Energia wodna jest drugim najważniejszym źródłem energii odnawialnej po energii słonecznej w Japonii , o zainstalowanej mocy 50,0 gigawatów (GW) od 2019 r. Według Międzynarodowego Stowarzyszenia Energii Wodnej Japonia była szóstym co do wielkości producentem energii wodnej na świecie w 2020 r. Większość japońskich elektrowni wodnych elektrownie to elektrownie szczytowo-pompowe. Konwencjonalne elektrownie wodne stanowią około 20 GW całkowitej mocy zainstalowanej od 2007 roku.
Konwencjonalny potencjał hydroenergetyczny Japonii jest uważany za prawie w pełni rozwinięty, z niewielkimi szansami na dalszy wzrost mocy. W ostatnich latach oddano do użytku prawie wyłącznie elektrownie szczytowo-pompowe, co znacznie zwiększyło stosunek pojemności elektrowni szczytowo-pompowych do konwencjonalnych elektrowni wodnych. Duża pojemność elektrowni szczytowo-pompowej została zbudowana w celu magazynowania energii z elektrowni jądrowych, które działały do czasu katastrofy w Fukushimie stanowiły dużą część produkcji energii elektrycznej w Japonii. Od 2015 roku Japonia jest krajem o największej mocy elektrowni szczytowo-pompowej na świecie, z zainstalowaną mocą 26 GW. Po wyłączeniu elektrowni jądrowych w 2011 r. elektrownie szczytowo-pompowe są coraz częściej wykorzystywane do bilansowania zmiennej generacji odnawialnych źródeł energii, takich jak energia słoneczna, które w ostatnich latach szybko rosną.
We wrześniu 2011 r. Japonia miała 1198 małych elektrowni wodnych o łącznej mocy 3225 megawatów (MW). Mniejsze elektrownie stanowiły 6,6% całkowitej mocy wodnej Japonii. Pozostałą moc wypełniały duże i średnie elektrownie wodne, zazwyczaj zlokalizowane przy dużych tamach. Koszt za kilowatogodzinę energii z mniejszych elektrowni był wysoki i wynosił 15-100 jenów, utrudniając dalszy rozwój źródła energii.
