Pfam | CL0081 | ||||||||
| InterPro | IPR001739 | ||||||||
| SCOP2 | 1qk9 / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00122 | ||||||||
| |||||||||
Domena wiążąca metylo-CpG (MBD) w biologii molekularnej wiąże się z DNA , które zawiera jeden lub więcej symetrycznie zmetylowanych CpG . MBD ma znikome niespecyficzne powinowactwo do niemetylowanego DNA. Odcisk stopy in vitro z białkiem chromosomalnym MeCP2 wykazał, że MBD może chronić region 12 nukleotydów otaczający parę metylową CpG.
Metylacja DNA w dinukleotydach CpG, najczęstsza modyfikacja DNA u eukariontów, jest związana z różnymi zjawiskami, takimi jak zmiany w strukturze chromatyny, imprinting genomowy , inaktywacja transpozonu i chromosomu X , różnicowanie i rak . W efektach metylacji DNA pośredniczą białka , które wiążą się z symetrycznie metylowanymi CpG. Takie białka zawierają specyficzną domenę ~70 reszt, domenę wiążącą metylo-CpG (MBD), która jest połączona z dodatkowymi domeny związane z chromatyną, takie jak bromodomena , motyw haka AT , domena SET lub palec PHD . Białka zawierające MBD wydają się działać jako białka strukturalne , które rekrutują różne kompleksy deacetylazy histonowej (HDAC) i czynniki przebudowy chromatyny , prowadząc do zagęszczania chromatyny, aw konsekwencji do represji transkrypcji . MBD MeCP2, MBD1 , MBD2 , MBD4 i BAZ2 pośredniczą w wiązaniu z DNA, aw przypadku MeCP2, MBD1 i MBD2 preferencyjnie z metylowanym CpG. W ludzkich MBD3 i SETDB1 wykazano, że MBD pośredniczy w interakcjach białko-białko . MBD znajdują się również w demetylazie DNA .
MBD składa się w strukturę kanapkową alfa / beta zawierającą warstwę skręconego arkusza beta, wspartą inną warstwą utworzoną przez helisę alfa1 i pętlę spinki do włosów na C-końcu. Obie te warstwy są amfipatyczne , z helisą alfa1 i arkuszem beta leżącymi równolegle, a hydrofobowe powierzchnie są ciasno upakowane względem siebie. Arkusz beta składa się z dwóch długich nici wewnętrznych (beta2 i beta3) umieszczonych pomiędzy dwoma krótszymi pasmami zewnętrznymi (beta1 i beta4).
Struktura domeny MBD związanej z metylowanym DNA została rozwiązana (). Rozpoznaje uwodnienie głównego rowka w miejscach metylowanych.