Ludzka identyczna sekwencja (HIS) to sekwencja elementów RNA o długości 24-27 nukleotydów , którą genomy koronawirusa dzielą z genomem człowieka . W progresji patogennej HIS działa jako NamiRNA (miRNA aktywujący jądro) poprzez sieć wzmacniającą NamiRNA , aby aktywować sąsiednie geny gospodarza. Pierwsze elementy HIS zidentyfikowano w SARS-CoV-2 genom, który ma pięć elementów HIS; inne ludzkie koronawirusy mają od jednego do pięciu. Sugerowano, że sekwencje te można bardziej ogólnie nazwać „sekwencjami identycznymi z gospodarzem”, ponieważ znaleziono podobne korelacje między genomem SARS-CoV-2 a wieloma potencjalnymi gospodarzami (nietoperze, łuskowce, fretki i koty ) .
SARS-CoV-2
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| HIS-SARS2-1 |
26 |
UGUCUAUGCUAAUGGAGGUAAAGGCU |
7570-7595 w ORF1a
|
Chr3 : 124017420-124017395 |
KALRN |
|
| HIS-SARS2-2 |
24 |
UAUAACACAUATAAAAAAUACGUGU |
12494-12517 w ORF1a |
Chr3 : 176597319-176597342 |
|
|
| HIS-SARS2-3 |
24 |
UUAUAUGCCUUAUUUUUUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU |
6766-6789 w ORF1a |
Chr5 : 28949255-28949232 |
|
|
| HIS-SARS2-4 |
27 |
AGGAGAAUGACAAAAAAAAAAAAAAA |
29860-29886 w 3' UTR
|
Chr18 : 73670168-73670142 |
FBXO15, TIMM21, CYB5A
|
taki sam jak HIS-SARS1-2 |
| HIS-SARS2-5 |
24 |
UUGUUGCUGCUAUUUUCUAUUUAA |
8610-8633 w ORF1a |
ChrX : 99693480-99693457 |
|
|
SARS-CoV-1
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| HIS-SARS-1 |
25 |
UAACAUGCUUAGGAUAAUGGCCUCU |
15251-15275 w ORF1b
|
Chr4 : 172887105-172887129 Chr8 : 122356667-122356690 |
HAS2 , ZHX2
|
|
| HIS-SARS-2 |
27 |
AGGAGAAUGACAAAAAAAAAAAAAAA |
29717-29743 w 3' UTR
|
Chr18 : 73670168-73670142 |
|
taki sam jak HIS-SARS2-4 |
MERS-CoV
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| JEGO-MERS-1 |
24 |
UUCCAUUUGCACAGAGUAUCUUUU |
24364-24387 w S
|
ChrX : 25635779-25635802 |
|
|
HCoV-HKU1
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| JEGO-HKU1-1 |
24 |
UUAGAAUUGUUCAAAUGUUAUCUG |
18656-18679 |
chr1 :106816197-106816220 |
|
|
| JEGO-HKU1-2 |
24 |
UUUUCUAAGAAAGAUUGGUAUGAU |
14044-14067 |
chr1 :226438633-226438656 chr4 :151100495-151100518 chr5 :79284823-79284846 chr5 :111192947-111192970 chr7 :94695722-94695745 chr7 : 9 8386489-98386512 chr15 :59768424-59768447 chr22 :30137367-30137390 |
|
|
| JEGO-HKU1-3 |
24 |
AUUUGACUUUAAAUCUUCAUACUA |
26693-26716 |
chr4 :11718458-11718481 |
|
|
| HIS-HKU1-4 |
24 |
GAUUGGUUGUAUUUUCAUUUUUAU |
23527-23550 |
chr4 :33759646-33759669 |
|
|
| HIS-HKU1-5 |
24 |
UAGAUACUGUUAUUUUUAAAAAAAA |
19844-19867 |
chrX :81711130-81711153 |
|
|
HCoV-NL63
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| HIS-NL63-1 |
24 |
UUAUGAUUUUGGUGAUUUUGUUGU |
13044-13067 |
chr1 :215311768-215311791 |
|
|
| HIS-NL63-2 |
24 |
GGUUUUUUGUUGAUGAUGUUGUU |
14920-14943 |
chr4 :28254452-28254475 |
|
|
| HIS-NL63-3 |
24 |
AUAGGCUUAAAUGCUUCUGUUACU |
20754-20777 |
chr6 :30469931-30469954 |
|
|
| HIS-NL63-4 |
24 |
AAGUAAUUGUAUUAAGAUGUUAUC |
12124-12147 |
chr7 :19853545-19853568 |
|
|
| HIS-NL63-5 |
24 |
AACUUUUAUGAUUUUGGUGAUUUU |
13039-13062 |
chr9 :1525276-1525299 |
|
|
HCoV-OC43
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| HIS-OC43-1 |
24 |
UACAGCUCUUUGUAAAUCUGGUAG |
22827-22850 |
8 :122471006-122471029 |
MA2, ZHX2 |
|
| HIS-OC43-2 |
24 |
UUGUAUGAGUGAUUUUAUGAGUGA |
24509-24532 |
chr13 :30510223-30510246 |
|
|
HCoV-229E
| nazwa |
długość |
sekwencja |
lokalizacja w genomie wirusa |
miejsce w ludzkim genomie |
sąsiednie geny |
notatka |
| HIS-229E-1 |
24 |
AAUUUUAACAGUACCCACGUUAU |
19817-19840 |
chr8 :42865576-42865599 |
|
|
| HIS-229E-2 |
24 |
ACUUUGUAUUGUGUCCUCCUGGAA |
13139-13162 |
chr11 :112451251-112451274 |
|
|
