Halostagnicola larsenii
| Halostagnicola larsenii | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Królestwo: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: | |
| Nazwa dwumianowa | |
|
Halostagnicola larsenii Castillo i in. 2006
|
|
| Typ szczep | |
| Szczep XH-48 ; CECT 7116; CGMCC 1.5338; DSM 17691; JCM 13463 | |
Halostagnicola larsenii to nieruchomy, tlenowy , gram-ujemny archeon o kształcie pałeczki . Jest halofilnym , neutrofilowym , chemo-organotrofem i został wyizolowany z próbek pobranych ze słonego jeziora w Chinach. Etymologia nazwy pochodzi od słów hals, po grecku halos sól, po łacinie stagnum kawałek stojącej wody, po łacinie -cola mieszkaniec i Larsenii nazwany na cześć norweskiego mikrobiologa Helge Larsena, który był pionierem w badaniach nad halofilami .
Odkrycie
We wrześniu 2003 roku naukowcy z Uniwersytetu w Sewilli w Hiszpanii pobrali próbki osadu z jeziora w Mongolii Wewnętrznej w Chinach . Jezioro Xilinholt jest wyjątkowo słonym jeziorem, co zapewnia optymalne warunki wzrostu dla Halostagnicola larsenii . Próbki hodowano w 20% roztworze soli. Do hodowli próbek użyto płytek z agarem odżywczym . Pożywki zawierały chlorek sodu i były optymalizowane przy pH 7,5. H. larsenii optymalnie rośnie przy 15% NaCl, 37°C i pH 7-8. Nie jest w stanie rosnąć w temperaturach powyżej 50°C. Przeprowadzono dalszą charakterystykę gatunku, a Castillo i in. zaproponowali zidentyfikowanie szczepu XH-48 jako nowego gatunku w obrębie typu Halostagnicola .
Charakteryzacja
Morfologia
Morfologię określono stosując optykę z kontrastem fazowym za pomocą mikroskopu Olympus BX41. Komórki Halostagnicola larsenii XH48 mają szerokość 0,5-1,0 mikrometra i długość 1,0-3,0 mikrometra. Komórki H. larsenii są pleomorficzne i wykazują komórki w kształcie pręcików, kwadratów lub dysków. Odzwierciedla to zdolność szczepu do zmiany rozmiaru i kształtu w odpowiedzi na zmiany w środowisku, takie jak zasolenie. Morfologia kolonii H. larsenii jest kolista, gładka, nieprzezroczysta i różowa. Polarne lipidy eterowe znajdujące się w jego błonie obejmują fosfatydyloglicerol i fosfatydyloglicerometylofosforan. Lipidy te ekstrahowano chloroformem i metanolem . Testy wykazały, że ten organizm jest oksydazo- dodatni i katalazo -ujemny.
Metabolizm
Halostagnicola larsenii jest halofilnym , neutrofilowym , chemo-organotrofem i wykorzystuje tlen jako końcowy akceptor elektronów. H. larsenii może wykorzystywać różnorodne węglowodany, takie jak fruktoza , glicerol , laktoza , glukoza , arabinoza , octan , ryboza , skrobia , maltoza , galaktoza , ryboza , ksyloza , glutaminian i propionian jako substraty do wzrostu. Substraty wzrostowe określono stosując pożywkę izolacyjną , która zawierała testowany substrat wraz z ekstraktem drożdżowym . Dodatkowo H. larsenii ulega asymilacyjnej redukcji azotanów do azotynów do amoniaku . Proces ten różni się od redukcji azotanów tym, że zachodzi w warunkach tlenowych i wykorzystuje ferrodoksynę jako donor elektronów .
Odporność na antybiotyki
H. larsenii jest oporny na następujące antybiotyki: ampicylinę , chloramfenikol , erytromycynę , gentamycynę , kwas nalidyksowy , neomycynę , penicylinę G , ryfampicynę , streptomycynę i tetracyklinę . Organizm jest wrażliwy na bacytracynę i nowobiocynę . Wrażliwość i oporność na antybiotyki określono za pomocą testu dyfuzyjnego w agarze w którym papierowe krążki nasączone antybiotykami umieszczono na płytkach agarowych.
Ekologia
Halostagnicola larsenii została pierwotnie odkryta w słonym jeziorze w Mongolii Wewnętrznej w Chinach . Został również wyizolowany z wody morskiej w kamieniołomie na zachodnim wybrzeżu stanu Maharashtra w Indiach . Zazwyczaj haloarchaea , takie jak H. larsenii, wymagają do wzrostu środowisk o wysokim zasoleniu i można je znaleźć w osadach środowisk wodnych, takich jak słodkowodne jeziora.
Genomika
W 2014 roku cały genom H. larsenii został zsekwencjonowany przy użyciu sekwencjonowania barwnikowego Illumina HiSeq 2000 autorstwa Iaina Andersona w ramach projektu Archaeal Tree of Life Project wspieranego przez Joint Genome Institute . Genom składa się z 2,79 Mega-zasad na kolistym chromosomie z czterema kolistymi plazmidami . Genom obejmuje 4246 genów, z których 4171 to geny kodujące białka, 19 to pseudogeny , 6 genów rRNA i 49 genów tRNA . Zawartość GC w genomie wynosi 61%.
W badaniu z 2008 roku przeprowadzonym przez Castillo i wsp. Wyizolowano chromosomalny DNA przy użyciu metod Marmur polegających na prostym rozbijaniu komórek przez lizę detergentową, ekstrakcji nukleinowej rozpuszczalnikiem organicznym i odzysku DNA przez wytrącanie etanolem . Sekwencję genu 16S rybosomalnego RNA H. larsenii badano przy użyciu oprogramowania ARB . Metodę łączenia sąsiadów wykorzystano do przeprowadzenia analizy sekwencji genu 16s rRNA i określenia zależności filogenetycznych . Najbliższy sąsiadujący gatunek Natrialba aegypitaca i Natrialba asiatica miały odpowiednio 94,5% i 93,3% podobieństwa genomu. Kluczowa różnica w stosunku do Natrialba polega na tym, że H. larsenii nie ma kluczowych zasad 403G i 560G.