Walka z AIDS@Dom
FightAIDS@Home („Walcz z AIDS w domu”) to wolontariacki projekt komputerowy prowadzony przez Olson Laboratory w The Scripps Research Institute . Działa na podłączonych do internetu komputerach domowych, a od lipca 2013 r. także na smartfonach i tabletach z Androidem . Jego celem jest wykorzystanie technik symulacji oprogramowania biomedycznego do poszukiwania sposobów leczenia lub zapobiegania rozprzestrzenianiu się HIV/AIDS .
Metody
Celem Olsona jest proteaza HIV, kluczowa maszyna molekularna wirusa, która po zablokowaniu powstrzymuje dojrzewanie. Te blokery, znane jako „ inhibitory proteazy ”, są zatem sposobem na uniknięcie wystąpienia AIDS i przedłużenie życia. Laboratorium Olsona wykorzystuje metody obliczeniowe do identyfikacji nowych leków kandydujących, które mają odpowiedni kształt i właściwości chemiczne do blokowania proteazy HIV. To ogólne podejście nazywane jest projektowaniem leków opartym na strukturze i według National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences wywarło już dramatyczny wpływ na życie ludzi żyjących z AIDS.
FightAIDS@Home korzysta z oprogramowania AutoDock VINA , które sprawdza, jak dobrze dana cząsteczka wiąże się z proteazą HIV-1 .
W październiku 2015 r. Uruchomiono fazę 2 FightAIDS@Home, wykorzystującą wymagającą obliczeniowo metodę analizy dystrybucji energii wiązania (BEDAM), aby „dokładniej ocenić najlepszych kandydatów na podstawie ogromnej liczby wyników wygenerowanych w fazie 1”.
Historia
Pierwotnie został zaimplementowany przy użyciu rozproszonej infrastruktury oprogramowania obliczeniowego dostarczonej przez Entropia. Jednak od maja 2003 r. FightAIDS@Home nie jest kojarzony z Entropią, a 21 listopada 2005 r. projekt przeniósł się do World Community Grid , a oprogramowanie Entropia zostało porzucone.
Scripps Research Institute opublikował swój pierwszy recenzowany artykuł naukowy na temat wyników FightAIDS@Home 21 kwietnia 2007. W artykule tym wyjaśniono, że dotychczasowe wyniki zostaną wykorzystane przede wszystkim do poprawy wydajności przyszłych obliczeń FightAIDS@Home.
3 lutego 2010 roku w ramach projektu ogłoszono, że znaleziono dwa związki, które umożliwiają stworzenie zupełnie nowej klasy leków zwalczających AIDS: „dwa związki, które działają na nowe miejsca wiązania enzymu używanego przez ludzki wirus upośledzenia odporności (HIV), wirusa który powoduje AIDS. Odkrycie kładzie podwaliny pod rozwój nowej klasy leków przeciw HIV w celu ulepszenia istniejących terapii, leczenia lekoopornych szczepów choroby i spowolnienia ewolucji lekooporności wirusa”.
Wymagania systemowe
Minimalne wymagania systemowe do uruchomienia FightAIDS@home to:
| Pamięć | 250MB _ |
|---|---|
| Twardy dysk | 50MB |
| Grafika komputerowa | opcjonalny |
| Połączenie internetowe |
W przypadku przetwarzania rozproszonego każdy dodany komputer przyspiesza projekt, podczas gdy program ma niewielki wpływ na wydajność maszyny, na której jest zainstalowany, ponieważ proces obliczeniowy można ustawić tak, aby działał w tle z minimalnym priorytetem.
Publikacje
- Chang, Max W.; Lindstrom, William; Olson, Artur J.; Belew, Richard K. (2007). „Analiza struktur HIV typu dzikiego i zmutowanych poprzez dokowanie in silico przeciwko różnym bibliotekom ligandów” (PDF) . J. Chem. Inf. wzór . 47 (3): 1258–1262. doi : 10.1021/ci700044s . PMID 17447753 .
- Perryman, A.; Santiago, D.; Forli S.; Santos-Martins, D.; Olson, A. (2014), „Wirtualne badania przesiewowe za pomocą AutoDock Vina i wspólnego silnika farmakoforowego biblioteki fragmentów i trafień o niskiej różnorodności przeciwko trzem allosterycznym miejscom integrazy HIV: udział w wyzwaniu wiązania białka z ligandem SAMPL4”, Journal of Komputerowo wspomagane projektowanie molekularne , 28 (4): 429–441, Bibcode : 2014JCAMD..28..429P , doi : 10.1007/s10822-014-9709-3 , PMC 4053500 , PMID 24493410
Zobacz też
Linki zewnętrzne
- World Community Grid – Badania – FightAIDS@Home
- FightAIDS@Home zarchiwizowane 08.10.2019 w Wayback Machine w Scripps
- World Community Grid celuje w AIDS w gigantycznym wysiłku badawczym
- Projekt kapsydu HIV-1
Ochotnicze projekty komputerowe