WWC2
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| WWC2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , domena BOMB, WW i C2 zawierająca 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domena WW i C2 zawierająca 2 (WWC2) jest białkiem, które u ludzi jest kodowane przez gen WWC2 (4q35.1). Chociaż funkcja WWC2 pozostaje nieznana, przewiduje się, że WWC2 może odgrywać rolę w raku.
Gen
Umiejscowienie
Ludzki gen WWC2 znajduje się na chromosomie 4 w prążku 4q35.1. Gen znajduje się na dodatniej nici chromosomu i ma długość 8822 par zasad. Gen zawiera 23 egzony. Locus WWC2 jest dość złożony i wydaje się wytwarzać kilka białek bez nakładania się sekwencji
Skróty
Powszechnym pseudonimem genu jest BH3-Only Member B (BOMB)
Homologia
Paralogi
Istnieją dwa paralogi WWC2 znalezione u ludzi, WWC1 i WWC3. WWC1 znajduje się na chromosomie 5 i jest prawdopodobnym regulatorem szlaku sygnałowego Hippo , który odgrywa rolę w supresji guza poprzez ograniczenie proliferacji i promowanie apoptozy. WWC3 znajduje się na chromosomie X i niewiele wiadomo na temat jego funkcji.
| Sekwencja | Rodzaj/gatunek | Numer dostępu | Sekw. długość | Sekw. tożsamość |
|---|---|---|---|---|
| WWC2 | Homo sapiens | NP_079225 | 1192 aa | 100% |
| KIBRA (WWC1) | Homo sapiens | AA015881 | 1113 aa | 49,7% |
| WWC3 | Homo sapiens | NP_056506 | 1092 aa | 41,2% |
ortologi
WWC2 jest silnie konserwowany u ssaków , ptaków , gadów i płazów , a także u rzadkiego coelacantha , który jest bliżej spokrewniony z dwudysznymi, gadami i ssakami niż z rybami promieniopłetwymi. WWC2 jest zachowany w niektórych Actinopterygii , Gastropoda i Bivalvia . Jednak WWC2 nie jest dobrze konserwowany w Insecta .
| Rodzaj/gatunek | Nazwa zwyczajowa | Data rozbieżności | Numer dostępu | Sekw. tożsamość |
|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Człowiek | Nie dotyczy | NP_079225 | 100% |
| Panowie troglodyci | Szympans | 6,1 MYA | XP_003310624 | 99% |
| Heterocephalus glaber | Nagi kretoszczur | 91 MYA | EHB18748 | 88% |
| Mus musculus | Mysz | 91 MYA | NP_598552 | 86% |
| Orcinus orca | Orka | 97,4 MYA | XP_004281794 | 90% |
| Bos mutus | Jak | 97,4 MYA | XP_005903227 | 84% |
| Aligator mississippiensis | Aligator | 324,5 MYA | XP_006269678 | 79,2% |
| Pelodiscus sinensis | Chiński żółw o miękkiej skorupie | 324,5 MYA | XP_006130219 | 79% |
| Anas platyrhynchos | Krzyżówka | 324,5 MYA | EOA93642 | 78% |
| Falco peregrinus | Sokół wędrowny | 324,5 MYA | XP_005230882 | 77% |
| Ficedula albicollis | Muchołówka z kołnierzem | 324,5 MYA | XP_005045160 | 76% |
| Xenopus (Silurana) tropicalis | Zachodnia żaba szponiasta | 361,2 MYA | NP_001004872 | 71% |
| Ophiophagus hannah | Kobra królewska | 362,2 MYA | ETE71408 | 71% |
| Latimeria chalumnae | Coelacanth | 430 milionów dolarów | XP_005989542 | 72% |
| Takifugu rubripe | Rozdymka tygrysia | 454,6 MYA | XP_003973883 | 55% |
| Danio Rerio | Danio pręgowany | 454,6 MYA | XP_689275 | 53% |
| Xiphophorus maculatus | Południowy płaskowyż | 454,6 MYA | XP_005800442 | 51% |
| Aplysia californica | Zając kalifornijski (ślimak) | 782,7 MYA | XP_005096216 | 51% |
| Crassostrea gigas | ostryga pacyficzna | 910 milionów dolarów | EKC42771 | 39% |
| Anopheles kochanie | Komar | 910 milionów dolarów | ETN67979 | 34% |
| muszka owocowa | Muszka owocowa | 910 milionów dolarów | AAF55090.2 | 28,9% |
Białko
Sekwencja pierwotna
Gen koduje białko zwane także WWC2, które ma długość 1192 aminokwasów. Masa cząsteczkowa białka wynosi 133,9 kilodaltonów. Białko jest bogate w serynę, bez skupisk ładunku, segmentów hydrofobowych lub domen transbłonowych. Punkt izoelektryczny to 5,23800
Domeny i motywy
WWC2 jest członkiem rodziny białek WWC, która składa się z domeny WW i domeny C2 . WWC2 zawiera dwie domeny WW i jedną domenę C2. WWC2 zawiera również dwie domeny o nieznanej funkcji, DUF342 i DUF444. Zamek leucynowy znajduje się w pozycji 854.
Modyfikacje potranslacyjne
Przewiduje się, że białko WWC2 będzie silnie fosforylowane . Istnieje 89 przewidywanych miejsc seryny , 17 przewidywanych miejsc fosforylacji treoniny i 11 przewidywanych miejsc fosforylacji tyrozyny . Liczby te były stosunkowo spójne w białkach ortologicznych.
Przewiduje się również, że kinazy białkowe aktywowane mitogenem p38 i kinaza syntazy glikogenu 3 wiążą się w pozycji T3, a kinaza kazeinowa 2 wiąże się w pozycjach S13 i T50.
Wyrażenie
Wyrażenie
WWC2 ulega ekspresji na niskim poziomie i jest tkanką specyficzną dla macicy, tarczycy, płuc i wątroby. Stwierdzono, że ekspresja WWC2 jest podwyższona w stadium rozwoju blastocysty i płodu.
Warianty transkrypcji
Istnieje wiele wariantów transkrypcji dla WWC2. Te, które zmieniają wysoce konserwatywną resztę aminokwasową lub otaczają wysoce konserwatywną resztę aminokwasową, wymieniono poniżej:
| SNP | Allel | Pozostałość białka | Pozycja aminokwasu |
|---|---|---|---|
| rs200024780 | od A do G | Tyr (T) do Cys (C) | 470 |
| rs191286964 | C do T | Arg (R) do Cys (C) | 1082 |
| rs139606516 | G do T | Arg (R) do Leu (L) | 1082 |
| rs149738870 | od A do G | Asn (N) do Ser (S) | 1084 |
Białka oddziałujące
Czynniki transkrypcyjne
Poniżej przedstawiono czynniki transkrypcyjne o najwyższych wynikach macierzy, które wiążą się z sekwencjami w obrębie promotora (ID GXP_1499160):
- STAT (przetwornik sygnału i aktywator transkrypcji)
- Mięśniowe pudełko TATA
- NOLF (czynnik węchowy specyficzny dla neuronów)
- XCPE (element promotora rdzenia genu X 1)
- CTCF (czynnik wiążący CCCTC)
- HDBP ( region regulatorowy genu choroby Huntingtona )
- OCT1 (białko wiążące oktamer)
- E2FF ( E2F - aktywator myc regulator cyklu komórkowego)
- ZF57 (białko palca cynkowego domeny KRAB 57)
- ZF07 (czynnik transkrypcyjny palca cynkowego C2H2 7)
- EGRF (EGR/białko indukowane czynnikiem wzrostu nerwów)
- CDEF (element zależny od cyklu komórkowego - miejsce wiążące CDF-1)
- AP2F (białko aktywatora 2)
Białka
Potencjalnie oddziałujące białka obejmują: YWHAZ , YWHAQ , RUVBL1 i REPS1 .
Znaczenie kliniczne i aktualna bioinformacja
Chociaż dokładna funkcja WWC2 pozostaje nieznana, zbadano kilka mutacji i wariantów WWC2 w chorobie. Nowa mutacja zmiany sensu w WWC2 została przeanalizowana w zespole niespokojnych nóg , ale nie została zidentyfikowana jako gen kandydujący. W jednym badaniu zbadano rolę Drosophila KIBRA (WWC1) w kaskadzie sygnalizacyjnej Expanded-Hippo-Warts, która jest zaangażowana w supresję guza . W badaniu stwierdzono, że aberracja liczby kopii, translokacja i mutacje punktowe WWC2, a także innych genów, powinny być dalej badane w ludzkich nowotworach. WWC2 alias, BOMB, badano w ramach grantu sugerującego, że BOMB wraz z dwoma innymi genami ( APOL6 i APOL1 ) promował śmierć komórek w komórkach p53 -null HCT116 .