TopZNAJDŹ

TopZNAJDŹ
Treść
Opis TopFIND to zorientowana na Termini baza danych wnioskowanych o funkcjach białek , centralne źródło danych białek zintegrowanych z wiedzą o końcach białek , przetwarzaniu proteolitycznym przez proteazy , modyfikacjach końcowych aminokwasów i wywnioskowanych implikacjach funkcjonalnych stworzonych przez połączenie wkładu społeczności z UniProt i baz danych MEROPS .
Przechwycone typy danych
Adnotacja białka
Organizmy H. sapiens, M. musculus, A. thaliana, S. cerevisiae, E. coli
Kontakt
Centrum Badań Uniwersytet Kolumbii Brytyjskiej (UBC), Kanada
Laboratorium Krzysztof Całkowity
Autorski Philipp F. Lange
Cytowanie podstawowe TopFIND 2.0 — łączenie końców białek z przetwarzaniem proteolitycznym i modyfikacjami zmieniającymi funkcję białek
Data wydania 2011
Dostęp
Format danych Niestandardowy plik rozdzielany przecinkami, SQL , XML .
Strona internetowa clipserve .clip .ubc .ca /topfind
Różnorodny
Licencja Creative Commons Uznanie autorstwa-Bez utworów zależnych
Polityka kuracji Tak – ręczny i automatyczny. Zasady automatycznej adnotacji generowanej przez kuratorów baz danych i algorytmy obliczeniowe.

TopFIND to zorientowana na Termini baza danych wnioskowanych o funkcjach białek ( TopFIND ) to zintegrowana baza wiedzy skupiająca się na końcach białek , ich tworzeniu przez proteazy i implikacjach funkcjonalnych . Zawiera informacje o przetwarzaniu i stanie przetwarzania białek oraz ich implikacjach funkcjonalnych, pochodzące z literatury naukowej, wkładu społeczności naukowej i biologicznych baz danych .

Tło

Do najbardziej podstawowych cech białka należą N- i C-końce określające początek i koniec łańcucha polipeptydowego . Chociaż genetycznie zakodowane, izoformy końców białek są również często generowane podczas translacji , po czym końce są bardzo dynamiczne, często przycinane na końcach przez dużą liczbę egzopeptydaz. Neo-końce mogą być również generowane przez endopeptydazy po precyzyjnej i ograniczonej proteolizie, zwanej przetwarzaniem. Niezbędne do dojrzewania wielu białek przetwarzanie może nastąpić również później, co często prowadzi do dramatycznych konsekwencji funkcjonalnych. Nieprawidłowa proteoliza może powodować wiele chorób, takich jak zapalenie stawów lub rak. Stąd proteolityczne wytwarzanie plejotroficznych stabilnych form białek, powszechna podatność białek na proteolizę i jej nieodwracalność odróżnia proteolizę od wielu dobrze zbadanych modyfikacji potranslacyjnych. Proteazy są ściśle połączone w sieci proteaz, a ich nieprawidłowa aktywność w chorobie może prowadzić do diagnostycznych profili fragmentów z charakterystycznymi końcami białek. Po proteolizie nowo utworzone końce białek można dalej modyfikować, co wpływa na funkcję i stabilność białek.

Zawartość bazy wiedzy

TopFIND jest zasobem zawierającym obszerne informacje o N- i C-końcach białek odkrytych przez wszystkie dostępne metodologie in silico, in vitro oraz in vivo. Wykorzystuje istniejącą wiedzę poprzez bezproblemową integrację danych z UniProt i MEROPS oraz zapewnia dostęp do nowych danych pochodzących z przesyłania społeczności i opracowywania literatury podręcznikowej. Powoduje modyfikacje białek końce, takie jak acetylacja i cytrulinacja, są łatwo dostępne i możliwe do przeszukiwania oraz zapewniają środki do identyfikacji i analizy zasięgu i dystrybucji końcowych modyfikacji w białku. Od samego początku TopFIND został rozszerzony o kolejne gatunki.

Dostęp do danych

Dane są prezentowane użytkownikowi z silnym naciskiem na związek z wyselekcjonowanymi informacjami podstawowymi i dowodami leżącymi u podstaw, które doprowadziły do ​​​​obserwacji końca, jego modyfikacji lub rozszczepienia proteolitycznego. W skrócie wymieniono informacje o białku , jego strukturę domenową, końce białkowe, modyfikacje końców i obróbkę proteolityczną innych białek i przez inne białka. Wszystkim informacjom towarzyszą metadane takie jak oryginalne źródło, metoda identyfikacji, pomiar zaufania lub powiązana publikacja. Ocena pozycyjnej korelacji krzyżowej dopasowuje końce i miejsca rozszczepienia z cechami białek (takimi jak warianty aminokwasów) i domenami, aby podkreślić potencjalne efekty i zależności w unikalny sposób. Również widok sieciowy wszystkich białek pokazujący ich funkcjonalną zależność jako proteazy , substratu lub inhibitora proteazy związanego z interakcjami białek służy do łatwej oceny efektów w całej sieci. Potężny, ale przyjazny dla użytkownika mechanizm filtrowania pozwala na filtrowanie prezentowanych danych w oparciu o parametry, takie jak zastosowana metodologia, istotność in vivo, pewność lub źródło danych (np. ograniczenie do jednego laboratorium lub publikacji). Zapewnia to środki do oceny istotnych danych fizjologicznych oraz do wydedukowania informacji funkcjonalnych i hipotez istotnych dla naukowca laboratoryjnego. W późniejszej wersji dodano narzędzia analityczne do oceny szlaków proteolitycznych w danych eksperymentalnych.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TopFIND&oldid=995654856 ”