Małe RNA kodowane przez wirusa Epsteina-Barra
| EBER1 | |
|---|---|
 Konserwatywna struktura drugorzędowa EBER1.
| |
| Identyfikatory | |
| Symbol | EBER1 |
| Rfam | RF01789 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Gen |
| Domeny | Wirus Epsteina-Barra |
| Struktury PDB | PDBe |
Epsteina -Barra (EBER) to małe niekodujące RNA zlokalizowane w jądrze komórek ludzkich zakażonych wirusem Epsteina-Barra (EBV). Odkryte po raz pierwszy w 1981 roku, EBER są najobficiej występującymi RNA obecnymi w zainfekowanych komórkach. EBER oddziałują z kilkoma białkami gospodarza, tworząc kompleksy rybonukleoproteinowe (RNP). Chociaż dokładna funkcja EBER pozostaje nieuchwytna, proponuje się role w transformacji i onkogenezie .
Tło
EBER1 i EBER2 są krótkimi, odpowiednio 167 i 172 nukleotydami , niekodującymi RNA wzbogaconymi w jądro . Te dwa RNA są transkrybowane przez polimerazę RNA III gospodarza podczas utajonej infekcji EBV.
EBER 1 i 2 można usunąć z genomu wirusa bez zauważalnych zmian fenotypowych , chociaż nigdy nie stwierdzono usunięcia tego w naturze. Sama ekspresja EBER może wywoływać nowotwory u myszy z ciężkim złożonym niedoborem odporności .
EBER1
EBER1 wiąże się z ludzkim białkiem rybosomalnym L22 i powoduje przemieszczanie się tego białka z jąderka do nukleoplazmy . EBER1 również specyficznie oddziałuje z co najmniej trzema hnRNP gospodarza (A1, A2/B1 i D/ AUF1 ).
EBER2
Podobnie jak EBER1, EBER2 ulega bardzo silnej ekspresji w komórkach zakażonych latentnie. W przeciwieństwie do EBER1, sekwencja EBER2 jest mniej konserwatywna w pokrewnych wirusach opryszczki (konserwacja ~ 50%). Jednak struktura drugorzędowa EBER2 jest wysoce konserwatywna (patrz ryc. 1). Wiadomo, że EBER2 wiąże białka komórkowe (w szczególności domenę La ) na swoim końcowym odcinku powtarzających się urydyn ; uważa się jednak, że inne cechy EBER2, zwłaszcza jego dwie długie i wysoce konserwatywne pętle macierzyste , mogą również służyć jako miejsca wiązania nieznanych jeszcze białek.
Richard Ambinder był pionierem zastosowania hybrydyzacji EBER in situ do wykrywania wirusa Epsteina-Barr w próbkach klinicznych w 1990 r. Obfitość celów EBER w komórkach z utajonym zakażeniem EBV i łatwość metod nieizotopowych w utrwalonej formalinie parafinie zatopionej skrawki tkanek sprawiły, że hybrydyzacja EBER in situ doskonale nadaje się do praktyki klinicznej. Wykrywanie EBER stało się integralną częścią rutynowej diagnostyki histopatologicznej.