ORF10

Białko Orf10,
identyfikatory SARS-CoV-2
Symbol Orf10_SARS-CoV-2
InterPro IPR044342

ORF10 to otwarta ramka odczytu (ORF) znaleziona w genomie koronawirusa SARS- CoV -2 . Ma długość 38 kodonów . Nie jest konserwowany we wszystkich sarbecowirusach (w tym SARS-CoV ). W badaniach wywołanych pandemią COVID-19 ORF10 wzbudził zainteresowanie naukowców jako jeden z dwóch wirusowych genów białek pomocniczych, które nie są konserwowane między SARS-CoV i SARS-CoV-2 i został początkowo opisany jako gen kodujący białko prawdopodobnie pod selekcja pozytywna . Jednak chociaż czasami znajduje się na listach genów pomocniczych SARS-CoV-2, dowody eksperymentalne i bioinformatyczne sugerują, że ORF10 prawdopodobnie nie jest funkcjonalnym genem kodującym białka.

Nieruchomości

ORF10 znajduje się poniżej genu N, który koduje białko nukleokapsydu koronawirusa . Jest to opisana otwarta ramka odczytu najdalej na końcu 3' genomu. Koduje hipotetyczne białko składające się z 38 aminokwasów .

Wyrażenie i funkcja

Jest mało prawdopodobne, aby ORF10 ulegało translacji w warunkach naturalnych, ponieważ subgenomowy RNA zawierający region ORF10 nie jest wykrywany, chociaż istnieje pewien sygnał śladu rybosomu . Doniesiono, że po eksperymentalnej nadekspresji białko ORF10 oddziałuje z ZYG11B i jego kompleksem białkowym ligaza kullina-RING . Jednak w badaniach cyklu życiowego wirusa in vitro wykazano, że ta interakcja jest zbędna .

Ewolucja

W niektórych badaniach genomów SARS-CoV-2 opisano ORF10 jako prawdopodobnie funkcjonalną i podlegającą pozytywnej selekcji . Jednak przedwczesne kodony stop zostały zidentyfikowane w wariantach SARS-CoV-2 i wielu sekwencjach Sarbecowirusa , co sugeruje, że domniemany produkt białkowy nie jest niezbędny do replikacji wirusa . Utrata ORF10 również nie wykazała wpływu na replikację w warunkach doświadczalnych in vitro . Zostało to zasugerowane przez analizę bioinformatyczną , która jest oczywista konserwacja sekwencji w ORF10 SARS-CoV-2 może nie wynikać z funkcji kodującej białka, ale z powodu konserwowanej drugorzędowej struktury RNA w regionie. Konserwatywny region, który rozciąga się poza samą ORF10, pokrywa się z pseudowęzła 3' UTR koronawirusa , drugorzędową strukturą, o której wiadomo, że bierze udział w replikacji genomu.