ORF3c

Identyfikatory
ORF3c
Organizm	SARS-CoV-2
Symbol	ORF3c
UniProt	P0DTG1
Szukaj Struktury Model szwajcarski Domeny InterPro

ORF3c to gen występujący w koronawirusach z podrodzaju Sarbecovirus , w tym SARS-CoV i SARS-CoV-2 . Został on po raz pierwszy zidentyfikowany w genomie SARS-CoV-2 i koduje niestrukturalne białko składające się z 41 aminokwasów o nieznanej funkcji. Jest również obecny w genomie SARS-CoV, ale nie został rozpoznany do czasu zidentyfikowania homologu SARS-CoV- 2 .

Nomenklatura

W literaturze naukowej doszło do znacznego zamieszania wokół nazewnictwa białek pomocniczych SARS - CoV-2 , zwłaszcza kilku nakładających się genów z ORF3a . Przewidywany produkt białkowy genu ORF3c był co najmniej raz określany jako „białko 3b”, ale nie należy go mylić z niehomologicznym genem ORF3b . Został również opisany pod nazwami ORF3h i ORF3a.iORF1 . Zalecana nomenklatura dla SARS-CoV-2 używa tego terminu ORF3c dla tego genu.

Genomika porównawcza

ORF3c to nakładający się gen , którego otwarta ramka odczytu nakłada się zarówno na ORF3a , jak i ORF3d w genomie SARS-CoV-2 . To potencjalnie stanowi rzadki przykład wszystkich trzech możliwych ramek odczytu tego samego regionu sekwencji kodującego funkcjonalne białka.

Analizy bioinformatyczne sekwencji sarbecowirusa sugerują, że sekwencja i długość ORF3c są dobrze zachowane , co wskazuje, że prawdopodobnie koduje funkcjonalne białko. Wydaje się podlegać selekcji oczyszczającej .

Nieruchomości

z profilowaniem rybosomów potwierdzają, że gen ORF3c wyraża produkt białkowy. Przewiduje się , że stosunkowo krótkie białko o 41 resztach zawiera domenę transbłonową i ma cechy sugerujące obecność wiroporyny .