MAPA11

MAP11
Identyfikatory
Identyfikatory zewnętrzne
ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj Człowiek

MAP11 (białko związane z mikrotubulami 11) jest białkiem , które u człowieka jest kodowane przez gen MAP11 . Wcześniej był określany nazwą rodzajową C7orf43 . C7orf43 nie ma innego ludzkiego pseudonimu, ale u myszy można go znaleźć jako BC037034.

Miejsce genu

U ludzi MAP11 znajduje się na długim ramieniu ludzkiego chromosomu 7 (7q22.1) i znajduje się na nici ujemnej (antysensownej). Geny zlokalizowane wokół C7orf43 obejmują GAL3ST4 , LAMTOR4, GPC2 . U ludzi C7orf43 ma 9 wykrytych wspólnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), z których wszystkie są zlokalizowane w regionach niekodujących, a zatem nie wpływają na sekwencję aminokwasową.

Sąsiedztwo genu C7orf43 w ludzkim chromosomie 7

mRNA

Warianty splotów

Pierwotny transkrypt izoformy 1 C7orf43, zawierający 11 eksonów i 10 intronów ( NCBI Aceview: C7orf43 )

MAP11 koduje 2 izoformy , najdłuższą jest izoforma 1 C7orf43, która ma długość 2585 par zasad i ma 11 egzonów i 10 intronów . Izoforma 1 C7orf43 koduje białko o długości 580 aminokwasów i tylko jedno miejsce poliadenylacji. Izoforma 2 C7orf43 ma długość 2085 par zasad i koduje białko o długości 311 aminokwasów. Kilkakrotnie zgłaszano dwie dodatkowe izoformy, kodujące białka o długości 199 i 206 aminokwasów.

Ekspresja tkankowa

MAP11 ma szeroko rozpowszechnioną umiarkowaną ekspresję ze zmiennością między tkankami u ludzi i u różnych gatunków ssaków . Wykazano , że mysi ortolog C7orf43 jest wszechobecny w mózgu , jak również w mysim zarodkowym ośrodkowym układzie nerwowym .

Przepisy prawne

MAP11 ma jeden region promotora w górę od swojego miejsca transkrypcji, zgodnie z przewidywaniami Genomatix . Promotor ten ma długość 657 par zasad i znajduje się w pozycji od 99756182 do 99756838 w nici ujemnej chromosomu 7. Istnieje kilka czynnika transkrypcyjnego zlokalizowanych w tym promotorze, w tym miejsca wiązania palców cynkowych i czynników transkrypcyjnych typu Kruppela . W poniższej tabeli wymieniono 20 najlepszych miejsc wiązania transkrypcji przewidzianych przez ElDorado z Genomatix.

Szczegółowe informacje o rodzinie	Szczegółowe informacje o matrycy	Pozycja startowa	Pozycja końcowa	Pozycja kotwicy	Pasmo	Wynik podobieństwa macierzy	Sekwencja
Gen Brachyury, czynnik rozwojowy mezodermy	Czynnik transkrypcyjny T-box TBX20	617	645	631	+	1	`agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga`
Czynniki transkrypcyjne palca cynkowego C2H2 2	Białko palca cynkowego zawierające KRAB 300	596	618	607	+	1	`ccggccgCCCCagccggggcgcag`
Rozwidlone czynniki domeny głowy	Alternatywny wariant splicingu FOXP1, aktywowany w ESC	37	53	45	-	1	`aaaaaaaaaakccctt`
Gen gruczolaka pleomorficznego	Gen gruczolaka pleomorficznego 1	411	433	422	-	1	`gaGGGGgcggggtcccgctgctc`
Gen gruczolaka pleomorficznego	Gen gruczolaka pleomorficznego 1	464	486	475	-	1	`gaGGGGgcgtggccgccgaggcc`
Czynnik transkrypcyjny II polimerazy RNA II B	Element rozpoznający czynnik transkrypcyjny II B (TFIIB).	197	203	200	+	1	`ccgCGCC`
Białka apoptozy indukowanej TGF-beta	Białko jądrowe bogate w cysteinę-serynę 1 (AXUD1, AXIN1 z regulacją w górę 1)	73	79	76	-	1	`AGAGtga`
Współczynniki GC-Box SP1/GC	Stymulujące białko 1, wszechobecny czynnik transkrypcyjny palca cynkowego	418	434	426	-	0,998	`ggaggGGGCggggtccc`
Ludzkie i mysie czynniki ETS1	ETS wariant 3	486	506	496	-	0,996	`gagaaacaGGAAgcggaaggg`
Krueppel jak czynniki transkrypcyjne	Wzbogacony w jelitach czynnik podobny do Krueppela / KLF4	469	485	477	-	0,994	`agggggcGTGGccgccg`
Dwuręczne czynniki transkrypcyjne homeodomen palca cynkowego	AREB6 (czynnik wiązania elementu regulacyjnego Atp1a1 6)	495	507	501	+	0,994	`ttcctGTTTTctctct`
Czynnik transkrypcyjny palca cynkowego RU49, proliferacja palca cynkowego 1 - Zipro1	Czynnik transkrypcyjny palca cynkowego RU49 (proliferacja palca cynkowego 1 - Zipro 1). RU49 wykazuje silną preferencję wiązania z powtórzeniami tandemowymi minimalnego konsensusowego miejsca wiązania RU49.	522	528	525	+	0,994	`cAGTAcc`
Krueppela, jak czynniki transkrypcyjne	Białko wiążące promotor rdzeniowy (CPBP) z 3 palcami cynkowymi typu Krueppela (KLF6, ZF9)	418	434	426	-	0,992	`ggagGGGGcggggtccc`
Czynniki transkrypcyjne palca cynkowego C2H2 7	Białko palca cynkowego 263, ZKSCAN12 (białko palca cynkowego z domenami KRAB i SCAN 12)	425	439	432	+	0,99	`cgccccCTCCtccac`
Czynniki transkrypcyjne palca cynkowego C2H2 6	Palec cynkowy i domena BTB zawierająca 7, protoonkogen FBI-1, Pokémon (preferencja wiązania drugorzędowego DNA)	252	264	258	-	0,989	`caaGACCccctg`
Krueppela, jak czynniki transkrypcyjne	Czynnik podobny do Kruppela 7 (wszechobecny, UKLF)	416	432	424	-	0,989	`agggGGCGgggtcccgc`
Współczynniki GC-Box SP1/GC	czynnik transkrypcyjny Sp4	471	487	479	-	0,986	`ggagggGGCGtggccgc`
Krueppela, jak czynniki transkrypcyjne	Wzbogacony w jelitach czynnik podobny do Krueppela	137	153	145	+	0,986	`gggctcAAAGgatcctc`
Krueppel jak czynniki transkrypcyjne	Czynnik podobny do Krueppela 2 (płuca) (LKLF)	641	657	649	-	0,986	`cgctaGGGTgggtccag`
Ludzkie i mysie czynniki ETS1	ETS wariant 1	6	26	16	-	0,984	`ttctcccaGGAAgattctcca`

Białko

Skład i domeny

Białko ludzkie MAP11 ma punkt izoelektryczny 8,94. MAP11 ma również glicynę , obejmujący aminokwasy od 54 do 134. Analiza przy użyciu narzędzia SAPS z SDSC Biology Workbench wykazała, że ten region bogaty w glicynę nie jest konserwowany pod względem określonych pozycji reszt glicyny, ale jest dobrze konserwowany w ogólnej glicynie występuje u ssaków i gadów , ale nie u ryb kostnoszkieletowych . C7orf43 jest w większości nienaładowany i ten neutralny rozkład ładunku jest zachowany u ssaków i gadów, ale kościste ryby mają co najmniej jedną gromadę ładunku ujemnego Przewiduje się, że C7orf43 nie ma peptyd sygnałowy w pierwszych 70 resztach aminokwasowych. Jednak przewiduje się, że będzie miał wakuoli zaczynający się od reszty 258 w ludzkim białku. Wykazano, że ten motyw kierowania do wakuoli jest zachowany u ssaków, gadów, ptaków, płazów i ryb kostnych.

Historia ewolucyjna

Białko MAP11 nie ma paralogów u ludzi. Można jednak stwierdzić , że ortologi C7orf43 są wysoce konserwatywne u ssaków, gadów i kilku gatunków ryb kostnoszkieletowych . C7orf43 jest również zachowany u ptaków, chociaż kilka gatunków ptaków nie ma części N-końca . Poza królestwem zwierząt nie można znaleźć ortologów C7orf43 . Poniższa tabela zawiera listę reprezentatywnych ortologów C7orf43 w wielu klasach zwierząt.

Ścisłe ortologi

NIE.	Gatunek	Nazwa zwyczajowa	Data rozbieżności (MYA)	Nr dostępu	Długość	Tożsamość (%)	Podobieństwo (%)
1	Homo sapiens	Człowiek	-	NP_060745.3	580	100	100
2	Panowie troglodyci	szympans pospolity	6.3	XP_009452032	580	99	100
3	Macaca Mulat	Makak	29.0	XP_001102238	580	99	99
4	Cavia porcellus	świnka morska	92,3	XP_003470051	580	98	98
5	Sus scrofa	Dzik	94,2	XP_003124386	580	98	99
6	Odobenus rosmarus divergens	Mors	94,2	XP_004399075	580	98	98
7	Tursiops obcina	Pospolity delfin butlonosy	94,2	XP_004315199	582	92	93
8	Echinops telfairi	Mały jeż tenrec	98,7	XP_004705644	581	95	97
9	Dasypus novemcinctus	Dziewięciopasmowy pancernik	104,2	XP_004457234	580	97	98
10	Monodelphis domestica	Szary opos krótkoogoniasty	162,6	XP_001367097	568	89	92
11	Chrysemys picta bellii	Malowany żółw	296,0	XP_008175974	572	76	83
12	Aligator mississippiensis	aligator amerykański	296,0	XP_006266384	582	75	82
13	Pelodiscus sinensis	Chiński żółw softshell	296,0	XP_006127325	569	73	81
14	Xenopus tropicalis	Zachodnia żaba szponiasta	371,2	NP_001121523	580	64	74
15	Oncorhynchus mykiss	Pstrąg tęczowy	400.1	CDQ84878	581	64	75
16	Danio Rerio	Danio pręgowany	400.1	XP_001339329	595	63	74
17	Oryzias latipes	Japońska ryba ryżowa	400.1	XP_004076807	609	62	70
18	Takifugu rubripe	Rozdymka tygrysia	400.1	XP_003970822	618	61	71

Odległe ortologi

NIE.	Gatunek	Nazwa zwyczajowa	Data rozbieżności (MYA)	Nr dostępu	Wartość E	Długość	Tożsamość (%)	Podobieństwo (%)
1	Nipponia Nippon	Ibis czubaty	296,0	XP_009472339	0,0	503	80	88
2	Charadrius krzykliwy	Zabójca	296,0	XP_009892747	0,0	456	82	90
3	Pseupododoces humilis	Sikora mielona	296,0	XP_005533426	0,0	600	66	76
4	Latimeria chalumnae	Coelacanth z Zachodniego Oceanu Indyjskiego	414,9	XP_006011612	3E-177	429	65	75
5	Branchiostoma floridae	Lancet z Florydy	713.2	XP_002592972	9E-67	557	32	46
6	Strongylocentrotus purpuratus	Purpurowy jeżowiec	742,9	XP_003727419	3E-46	725	35	51
7	Aplysia californica	Ślimak kalifornijski	782,7	XP_005113015	4E-21	692	25	39
8	Nematostella vectensis	Ukwiał morski Starlet	855.3	XP_001632706	4E-19	494	24	39
9	Adhaerens Trichoplax	-	-	XP_002108809	5E-15	645	24	41

Modyfikacje potranslacyjne

C7orf43 ma trzy miejsca fosforylowane , Ser 517, Thr 541 i Ser 546. Wszystkie trzy miejsca są stosunkowo dobrze zachowane u ssaków, gadów, ptaków, płazów i ryb kostnych. Białko nie ma przewidywanej N-mirystoilacji , ponieważ nie ma N-końcowej glicyny. Jednak przewiduje się, że C7orf43 ma jedną N-acetylację na reszcie seryny na N-końcu.

Struktura drugorzędowa

Struktura drugorzędowa C7orf43 nie została jeszcze ustalona. Jednak przewiduje się, że C7orf43 nie ma domeny transbłonowej i ostatecznie zostanie wydzielony z komórki. Analiza przy użyciu narzędzia PELE z SDSC Biology Workbench przewidywała głównie arkusze beta i losowe cewki , które są zachowane w ścisłych ortologach. Przewidywano podobnie konserwatywne motywy helisy alfa , jeden w pobliżu N-końca i jeden w pobliżu C-końca.

Znaczenie kliniczne

Chociaż żadne badania nie koncentrowały się na charakterystyce C7orf43, kilka badań przesiewowych na dużą skalę ujawniło informacje związane z funkcją C7orf43. Badanie wykorzystujące spektrometrię mas z oczyszczaniem powinowactwa FLAG (AP-MS) do profilowania interakcji białek w szlaku sygnałowym Hippo zidentyfikowało C7orf43 jako jedno z białek oddziałujących. Stwierdzono, że C7orf43 oddziałuje z białkiem 2 podobnym do angiomotyny (AMOTL2) , znanym również jako białko Leman Coiled-Coil (LCCP), regulatorem sygnalizacji Hippo. Wiadomo również, że AMOTL2 jest inhibitorem sygnalizacji Wnt , szlak o znanych powiązaniach z rozwojem raka i być czynnikiem angiogenezy , procesu niezbędnego do utrzymania guza i tworzenia przerzutów.

Kilka badań powiązało C7orf43 ze zdarzeniami rakotwórczymi. Inne badania również powiązały C7orf43 ze zdarzeniami rakotwórczymi. na dużą skalę z dwiema hybrydami drożdży wykazał, że C7orf43 oddziałuje z białkiem transbłonowym 50A (TMEM50A) , znanym również jako gen 9 raka szyjki macicy lub małe białko błonowe 1 (SMP1). Chociaż dokładna funkcja TMEM50A nie jest znana, została powiązana z rakiem szyjki macicy.

C7orf43 został również zidentyfikowany jako gen docelowy czynnika transkrypcyjnego AP-2 gamma (TFAP2C) . Wykazano, że TFAP2C bierze udział w rozwoju, różnicowaniu i onkogenezie tkanek sutka. W szczególności, TFAP2C odgrywa rolę w raku piersi poprzez jego działanie regulacyjne na ESR1 i ERBB2 , z których oba są receptorami, których aberracje są związane z rakiem piersi. Wykazano również, że TFAP2C odgrywa rolę onkogenną poprzez promowanie proliferacji komórek i wzrostu guza w nerwiaku niedojrzałym .

Poprzez swoją lokalizację w ramieniu q chromosomu 7, C7orf43 został powiązany z różnymi chorobami. Kilka chorób zostało opisanych jako mające delecje w ramieniu q chromosomu 7, wśród nich są zaburzenia szpikowe, w tym ostra białaczka szpikowa i mielodysplazja .

Linki zewnętrzne

Lokalizacja ludzkiego genomu C7orf43 i strona szczegółów genu C7orf43 w przeglądarce genomu UCSC .

Dalsza lektura

Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonowanie DNA przy użyciu rekombinacji specyficznej dla miejsca in vitro” . Genom Res . 10 (11): 1788–95. doi : 10.1101/gr.143000 . PMC 310948 . PMID 11076863 .
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R i in. (2001). „W kierunku katalogu ludzkich genów i białek: sekwencjonowanie i analiza 500 nowych kompletnych białek kodujących ludzkie cDNA” . Genom Res . 11 (3): 422–35. doi : 10.1101/gr.GR1547R . PMC 311072 . PMID 11230166 .
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A i in. (2001). „Systematyczna lokalizacja subkomórkowa nowych białek zidentyfikowanych przez sekwencjonowanie cDNA na dużą skalę” . Przedstawiciel EMBO 1 (3): 287–92. doi : 10.1093/embo-reports/kvd058 . PMC 1083732 . PMID 11256614 .
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR i in. (2003). „Ludzki chromosom 7: sekwencja DNA i biologia” . nauka . 300 (5620): 767–72. Bibcode : 2003Sci...300..767S . doi : 10.1126/science.1083423 . PMC 2882961 . PMID 12690205 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T i in. (2004). „Kompletne sekwencjonowanie i charakterystyka 21 243 pełnej długości ludzkich cDNA” . Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA i in. (2004). „Stan, jakość i ekspansja projektu cDNA pełnej długości NIH: Kolekcja genów ssaków (MGC)” . Genom Res . 14 (10B): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Wiemann S, Arlt D, Huber W i in. (2004). „Od ORFeome do biologii: funkcjonalny rurociąg genomiczny” . Genom Res . 14 (10B): 2136–44. doi : 10.1101/gr.2576704 . PMC 528930 . PMID 15489336 .
Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I i in. (2006). „Baza danych LIFEdb w 2006 roku” . Kwasy nukleinowe Res . 34 (problem z bazą danych): D415–8. doi : 10.1093/nar/gkj139 . PMC 1347501 . PMID 16381901 .