Vasanta Honavara
Vasanta Honavara | |
---|---|
Narodowość | USA |
Alma Mater |
BMS Instytut Technologii i Zarządzania , Uniwersytet Wisconsin Drexel University B.MS College of Engineering |
Nagrody | Członek AAAS |
Kariera naukowa | |
Pola | Informatyka , Sztuczna inteligencja , Uczenie maszynowe , Data Science , Bioinformatyka , Big data , Wnioskowanie przyczynowe , Informatyka , Reprezentacja wiedzy , Biologia obliczeniowa , Kognitywistyka , Informatyka zdrowotna , Neuroinformatyka , Nauka o sieciach , Informatyka biomedyczna |
Instytucje |
Iowa State University National Science Foundation Pennsylvania State University |
Doradca doktorski | Leonard Uhr |
Wpływy |
Leonard Uhr Larry Travis Deborah Joseph Helen M. Berman |
Vasant G. Honavar jest amerykańskim informatykiem urodzonym w Indiach , a także badaczem i profesorem sztucznej inteligencji , uczenia maszynowego , dużych zbiorów danych , nauki o danych , wnioskowania przyczynowego , reprezentacji wiedzy , bioinformatyki i informatyki zdrowotnej .
Wczesne życie i edukacja
Vasant Honavar urodził się w Poona w Indiach jako syn Bhavaniego G. i Gajanana N. Honavara. Otrzymał wczesną edukację w Vidya Vardhaka Sangha High School i MES College w Bangalore w Indiach . Otrzymał tytuł licencjata w dziedzinie inżynierii elektroniki i komunikacji z BMS College of Engineering w Bangalore w Indiach w 1982 r., kiedy to był powiązany z Uniwersytetem w Bangalore , a tytuł magistra inżynierii elektrycznej i komputerowej uzyskał w 1984 r. na Uniwersytecie Drexel i tytuł magistra informatyki w 1989 r. oraz doktorat. w 1990 odpowiednio z University of Wisconsin-Madison , gdzie studiował sztuczną inteligencję i pracował z Leonardem Uhrem .
Kariera
Honavar pracuje na wydziale Penn State College of Information Sciences and Technology na Pennsylvania State University , gdzie obecnie pełni funkcję Dorothy Foehr Huck i J. Lloyd Huck Chair in Biomedical Data Sciences and Artificial Intelligence, a wcześniej zajmował katedrę nauk informacyjnych Edward Frymoyer Endowed Chair in Information Sciences i technologia. Pracuje na wydziałach studiów podyplomowych z Informatyki , Informatyki , Bioinformatyki i Genomiki , Neuronauki , Badań Operacyjnych , nauki o zdrowiu publicznym oraz program studiów licencjackich w dziedzinie nauki o danych . Honavar jest dyrektorem Sztucznej Inteligencji , zastępcą dyrektora Instytutu Nauk Obliczeniowych i Danych oraz dyrektorem Centrum Podstaw Sztucznej Inteligencji i Zastosowań Naukowych na Pennsylvania State University . Honavar jest członkiem zespołu kierowniczego Northeast Big Data Innovation Hub. Honavar służył w Community Consortium Computing Research Association Rady w latach 2014-2017, gdzie przewodniczył grupie zadaniowej ds. konwergencji danych i informatyki oraz był członkiem grupy zadaniowej ds. sztucznej inteligencji.
Honavar był pierwszym Distinguished Visiting Chair of Neurocomputing and Data Science Sudha Murty w Indyjskim Instytucie Nauki w Bangalore w Indiach. Honavar został uznany za wybitnego członka Association for Computing Machinery za „wybitny wkład naukowy w informatykę”; i wybrany członkiem American Association for the Advancement of Science za „wybitny wkład w badania i przywództwo w dziedzinie nauki o danych”.
W latach 2010-13 Honavar kierował programem Big Data jako dyrektor programowy w programie integracji informacji i informatyki w dziale informacji i systemów inteligentnych w dyrekcji informatyki i informatyki oraz inżynierii amerykańskiej Narodowej Fundacji Nauki .
Honavar był profesorem informatyki na Uniwersytecie Stanowym Iowa, gdzie kierował Laboratorium Badań nad Sztuczną Inteligencją, które założył w 1990 r .
Honavar był profesorem wizytującym na Carnegie Mellon University , University of Wisconsin-Madison oraz w Indian Institute of Science .
Badania
Honavar wniósł znaczący wkład w badania w dziedzinie sztucznej inteligencji , uczenia maszynowego , wnioskowania przyczynowego , reprezentacji wiedzy , sieci neuronowych , sieci semantycznej , analizy dużych zbiorów danych oraz bioinformatyki i biologii obliczeniowej . Był przewodniczącym programowym Association for the Advancement of Artificial Intelligence (AAAI) 36th Conference on Artificial Intelligence. Opublikował ponad 300 artykułów naukowych, w tym wiele wysoko cytowanych, a także kilka książek na te tematy. Jego ostatnie prace koncentrowały się na federacyjnych algorytmach uczenia maszynowego do konstruowania modeli predykcyjnych z rozproszonych danych i połączonych otwartych danych , uczenia się modeli predykcyjnych na podstawie wielowymiarowych danych podłużnych, szacowania skutków przyczynowych na podstawie złożonych danych, wnioskowania z federacyjnymi bazami wiedzy, wykrywania błędów algorytmicznych, dużych zbiorów danych analityka, analiza i przewidywanie interfejsów i interakcji białko-białko, białko-RNA i białko-DNA, analityka sieci społecznościowych, informatyka zdrowotna , odpowiadanie na zapytania z zachowaniem tajemnicy, przedstawianie i rozumowanie preferencji oraz wnioskowanie przyczynowe i metaanaliza . [ potrzebne źródło ]
Honavar aktywnie wspiera krajową i międzynarodową współpracę naukową w dziedzinie sztucznej inteligencji, nauk o danych i ich zastosowań w realizacji krajowych, międzynarodowych i społecznych priorytetów w zakresie przyspieszania nauki, poprawy zdrowia, przekształcania rolnictwa poprzez partnerstwa, które łączą środowisko akademickie, organizacje non-profit, i przemysłu. Jest również aktywny w przedstawianiu argumentów polityki naukowej dla głównych krajowych inicjatyw badawczych, takich jak sztuczna inteligencja dla przyspieszenia nauki i sztuczna inteligencja dla zwalczania epidemii chorób rozpaczy .
Wybrane publikacje
Książki
- Vasanta Honavara i Leonarda Uhra . (red.) Sztuczna inteligencja i sieci neuronowe: kroki w kierunku integracji opartej na zasadach. Nowy Jork: prasa akademicka. 1994. ISBN 0-12-355055-6
- Vasant Honavar i Giora Słucki (red.). Wnioskowanie gramatyczne. Berlin: Springer-Verlag. 1998. ISBN 3-540-64776-7
- Mukesh Patel, Vasant Honavar i Karthik Balakrishnan (red.). Postępy w ewolucyjnej syntezie inteligentnych agentów. Cambridge, MA: MIT Press. 2001. ISBN 0-262-16201-6
- Ganesh Ram Santhanam, Samik Basu i Vasant Honavar. Reprezentowanie i rozumowanie z preferencjami jakościowymi: narzędzia i aplikacje . Wykład nr 31, Wykłady syntezy na temat sztucznej inteligencji i uczenia maszynowego. Wydawcy Morgan & Claypool. 2016. doi : 10.2200/S00689ED1V01Y201512AIM031 , ISBN 978-1-62705-839-1
Artykuły
Stanowiska na temat sztucznej inteligencji, nauk o danych i tematów pokrewnych
- Barocas, S., Bradley, E., Honavar, V. i Provost, F. (2017). Big Data, nauka o danych i prawa obywatelskie. Konsorcjum społeczności komputerowych. arXiv preprint arxiv:1706.03102.
- Hager, G., Bryant, R., Horvitz, E., Mataric, M. i Honavar, V. (2017). Postępy w sztucznej inteligencji wymagają postępu w całej informatyce. Konsorcjum społeczności komputerowych. arXiv preprint arXiv:1707.04352
- Honavar, V., Yelick, K., Nahrstedt, K., Rushmeier, H., Rexford, J., Hill, Mark., Bradley, E. i Mynatt, E. (2017). Zaawansowana infrastruktura cybernetyczna dla nauki, inżynierii i polityki publicznej. Konsorcjum społeczności komputerowych. arXiv preprint arXiv:1707.00599.
- Honavar, V., Hill, M. Yelick, K. (2016). Accelerating Science: A Computing Research Agenda, Computing Community Consortium.
- Honavar, V. (2014). Honavar, V. (2014). Obietnica i potencjał Big Data: sprawa dla Discovery Informatics Review of Policy Research 31:4 10.1111/ropr.12080.
Wnioskowania przyczynowego
- Lee, S. i Honavar, V. (2020). W kierunku solidnego relacyjnego odkrycia przyczynowego. W: Materiały z trzydziestej piątej konferencji na temat niepewności w sztucznej inteligencji s. 345–355
- Kandasamy, S., Bhattacharyya, A. i Honavar, V. (2019). Minimalne pokrycie interwencji wykresu przyczynowego. W: Materiały z 33. konferencji AAAI na temat sztucznej inteligencji (AAAI-19).
- Khademi, A., Lee, S., Foley, D. i Honavar, V. (2019). Uczciwość w algorytmicznym podejmowaniu decyzji: wstępna wycieczka przez pryzmat przyczynowości. W: Proceedings of the Web Conference.
- Lee, S. i Honavar, V. (2017). Warunkowy test niezależności samorozbieżności. W: Konferencja na temat niepewności w sztucznej inteligencji (UAI-17).
- Lee, S. i Honavar, V. (2017). Test niezależności jądra dla danych relacyjnych. W: Konferencja na temat niepewności w sztucznej inteligencji (UAI-17).
- Bui, N., Yen, J. i Honavar, V. (2016). Analiza przyczynowości czasowej zmiany nastrojów w sieci osób, które przeżyły raka. Transakcje IEEE w obliczeniowych systemach społecznych. doi : 10.1109/TCSS.2016.2591880
- Lee, S. i Honavar, V. (2016). Charakterystyka klas równoważności Markowa relacyjnych modeli przyczynowych w ramach semantyki ścieżki. W: Proceedings of the Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI-16).
- Lee, S. i Honavar, V. (2016). O uczeniu się modeli przyczynowych z danych relacyjnych. W: Materiały z trzydziestej konferencji AAAI na temat sztucznej inteligencji (AAAI-16).
- Bui, N., Yen, J. i Honavar, V. (2015). Czasowa przyczynowość wsparcia społecznego w społeczności internetowej dla osób, które przeżyły raka W: Międzynarodowa konferencja na temat komputerów społecznościowych, modelowania behawioralno-kulturowego i przewidywania (SBP15). Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 9021, s. 13–23.
- Lee, S. i Honavar, V. (2015). Podniesiona reprezentacja relacyjnych modeli przyczynowych Revisited: Implikacje dla rozumowania i uczenia się struktury W: Workshop on Advances in Causal Inference, Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence, 2015.
- Bareinboim, E., Lee, S., Honavar, V. i Pearl, J. (2013). Możliwość przenoszenia z wielu środowisk przy ograniczonych eksperymentach. W: Postępy w neuronowych systemach informacyjnych (NIPS) 2013. s. 136–144.
- Lee, S. i Honavar, V. (2013). Możliwość przenoszenia skutku przyczynowego z wielu środowisk. W: Proceedings of the 27th Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2013).
- Lee, S. i Honavar, V. (2013). Przenośność przyczynowa eksperymentów na kontrolowanych podzbiorach zmiennych: przenośność z. W: Materiały z 29. konferencji na temat niepewności w sztucznej inteligencji (UAI 2013).
Uczenie maszynowe, sieci neuronowe i uczenie głębokie
- Liang, J., Wu, Y., Yu, D. i Honavar, V. (2021). Regresja procesu gaussowskiego wzdłużnego głębokiego jądra w: Materiały z 35. Konferencji AAAI na temat sztucznej inteligencji. s. 8556-8564
- Hsieh, TY., Sun, Y., Wang, S. i Honavar, V. (2021). Funkcjonalne autoenkodery do uczenia się funkcjonalnej reprezentacji danych . W: Proceedings of the SIAM Conference on Data Mining. s. 666 - 674
- Hsieh, TY., Sun, Y., Tang, X., Wang, S. i Honavar, V. (2021). SrVARM: State Regularized Vector Autoregressive Model for Joint Learning ukrytych przejść stanu i zależnych od stanu zależności między zmiennymi z danych szeregów czasowych w: Proceedings of the Web Conference. s. 2270–2280
- Hsieh, TY., Sun, Y., Wang, Sm and Honavar, V. (2021). Wyjaśnialna wielowymiarowa klasyfikacja szeregów czasowych: głęboka sieć neuronowa, która uczy się uwzględniać ważne zmienne, a także informacyjne przedziały czasowe. W: Proceedings of the 14. International Conference on Web Search and Data Mining. s. 607-615
- Liang, J., Xu, D., Sun, Y. i Honavar, V. (2020). LMLFM: podłużna wielopoziomowa maszyna faktoryzacyjna. AAAI 2020: s. 4811–4818
- Le. T. i Honavar, V. (2020). Dynamiczny model utajonej zmiennej procesu Gaussa do uczenia się reprezentacji na podstawie podłużnych postępowań danych konferencji ACM-IMS 2020 na temat podstaw nauki o danych październik 2020 r. Strony 183–188. Dynamiczny model zmiennej latentnej procesu Gaussa do uczenia się reprezentacji na podstawie danych podłużnych
- Sun, Y., Wang, S., Tang, X., Hsieh, TY. i Honavar, V. (2020). Wrogie ataki na grafowe sieci neuronowe poprzez iniekcje węzłów: hierarchiczne podejście do uczenia się ze wzmocnieniem . Materiały z konferencji internetowej 2020 (WWW '20), s. 673-683.
- Sun, Y., Tang, X., Hsieh, TY., Wang, S. i Honavar, V. (2019). MEGAN: generatywny algorytm sieci przeciwstawnej do osadzania sieci z wieloma widokami . W: Proceedings of the 28th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-2019). s. 3527-3533
- Hsieh, TY, Sun, Y., Wang, S. i Honavar, V. (2019). Adaptacyjna współregulacja strukturalna dla nienadzorowanego wyboru funkcji z wielu widoków . W: Proceedings of the IEEE International Conference on Big Knowledge (ICBK-2019). DOI 10.1109/ICBK.2019.00020
- Zhou, Y., Sun, Y. i Honavar, V. (2019). Ulepszanie podpisów obrazów dzięki wykorzystaniu wykresów wiedzy. Zimowa konferencja IEEE na temat zastosowań wizji komputerowej.
- Hsieh, TY., El-Manzalawy, Y., Sun, Y. i Honavar, V (2018). Kompozycyjny stochastyczny średni gradient dla uczenia maszynowego i powiązanych aplikacji . W: Materiały z 19. Międzynarodowej Konferencji Inteligentnej Inżynierii Danych i Automatycznego Uczenia się. s. 740-752.
- Sun, Y., Bui, N., Hsieh, TY. i Honavar, V. (2018). Osadzanie sieci z wieloma widokami za pomocą klastrów opartych na faktoryzacji grafów i współuregulowanej umowy z wieloma widokami . Międzynarodowe warsztaty IEEE ICDM na temat analizy wykresów. DOI: 10.1109/ICDMW.2018.00145
- Liang, J., Hu, J., Dong, S. i Honavar, V. (2018). Top-N-Rank: skrócone podejście do rankingu opartego na listach dla rekomendacji Top-N na dużą skalę . W: Materiały z Międzynarodowej Konferencji IEEE na temat Big Data. DOI: 10.1109/BigData.2018.8621994
- Hu, J., Liang, J., Kuang, Y. i Honavar, V. (2018). Oparta na podobieństwach metoda rekomendacji Top-N dla reklam mobilnych w aplikacjach . Systemy eksperckie z aplikacjami. Tom. 111. s. 51–60.
- Bui, N., Le, T. i Honavar, V. (2016). Etykietowanie aktorów w sieciach społecznościowych z wieloma widokami poprzez integrację informacji z wielu widoków i z wielu widoków . W: Proceedings of the IEEE Conference on Big Data.
- Lin, H., Bui, N. i Honavar, V. (2015). Nauka klasyfikatorów ze zdalnych magazynów danych RDF rozszerzona o hierarchie podklas RDFS. W: 2nd International Workshop on High Performance Big Graph Data Management, Analysis, and Mining (BigGraph 2015), The IEEE International Conference on Big Data.
- Bui, N. i Honavar, V. (2014). Etykietowanie aktorów w sieciach społecznościowych za pomocą heterogenicznego jądra grafu. W: Międzynarodowa konferencja na temat komputerów społecznościowych, modelowania behawioralno-kulturowego i przewidywania (SBP14). s. 27–34.
- Lin, H. i Honavar, V. (2013). Uczenie się klasyfikatorów z łańcuchów wielu połączonych magazynów danych RDF. W: Kongres Big Data IEEE. Nagroda za najlepszą pracę studencką.
- Lin, H., Lee, S., Bui, N. i Honavar, V. (2013). Uczenie się klasyfikatorów z danych dystrybucyjnych. W: Kongres Big Data IEEE.
- Bui, N. i Honavar, V. (2013). O użyteczności abstrakcji w etykietowaniu aktorów w sieciach społecznościowych. W: Międzynarodowa konferencja IEEE/ACM 2013 na temat postępów w analizie i eksploracji sieci społecznościowych.
- Silvescu, A. i Honavar, V. (2013). Abstrakcja Superstrukturyzacja postaci normalnych: w kierunku teorii indukcji strukturalnej . W: Prawdopodobieństwo algorytmiczne i przyjaciele. Przewidywanie bayesowskie i sztuczna inteligencja (s. 339–350). Springer Berlin Heidelberg.
- Tu, K. i Honavar, V. (2012). Regularyzacja jednoznaczności dla nienadzorowanego uczenia się gramatyk probabilistycznych. W: Proceedings of EMNLP-CoNLL 2012 : Konferencja na temat metod empirycznych w przetwarzaniu języka naturalnego i obliczeniowej nauce języka naturalnego. s. 1324–1334.
- Lin, H., Koul, N. i Honavar, V. (2011). Nauka relacyjnych klasyfikatorów bayesowskich z danych RDF. W: Proceedings of the International Semantic Web Conference (ISWC 2011). Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 7031 s. 389–404.
- Tu, K. i Honavar, V. (2011). O przydatności programów nauczania w nienadzorowanej nauce gramatyk. W: Proceedings of the Twenty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2011) s. 1523–1528.
- Tu, K., Ouyang, X., Han, D., Yu, Y. i Honavar, V. (2011). Oparta na przykładach solidna, spójna klastryzacja. W: Proceedings of the SIAM Conference on Data Mining (SDM 2011). s. 884–895.
- Yakhnenko, O. i Honavar, V. (2011). Uczenie się z wieloma instancjami i wieloma etykietami w celu klasyfikacji obrazów z dużymi słownikami. W: Proceedings of the British Machine Vision Conference.
- Caragea, C., Silvescu, A., Caragea, D. i Honavar, V. (2010). Modele Markowa z rozszerzoną abstrakcją. W: Proceedings of the IEEE Conference on Data Mining (ICDM 2010). IEEE Naciśnij. s. 68–77.
- Koul, N. i Honavar, V. (2010). Uczenie się w obecności błędów mapowania ontologii. W: Proceedings of the IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence and Intelligent Agent Technology. s. 291–296. ACM Press.
- Bromberg, F., Margaritis, D. i Honavar, V. (2009). Wydajne wykrywanie struktury sieci Markowa na podstawie testów niezależności. Dziennik badań nad sztuczną inteligencją . Tom. 35. s. 449–485.
- El-Manzalawi, Y. i Honavar, V. (2009). MICCLLR: Uczenie się wielu instancji przy użyciu ilorazu wiarygodności dziennika warunkowego klasy. W: Proceedings of the 12th International Conference on Discovery Science (DS 2009). Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 5808, s. 80–91, Berlin: Springer.
- Silvescu, A., Caragea, C. i Honavar, V. (2009). Łączenie superstrukturyzacji i abstrakcji w klasyfikacji sekwencji. Konferencja IEEE na temat eksploracji danych (ICDM 2009).
- Yakhnenko, O. i Honavar, V. (2009). Multimodalny hierarchiczny model procesu Dirichleta do przewidywania adnotacji obrazu i zgodności etykiet obrazu z obiektem. W: Proceedings of the SIAM Conference on Data Mining, SIAM. s. 281–294
- Tu, K. i Honavar, V. (2008). Nienadzorowane uczenie się probabilistycznej gramatyki bezkontekstowej przy użyciu iteracyjnego biclusteringu. . W: Międzynarodowe Kolokwium na temat wnioskowania gramatycznego (ICGI-2008). Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 5278 s. 224–237.
- Yakhnenko, O. i Honavar, V. (2008). Opisywanie obrazów i obiektów obrazów przy użyciu hierarchicznego modelu procesu Dirichleta. 9th International Workshop on Multimedia Data Mining (SIGKDD MDM 2008), Las Vegas, ACM.
- Zhang, J.; Kang, Dania; Silvescu, A.; Honavar, V. (2006). „Uczenie się dokładnych i zwięzłych naiwnych klasyfikatorów Bayesa z taksonomii wartości atrybutów i danych” . Wiedza i systemy informacyjne . 9 (2): 157–179. doi : 10.1007/s10115-005-0211-z . PMC 2846370 . PMID 20351793 .
- Caragea, D., Zhang, J., Bao, J., Pathak, J. i Honavar, V. (2005). Algorytmy i oprogramowanie do wspólnego odkrywania z autonomicznych, semantycznie heterogenicznych źródeł informacji (artykuł na zaproszenie). Materiały z 16. Międzynarodowej Konferencji Algorytmicznej Teorii Uczenia się. Notatki z wykładów z informatyki, Singapur, Berlin: Springer-Verlag. Tom. 3734. s. 13–44
- J. Zhang, D. Caragea i V. Honavar. Uczenie się klasyfikatorów świadomych ontologii. Materiały z 8. Międzynarodowej Konferencji Discovery Science. Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, Singapur, Berlin: Springer-Verlag. Tom. 3735. s. 308–321, 2005.
- Yakhnenko, O., Silvescu, A. i Honavar, V. (2005) Wytrenowany dyskryminacyjnie model Markowa do klasyfikacji sekwencji. Konferencja IEEE na temat eksploracji danych (ICDM 2005), Houston, Teksas, IEEE Press
- Kang, DK., Zhang, J., Silvescu, A. i Honavar, V. (2005) Abstrakcja oparta na wielomianowym modelu zdarzeń do klasyfikacji sekwencji i tekstu. Proceedings of the Symposium on Abstraction, Reformulation and Approximation (SARA 2005), Edynburg, Wielka Brytania, Berlin: Springer-Verlag. Tom. 3607. s. 134–148.
- Wu. F., Zhang, J. i Honavar, V. (2005) Nauka klasyfikatorów przy użyciu taksonomii klas o strukturze hierarchicznej. Proceedings of the Symposium on Abstraction, Reformulation and Approximation (SARA 2005), Edynburg, Berlin, Springer-Verlag. Tom. 3607. s. 313–320.
- Caragea, D.; Silvescu, A.; Honavar, V. (2004). „Ramy do uczenia się na podstawie rozproszonych danych przy użyciu wystarczających statystyk i ich zastosowania do uczenia się drzew decyzyjnych” . International Journal of Hybrid Intelligent Systems . 1 (2): 80–89. doi : 10.3233/HIS-2004-11-210 . PMC 2846376 . PMID 20351798 .
- Kang, DK., Silvescu, A., Zhang, J. i Honavar, V. Generowanie taksonomii wartości atrybutów na podstawie danych w celu dokładnej i kompaktowej konstrukcji klasyfikatora. Międzynarodowa konferencja IEEE na temat eksploracji danych, IEEE Press. s. 130–137, 2004.
- R. Polikar, L. Udpa, S. Udpa i V. Honavar (2004). Przyrostowy algorytm uczenia się z oszacowaniem ufności do automatycznej identyfikacji sygnałów NDE. Transakcje IEEE dotyczące ultradźwięków, ferroelektryków i kontroli częstotliwości. Tom. 51. s. 990–1001, 2004.
- Atramentov, A., Leiva, H. i Honavar, V. (2003). Algorytm uczenia się wielorelacyjnego drzewa decyzyjnego - implementacja i eksperymenty. W: Materiały z trzynastej międzynarodowej konferencji na temat programowania logiki indukcyjnej. Berlin: Springer-Verlag.
- Zhang, J. i Honavar, V. (2003). Uczenie się klasyfikatorów drzew decyzyjnych z taksonomii wartości atrybutów i częściowo określonych danych. W: Proceedings of the International Conference on Machine Learning (ICML-03).
- Zhang, J., Silvescu, A. i Honavar, V. (2002). Indukcja drzew decyzyjnych oparta na ontologii na wielu poziomach abstrakcji. W: Proceedings of Symposium on Abstraction, Reformulation and Approximation. Berlin: Springer-Verlag.
- Polikar, R., Udpa, L., Udpa, S. i Honavar, V. (2001). Learn++: przyrostowy algorytm uczenia się dla wielowarstwowych sieci perceptronowych. Transakcje IEEE dotyczące systemów, człowieka i cybernetyki. Tom. 31, nr 4. s. 497–508.
- Parekh, R. i Honavar, V. (2001). Uczenie się DFA na prostych przykładach. Nauczanie maszynowe. Tom. 44. s. 9–35.
- Silvescu, A. i Honavar, V. (2001). Modele czasowych sieci boolowskich sieci genetycznych i ich wnioskowanie z szeregów czasowych ekspresji genów. Systemy złożone. Cz. 13. Nr 1. s. 54-.
- Balakrishnan, K., Bousquet, O. i Honavar, V. (2000). Uczenie się przestrzenne i lokalizacja u zwierząt: model obliczeniowy i jego implikacje dla robotów mobilnych, zachowanie adaptacyjne. Tom. 7. nie. 2. s. 173–216.
- Caragea, D., Silvescu, A. i Honavar, V. (2000). Agenci, którzy uczą się z rozproszonych dynamicznych źródeł danych. W: Proceedings of the ECML 2000/Agents 2000 Workshop on Learning Agents. Barcelona, Hiszpania.
- Parekh, R. i Honavar, V. (2000). O związkach między modelami uczenia się w pomocnych środowiskach. W: Materiały z V Międzynarodowej Konferencji na temat wnioskowania gramatycznego. Lizbona, Portugalia.
- Parekh, R., Yang, J. i Honavar, V. (2000). Konstruktywne algorytmy uczenia się sieci neuronowych do wielokategoriowej klasyfikacji wzorców. Transakcje IEEE w sieciach neuronowych. Tom. 11. nr 2. s. 436–451.
- Polikar, R., Udpa, L., Udpa, S. i Honavar, V. (2000). Learn++: przyrostowy algorytm uczenia się dla wielowarstwowych sieci perceptronowych. W: Proceedings of the IEEE Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP) 2000. Stambuł, Turcja.
- Yang, J., Parekh, R. i Honavar, V. (2000). Porównanie wydajności wariantów jednowarstwowych algorytmów perceptronu na nierozdzielnych danych. Obliczenia neuronowe, równoległe i naukowe. Tom. 8. s. 415–438.
- Yang, J. i Honavar, V. (1999). DistAl: konstruktywny algorytm uczenia sieci neuronowej oparty na odległości między wzorcami .. Inteligentna analiza danych. Tom. 3. s. 55–73.
- Parekh, R. i Honavar, V. (1999). Proste DFA są wielomianowo prawdopodobnie dokładnie możliwe do nauczenia się z prostych przykładów. W: Proceedings of the International Conference on Machine Learning. Bled, Słowenia.
- Bousquet, O., Balakrishnan, K. i Honavar, V. (1998). Czy hipokamp jest filtrem Kalmana? W: Proceedings of the Pacific Symposium on Biocomputing. Singapur: świat naukowy. s. 655–666.
- Parekh, R., Nichitiu, C. i Honavar, V. (1998). Wielomianowy algorytm przyrostowy w czasie do nauki DFA. W: Proceedings of the Fourth International Colloquium on Grammatical Inference (ICGI'98), Ames, IA. Notatki z wykładów z informatyki, tom. 1433 s. 37–49. Berlin: Springer-Verlag.
- Yang, J. i Honavar, V. (1998). Wybór podzbioru cech za pomocą algorytmu genetycznego. Inteligentne systemy IEEE (wydanie specjalne dotyczące transformacji funkcji i wyboru podzbioru). tom. 13. s. 44–49.
- Parekh, RG, Yang, J. i Honavar, V. (1997). MUPStart — konstruktywny algorytm uczenia się sieci neuronowych do klasyfikacji wzorców wielokategorii. W: Proceedings of the IEEE International Conference on Neural Networks (ICNN'97). Houston, Teksas. s. 1924–1929.
- Parekh, RG, Yang, J. i Honavar, V. (1997). Strategie przycinania dla konstruktywnych algorytmów uczenia się sieci neuronowych. W: Proceedings of the IEEE International Conference on Neural Networks (ICNN'97). Houston, Teksas. s. 1960–1965. 9-12 czerwca 1997.
- Parekh, RG i Honavar, V. (1997) Uczenie się DFA na podstawie prostych przykładów. W: Proceedings of the International Workshop on Algorithmic Learning Theory. (ALT 97). Sendai, Japonia. Notatki z wykładów z informatyki. Tom. 1316 s. 116–131.
- Chen, CH., Parekh, R., Yang, J., Balakrishnan, K. i Honavar, V. (1995). Analiza granic decyzyjnych generowanych przez konstruktywne algorytmy uczenia sieci neuronowych. W: Proceedings of the World Congress on Neural Networks (WCNN'95). Waszyngton, DC 17–21 lipca 1995. s. 628–635.
- Honavar, V.; Uhr, L. (1993). „Generatywne struktury uczenia się dla uogólnionych sieci koneksjonistycznych”. Nauki informacyjne . 70 (1–2): 75–108. doi : 10.1016/0020-0255(93)90049-r .
- Honavar, V. (1992). Niektóre uprzedzenia dla efektywnego uczenia się wzorców przestrzennych, czasowych i czasoprzestrzennych. W: Proceedings of International Joint Conference on Neural Networks. Pekin, Chiny.
Reprezentacja wiedzy i sieć semantyczna
- Tao, J.; Słucki, G.; Honavar, V. (2015). „Ramy koncepcyjne dla rozumowania z zachowaniem tajemnicy w bazach wiedzy”. Transakcje ACM w logice obliczeniowej . 16 : 1–32. doi : 10.1145/2637477 . S2CID 11436585 .
- Santhanam, GR, Basu, S. i Honavar, V. (2013) Weryfikacja preferencyjnej równoważności i subsumpcji poprzez sprawdzanie modeli. W Międzynarodowej Konferencji Algorytmicznej Teorii Decyzji (s. 324–335). Springer Berlin Heidelberg.
- Tao, J., Slutzki, G. i Honavar, V. (2012). Algorytmy PSpace Tableau dla acyklicznego modalizowanego ALC. Dziennik automatycznego rozumowania . Tom. 49. s. 551–582
- Santhanam, G.; Basu, S.; Honavar, V. (2011). „Reprezentowanie i rozumowanie z preferencjami jakościowymi dla systemów kompozycyjnych”. Dziennik badań nad sztuczną inteligencją . 42 : 211–274.
- Santhanam, G., Suvorov, Y., Basu, S. i Honavar, V. (2011). Weryfikacja zasad interwencji w celu przeciwdziałania rozprzestrzenianiu się infekcji w sieciach: podejście do sprawdzania modelu. W: Materiały z dwudziestej piątej konferencji na temat sztucznej inteligencji (AAAI-2011). s. 1408–1414.
- Sanghvi, B., Koul, N. i Honavar, V. (2010). Identyfikowanie i eliminowanie niespójności w odwzorowaniach w ontologiach hierarchicznych. W: Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 6427, s. 999–1008. Berlin: Springer.
- Santhanam, G., Basu, S. i Honavar, V. (2010). Efektywne testowanie dominacji dla bezwarunkowych preferencji. W: Materiały z XII Międzynarodowej Konferencji Zasad Reprezentacji Wiedzy i Rozumowania (KR 2010). s. 590–592. AAAI Press.
- Santhanam, G., Basu, S. i Honavar, V. (2010). Testowanie dominacji poprzez sprawdzanie modelu. W: Materiały z 24. konferencji AAAI na temat sztucznej inteligencji (AAAI-10). s. 357–362. AAAI Press.
- Bao, J., Voutsadakis G., Slutzki, G. Honavar:, V. (2009). Logika opisu oparta na pakietach. W: Ontologie modułowe: koncepcje, teorie i techniki modularyzacji wiedzy. Notatki z wykładów z informatyki, tom. 5445, s. 349–371
- Bao, J., Voutsadakis, G., Slutzki, G. i Honavar, V. (2008). O rozstrzygalności odwzorowań ról między ontologiami modułowymi. W: Proceedings of the 23nd Conference on Artificial Intelligence (AAAI-2008), Menlo Park, CA: AAAI Press, s. 400–405
- Bao, J., Slutzki, G. i Honavar, V. (2007). Podejście do importu semantycznego do ponownego wykorzystania wiedzy z wielu ontologii. W: Materiały z 22. Konferencji na temat Sztucznej Inteligencji (AAAI-2007). Vancouver, Kanada. Podejście do importu semantycznego do ponownego wykorzystania wiedzy z wielu ontologii. s. 1304–1309. AAAI Press.
- Bao, J., Slutzki, G. i Honavar, V. (2007). Rozumowanie chroniące prywatność w sieci semantycznej . Konferencja IEEE/WIC/ACM na temat inteligencji internetowej. IEEE. s. 791–797
- Bao, J., Caragea, D. i Honavar, V. (2006). O semantyce łączenia i importowania w ontologiach modułowych. W: Proceedings of the International Semantic Web Conference (ISWC 2006), Lecture Notes in Computer Science, Berlin: Springer. Notatki z wykładów z informatyki, tom. 4273, s. 72–86.
- Bao, J., Caragea, D. i Honavar, V. (2006). Algorytm wnioskowania federacyjnego oparty na Tableau dla ontologii modułowych. W: Proceedings of the ACM/IEEE/WIC Conference on Web Intelligence. IEEE Naciśnij. s. 404–410.
- Bao, J., Caragea, D. i Honavar, V. Rozproszony algorytm Tableau dla logiki opisu opartej na pakietach. Proceedings of the Second International Workshop on Context Representation and Reasoning (CRR 2006), Riva del Garda, Włochy, CEUR. 2006.
- J. Bao, D. Caragea i V. Honavar. Ontologie modułowe – formalne badanie semantyki i ekspresywności. W Proceedings of the First Asian Semantic Web Conference, Pekin, Chiny, Springer-Verlag. Tom. Tom. 4185, s. 616–631, 2006. Nagroda za najlepszy artykuł
- Silvescu, A. i Honavar, V. Niezależność, rozkład i funkcje, które przyjmują wartości w grupę abelową. Materiały z dziewiątego międzynarodowego sympozjum na temat sztucznej inteligencji i matematyki, 9. sympozjum AI i MATH - Proceedings , 2006.
Infrastruktura danych i obliczeniowa dla nauki opartej na współpracy
- Parashar, M., Honavar, V., Simonet, A., Rodero, I., Ghahramani, F., Agnew, G. i Jantz, R. (2020). Virtual Data Collaboratory: regionalna infrastruktura cybernetyczna do wspólnych badań opartych na danych. Informatyka w nauce i inżynierii 22:3:79-92
- Santhanam, GR, Basu, S. i Honavar, V. (2013). Adaptacja usługi w oparciu o preferencje z wykorzystaniem substytucji usług. W Proceedings of the 2013 IEEE / WIC / ACM International Joint Conferences on Web Intelligence (WI) i Intelligent Agent Technologies (IAT) - tom 01 (s. 487–493). Towarzystwo komputerowe IEEE.
- Sun, H., Basu, S., Honavar, V. i Lutz, R. (2010). Automatyczna weryfikacja wymagań bezpieczeństwa kompozytowych usług internetowych. W: Proceedings of the IEEE International Symposium on Software Reliability Engineering (ISSRE-2010). s. 348–357, IEEE Press.
- Santhanam, GR, Basu, S. i Honavar, V. (2009). Zastępowanie usług sieciowych w oparciu o preferencje w stosunku do atrybutów niefunkcjonalnych. W: Proceedings of the IEEE International Conference on Services Computing (SCC 2009).
- Pathak, J., Basu, S. i Honavar, V. (2008). Komponowanie usług sieciowych poprzez automatyczne przeformułowanie specyfikacji usług. Proceedings of the IEEE International Conference on Services Computing, IEEE, s. 361–369.
- Pathak, J.; Basu, S.; Lutz, R.; Honavar, V. (2008). „MoSCoE: podejście do komponowania usług sieciowych poprzez iteracyjne przeformułowanie specyfikacji funkcjonalnych”. Międzynarodowy dziennik poświęcony narzędziom sztucznej inteligencji . 17 (1): 109–138. CiteSeerX 10.1.1.301.6753 . doi : 10.1142/s0218213008003807 .
- Santhanam, G., Basu, S. i Honavar, V. (2008). TCP-Compose* - Algorytm oparty na protokole TCP-net służący do wydajnego tworzenia usług sieciowych w oparciu o preferencje jakościowe. Proceedings of the 6. International Conference on Service Oriented Computing, Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 5254. s. 453–467
- Pathak, J., Basu, S. i Honavar, V. (2007). O kontekstowej substytucyjności usług sieciowych. W: Proceedings of the IEEE International Conference on Web Services. s. 192–199. IEEE Naciśnij.
- Pathak, J., Li, Y., Honavar, V., McCalley, J. (2007). Architektura zorientowana na usługi do zarządzania zasobami systemu przesyłowego energii elektrycznej. Drugie międzynarodowe warsztaty na temat aplikacji inżynieryjnych zorientowanych na usługi: projektowanie i skład, notatki z wykładów z informatyki, Berlin: Springer-Verlag, 2007.
- Pathak, J., Basu, S., Lutz, R. i Honavar, V. (2006). Wybieranie i komponowanie usług sieciowych poprzez iteracyjne przeformułowanie specyfikacji funkcjonalnych. Materiały z Międzynarodowej Konferencji IEEE na temat narzędzi ze sztuczną inteligencją (ICTAI 2006), Waszyngton, DC, IEEE Press. Nagroda za najlepszy papier. s. 445–454.
- Pathak, J., Basu, S. i Honavar, V. (2006). Modelowanie usług sieciowych poprzez iteracyjne przeformułowanie wymagań funkcjonalnych i niefunkcjonalnych. Materiały z Międzynarodowej Konferencji na temat Informatyki Zorientowanej na Usługi. Notatki z wykładów z informatyki, Berlin: Springer, tom. 4294, s. 314–326.
- Pathak, J., Yuan, L., Honavar, V. i McCalley, J. (2006). Architektura zorientowana na usługi do zarządzania aktywami systemów przesyłowych energii elektrycznej, w: Materiały z drugiego międzynarodowego warsztatu na temat zastosowań inżynierskich zorientowanych na usługi: projektowanie i skład (WESOA-2006), Notatki z wykładów z informatyki, Berlin: Springer-Verlag.
- Pathak, J., Basu, S., Lutz, R. i Honavar, V. (2006). Równoległa kompozycja usług internetowych w MoSCoE: podejście oparte na choreografii. Proceedings of the IEEE European Conference on Web Services (ECOWS 2006), Zurych, Szwajcaria, IEEE. W prasie.
- Pathak, J., Basu, S. i Honavar, V. Modelowanie kompozycji usług sieciowych za pomocą symbolicznych systemów przejściowych. Warsztaty AAAI '06 na temat technologii opartych na sztucznej inteligencji dla przetwarzania zorientowanego na usługi (AI-SOC), Boston, MA, AAAI Press, 2006.
- Pathak, J., Koul, N., Caragea, D. i Honavar, V. Struktura wykrywania usług sieci semantycznej. Materiały z 7. międzynarodowych warsztatów ACM na temat informacji w sieci i zarządzania danymi (WIDM 2005). , ACM Press. s. 45–50, 2005.
- Pathak, J., Caragea, D. i Honavar, V. Przepływy pracy oparte na komponentach rozszerzonej ontologii: ramy do konstruowania złożonych przepływów pracy z semantycznie heterogenicznych komponentów oprogramowania. Warsztaty VLDB-04 dotyczące sieci semantycznej i baz danych. Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki., Toronto, Springer-Verlag. Tom. 3372. s. 41–56, 2004.
Informatyka Stosowana: Bioinformatyka, Informatyka Zdrowotna, Informatyka Materiałowa
- Geng, C., Jung, Y., Renaud, N., Honavar, V., Bonvin, A., Xue, L. (2020). iScore: nowatorska funkcja oparta na jądrze wykresu do oceniania modeli dokowania białko-białko, Bioinformatics Validate User
- Hou Y, Wu C, Yang D, Ye T, Honavar VG, Van Duin AC, Wang K, Priya S. (2020) Dwuwymiarowe hybrydowe organiczno-nieorganiczne perowskity jako wschodzące materiały ferroelektryczne. Journal of Applied Physics 128, Dwuwymiarowe hybrydowe organiczno-nieorganiczne perowskity jako wschodzące materiały ferroelektryczne .
- Renaud, N., Jung, Y., Honavar, V., Geng, C., Bonvin, AM i Xue, LC (2020). iScore: oprogramowanie obsługiwane przez MPI do tworzenia rankingu modeli dokowania białko-białko w oparciu o jądro grafu błądzenia losowego i maszyny wektorów nośnych. Oprogramowanie X, 11, s. 100462.
- Khademi, A., El-Manzalawi, A., Master, L., Buxton, O. i Honavar, V. (2019). Spersonalizowane oszacowanie parametrów snu na podstawie Actigraphy: podejście oparte na uczeniu maszynowym . Natura i nauka o śnie.
- Abbas, M., Matta, J., Le, Thanh, Bensmail, H., Obafemi-Ajayi, T., Honavar, V. i El-Manzalawi, Y. (2019). Odkrywanie biomarkerów w nieswoistych zapaleniach jelit przy użyciu sieciowego wyboru cech. PLOS One Biomarker w nieswoistych zapaleniach jelit przy użyciu sieciowego wyboru cech .
- Jung Y, El-Manzalawy Y, Dobbs D, Honavar VG (2019). Specyficzne dla partnera przewidywanie reszt wiążących RNA w białkach: krytyczna ocena. Białka: struktura, funkcja i bioinformatyka s. 1–14 Specyficzne dla partnera przewidywanie reszt wiążących RNA w białkach: krytyczna ocena
- Khademi, A., El-Manzalawy, Y., Buxton, O. i Honavar, V. (2018). W kierunku spersonalizowanej prognozy snu / czuwania z Actigraphy. Międzynarodowa konferencja IEEE na temat informatyki biomedycznej i zdrowotnej. s. 414–417. IEEE.
- El-Manzalawy, Y., Hsieh, TY., Shivakumar, M., Kim, D. i Honavar, V. (2018). Wybór funkcji z wielu widoków z minimalną redundancją i maksymalną trafnością do przewidywania przeżycia raka jajnika przy użyciu danych multi-omicznych. (Wstępna wersja zaprezentowana na: Translational Bioinformatics Conference). Genomika BMC.
- Abbas M, Le T, Bensmail H, Honavar V, El-Manzalawy Y (2018). Odkrywanie mikrobiomarkerów w nieswoistych zapaleniach jelit przy użyciu sieciowego wyboru funkcji. Materiały z 9. Konferencji ACM poświęconej bioinformatyce, biologii obliczeniowej i informatyce zdrowotnej.
- Gur, S. i Honavar, V. (2018). PATENet: Pairwise Alignment of Time Evolving Networks .. in: Proceedings of the 14th International Conference on Machine Learning and Data Mining in Pattern Recognition. Notatki z wykładów z informatyki, tom. 10934 LNAI, Springer Verlag, s. 85–98
- El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2017). Przewidywanie in silico epitopów liniowych komórek B na białkach. W: Y. Zhou, E. Faraggi, A. Kloczkowski i Y. Yang (red.), Prediction of Protein Secondary Structure, Methods in Molecular Biology, tom. 1484, doi : 10.1007/978-1-4939-6406-2_17 .
- El-Manzalawy, Y., Buxton, O. i Honavar, V. (2017). Przewidywanie stanu uśpienia/budzenia i szacowanie parametrów snu przy użyciu nienadzorowanej klasyfikacji poprzez klastrowanie. W: Konferencja IEEE na temat bioinformatyki i biomedycyny.
- Walia, R., El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2017). Oparte na sekwencjach przewidywanie reszt wiążących RNA w białkach. W: Y. Zhou, E. Faraggi, A. Kloczkowski i Y. Yang (red.), Prediction of Protein Secondary Structure, Methods in Molecular Biology, tom. 1484, doi : 10.1007/978-1-4939-6406-2_15 .
- El-Manzalawy, Y., Munoz, E., Lindner, SE i Honavar, V. (2016). PlasmoSEP: Przewidywanie białek eksponowanych na powierzchni pasożyta malarii przy użyciu częściowo nadzorowanych samokształceń i danych opatrzonych komentarzami ekspertów. Proteomika. doi : 10.1002/pmic.201600249 .
- El-Manzalawy, Y.; Abbas, M.; Malluhi, Q.; Honavar, V. (2016). „FastRNABindR: Szybka i dokładna prognoza pozostałości interfejsu białko-RNA” . PLOS JEDEN . 11 (7): e0158445. Bibcode : 2016PLoSO..1158445E . doi : 10.1371/journal.pone.0158445 . PMC 4934694 . PMID 27383535 .
- Xue, L.; Rodrigues, JPLM; Dobbs, D.; Honavar, V.; Bonvin, A. (2016). „Dokowanie białko-białko oparte na szablonach ulepszone dzięki ograniczeniom reszt międzyfazowych parami” . Odprawy z bioinformatyki . 18 (3): 458–466. doi : 10.1093/bib/bbw027 . PMC 5428999 . PMID 27013645 .
- Xue, L.; Dobbs, D.; Bonvin, A.; Honavar, V. (2015). „Obliczeniowe przewidywanie interfejsów białkowych: przegląd metod opartych na danych” . Listy FEBS . 589 (23): 3516–3526. doi : 10.1016/j.febslet.2015.10.003 . PMC 4655202 . PMID 26460190 .
- El-Manzalawy. Y. i Honavar, V. (2014). Budowanie zespołów klasyfikatorów do przewidywania epitopów komórek B. W: De, RK i Tomar, N. (red.). Immunoinformatyka, Springer Protocols Methods in Molecular Biology, tom. 1184. s. 285–294.
- Walia, RR.; Xue, LC.; Wilkins, K.; El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2014). „RNABindRPlus: predyktor, który łączy uczenie maszynowe i metody oparte na homologii sekwencji w celu poprawy niezawodności przewidywanych reszt wiążących RNA w białkach” . PLOS JEDEN . 9 (5): e97725. Bibcode : 2014PLoSO...997725W . doi : 10.1371/journal.pone.0097725 . PMC 4028231 . PMID 24846307 .
- Xue, L.; Jordania R.; El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2014). „DockRank: Ranking zadokowanych konformacji przy użyciu przewidywania interfejsu białka opartego na homologii sekwencji specyficznej dla partnera” . Białka: struktura, funkcja i bioinformatyka . 82 (2): 250–267. doi : 10.1002/prot.24370 . PMC 4417613 . PMID 23873600 .
- Andorf, C.; Honavar, V.; Sen, T. (2013). „Przewidywanie wzorców wiązania białek: badanie z wykorzystaniem sieci interakcji białek drożdży” . PLOS JEDEN . 8 (2): e56833. Bibcode : 2013PLoSO...856833A . doi : 10.1371/journal.pone.0056833 . PMC 3576370 . PMID 23431393 .
- El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2012). Przewidywanie ochronnych antygenów bakteryjnych przy użyciu losowych klasyfikatorów lasów. ACM Conference on Bioinformatics and Computational Biology s. 426–433, 2012.
- Jordania R.; El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2012). „Przewidywanie reszt międzyfazowych białko-białko przy użyciu lokalnego podobieństwa strukturalnego powierzchni” . BMC Bioinformatyka . 13 : 41. doi : 10.1186/1471-2105-13-41 . PMC 3386866 . PMID 22424103 .
- Towfic, F.; Gupta S.; Honavar, V.; Subramaniam, S. (2012). „Ścieżki przetwarzania liganda komórek B wykryte przez analizę ekspresji genów na dużą skalę” . Genomika, proteomika i bioinformatyka . 10 (3): 142–152. doi : 10.1016/j.gpb.2012.03.001 . PMC 5054497 . PMID 22917187 .
- Towfic, F., Kohutyuk, O., Greenlee, MHW. i Honavar, V. (2012). Bionetworkbench: baza danych i oprogramowanie do przechowywania, wyszukiwania i interaktywnej analizy sieci genów i białek. Bioinformatyka i biologia Insights . Tom. 6. s. 235–246.
- Walia R.; Caragea, C.; Lewis, B.; Towfic, F.; Terribilini, M.; El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2012). „Przewidywanie pozostałości interfejsu białko-RNA za pomocą uczenia maszynowego: ocena stanu techniki” . BMC Bioinformatyka . 13 : 89. doi : 10.1186/1471-2105-13-89 . PMC 3490755 . PMID 22574904 .
- El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2011). „Przewidywanie powinowactwa wiązania MHC-II przy użyciu regresji wielu instancji” . Transakcje IEEE / ACM dotyczące biologii obliczeniowej i bioinformatyki . 8 (4): 1067–1079. doi : 10.1109/TCBB.2010.94 . PMC 3400677 . PMID 20855923 .
- Lewis, BA, Walia, RR, Terribilini, M., Ferguson, J., Zheng, C., Honavar, V. i Dobbs, D. (2011). PRIDB: Baza danych interfejsu białko-RNA . Badania kwasów nukleinowych. D277-282. doi : 10.1093/nar/gkq1108 .
- Muppirala, U.; Honavar, V.; Dobbs, D. (2011). „Przewidywanie interakcji RNA-białko przy użyciu tylko informacji o sekwencji” . BMC Bioinformatyka . 12 : 489. doi : 10.1186/1471-2105-12-489 . PMC 3322362 . PMID 22192482 .
- Tuggle, CK, Towfic, F. i Honavar, VG (2011) Wprowadzenie do biologii systemów dla naukowców zajmujących się zwierzętami, w biologii systemów i nauce o zwierzętach gospodarskich (red. MFW te Pas, H. Woelders i A. Bannink), Wiley-Blackwell, Oxford, Wielka Brytania. doi : 10.1002/9780470963012.ch1
- Xue, L.; Dobbs, D.; Honavar (2011). „HomPPI: klasa metod przewidywania interfejsów białko-białko opartych na homologii sekwencji” . BMC Bioinformatyka . 12 : 244. doi : 10.1186/1471-2105-12-244 . PMC 3213298 . PMID 21682895 .
- Barnhill, AE; Hecker, Luizjana; Kohutyuk, O.; Buss, JE; Honavar, V.; Greenlee, HW (2010). „Charakterystyka proteomu siatkówki podczas genezy fotoreceptorów pręcików” . Notatki badawcze BMC . 3:25 . doi : 10.1186/1756-0500-3-25 . PMC 2843734 . PMID 20181029 .
- Caragea, C. Silvescu; Caragea, D.; Honavar, V. (2010). „Pół-nadzorowane przewidywanie lokalizacji subkomórkowej białek przy użyciu modeli Markowa wzmocnionych abstrakcją” . BMC Bioinformatyka . 11 (Suplement 8): S6. doi : 10.1186/1471-2105-11-S8-S6 . PMC 2966293 . PMID 21034431 .
- El-Manzalawy, Y. i Honavar, V. (2010). Ostatnie postępy w metodach przewidywania epitopów komórek B. Dodatek do badań immunologicznych. 2:S2.
- Towfic, F.; Caragea, C.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2010). „Struct-NB: Przewidywanie miejsc wiązania białka z RNA przy użyciu cech strukturalnych” . International Journal of Data Mining and Bioinformatics . 4 (1): 21–43. doi : 10.1504/ijdmb.2010.030965 . PMC 2840657 . PMID 20300450 .
- Towfic, F.; Vander Plas, S.; Oliver, Kalifornia; Couture, O.; Tuggle, CK; Greenlee, MHW; Honavar, V. (2010). „Wykrywanie ortologii genów na podstawie koekspresji genów i sieci interakcji białek” . BMC Bioinformatyka . 11 (Suplement 3): S7. doi : 10.1186/1471-2105-11-s3-s7 . PMC 2863066 . Identyfikator PMID 20438654 .
- Tuggle, CK; Bearson, SMD; Huang, TH; Couture, O.; Wang, Y.; Kuhar, D.; Lunney, JK; Honavar, V. (2010). „Metody analiz transkryptomicznych odpowiedzi immunologicznej gospodarza świni: zastosowanie do zakażenia Salmonellą przy użyciu mikromacierzy” . Immunologia i immunopatologia weterynaryjna . 138 (4): 282–291. doi : 10.1016/j.vetimm.2010.10.006 . PMC 6545292 . PMID 21036404 .
- Caragea, C.; Sinapow, J.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2009). „Mieszanka modeli ekspertów w celu wykorzystania globalnego podobieństwa sekwencji do znakowania sekwencji biomolekularnych” . BMC Bioinformatyka . 10 (Suplement 4): S4. doi : 10.1186/1471-2105-10-S4-S4 . PMC 2681071 . PMID 19426452 .
- Couture, O.; Callenberg, K.; Koul, N.; Pandit S.; Younes, J.; Hu, ZL.; Dekkers, J.; Reecy, J.; Honavar, V.; Tuggle, C. (2009). „ANEXdb: zintegrowana baza danych adnotacji zwierząt i mikromacierzy EXpression” . Genom ssaków . 20 (11-12): 768-777. doi : 10.1007/s00335-009-9234-1 . PMID 19936830 . S2CID 12121355 .
- Towfic, F., Greenlee, H. i Honavar, V. (2009). Wyrównywanie sieci biomolekularnych za pomocą jąder grafów modułowych. W: Materiały z IX Warsztatów Algorytmów w Bioinformatyce (WABI 2009). Berlin: Springer-Verlag: LNBI Cz. 5724, s. 345–361.
- Towfic, F., Greenlee, H. i Honavar, V. (2009). Wykrywanie genów ortologicznych na podstawie sieci interakcji białko-białko. W: Proceedings of the IEEE Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2009). IEEE Naciśnij.
- Dunn-Thomas, T., Dobbs, DL, Sakaguchi, D. Young, MJ Honavar, V. Greenlee, HMW (2008). Różnicowanie proteomiczne między mysimi komórkami progenitorowymi siatkówki i mózgu. Komórki macierzyste i rozwój. 17:119–131.
- El-Manzalawy, Y.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2008). „O ocenie metod przewidywania peptydu wiążącego MHC-II” . PLOS JEDEN . 3 (9): e3268. Bibcode : 2008PLoSO...3.3268E . doi : 10.1371/journal.pone.0003268 . PMC 2533399 . PMID 18813344 .
- El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2008). Przewidywanie epitopów liniowych komórek B o elastycznej długości, 7. Międzynarodowa Konferencja Bioinformatyki Systemów Obliczeniowych, Stanford, Kalifornia. Singapur: świat naukowy.
- El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2008). Przewidywanie liniowych epitopów komórek B przy użyciu jąder łańcuchowych. Journal of Molecular Recognition , doi : 10.1002/jmr.893
- El-Manzalawy, Y., Dobbs, D. i Honavar, V. (2008). Przewidywanie ochronnych epitopów liniowych komórek B na podstawie informacji ewolucyjnych. Konferencja IEEE na temat bioinformatyki i biomedycyny, s. 289–292, IEEE Press.
- Hecker, L., Alcon, T., Honavar, V. i Greenlee, H. Analiza i interpretacja zbiorów danych ekspresji genów na dużą skalę przy użyciu sieci nasion. Journal of Bioinformatics and Biology Insights. Tom. 2. s. 91–102, 2008.
- Hughes, LaRon; Bao, J.; Honavar, V.; Reecy, J. (2008). „Animal Trait Ontology (ATO): znaczenie i przydatność ujednoliconego słownictwa cech dla gatunków zwierząt” . Journal of Animal Science . 86 (6): 1485-1491. doi : 10.2527/jas.2008-0930 . PMC 2569847 . PMID 18272850 .
- Zawietrzny. JH., Hamilton, M., Gleeson, C., Caragea, C., Zaback, P., Sander, J., Lee, X., Wu, F., Terribilini, M., Honavar, V. and Dobbs, D. Uderzające podobieństwa w różnych białkach telomerazy ujawnione przez połączenie przewidywania struktury i podejścia do uczenia maszynowego. W Proceedings of the Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2008). Tom. 13. s. 501–512, 2008.
- Peto, M.; Kłoczkowski, A.; Honavar, V.; Jernigan, RL (2008). „Wykorzystanie algorytmów uczenia maszynowego do klasyfikowania binarnych sekwencji białek jako wysoce projektowalnych lub słabo projektowalnych” . BMC Bioinformatyka . 9 : 487. doi : 10.1186/1471-2105-9-487 . PMC 2655094 . PMID 19014713 .
- Yan, C.; Wu, F.; Jernigan, RL; Dobbs, D.; Honavar, V. (2008). „Charakterystyka interfejsów białko-białko” . Białkowy Dziennik . 27 (1): 59–70. doi : 10.1007/s10930-007-9108-x . PMC 2566606 . PMID 17851740 .
- Andorf, C.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2007). „Badanie niespójności w adnotacjach funkcji białek w całym genomie: podejście do uczenia maszynowego” . BMC Bioinformatyka . 8 (1): 284. doi : 10.1186/1471-2105-8-284 . PMC 1994202 . PMID 17683567 .
- Caragea, C., Sinapov, J., Dobbs, D. i Honavar, V. (2007). Ocena wydajności makromolekularnych klasyfikatorów sekwencji, w: Proceedings of the IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2007). s. 320–326, 2007.
- Caragea, C., Sinapov, J., Silvescu, A., Dobbs, D. i Honavar, V. (2007). Przewidywanie miejsca glikozylacji przy użyciu zespołów klasyfikatorów maszyn wektorów nośnych. BMC Bioinformatics doi : 10.1186/1471-2105-8-438 .
- Terribilini, M., Sander, JD, Lee, JH., Zaback, P., Jernigan, RL, Honavar, V. i Dobbs, D. (2007). RNABindR: serwer do analizowania i przewidywania miejsc wiązania RNA w białkach. Badania kwasów nukleinowych. doi : 10.1093/nar/gkm294
- Bao, J., Hu, Z., Caragea, D., Reecy, J. i Honavar, V. Narzędzie do wspólnej budowy dużych ontologii biologicznych. Czwarte Międzynarodowe Warsztaty Zarządzania Danymi Biologicznymi (BIDM 2006), Kraków, Polska, IEEE Press. s. 191–195.
- Yan, C., Terribilini, M., Wu, F., Jernigan, RL, Dobbs, D. i Honavar, V. (2006) Identyfikacja reszt aminokwasowych zaangażowanych w interakcje białko-DNA z sekwencji. Bioinformatyka BMC, 2006.
- Lonosky, P., Zhang, X., Honavar, V., Dobbs, D., Fu, A. i Rodermel, S. (2004) Analiza proteomiczna biogenezy chloroplastów w kukurydzy. Fizjologia roślin, tom. 134. s. 560–574, 2004.
- Sen, TZ, Kloczkowski, A., Jernigan, RL, Yan, C., Honavar, V., Ho, KM., Wang, CZ., Ihm, Y., Cao, H., Gu, X. i Dobbs , D. Przewidywanie miejsc wiązania kompleksów proteaza-inhibitor przez łączenie wielu metod. BMC Bioinformatyka. Tom. 5. s. 205, 2004.
- Yan, C., Dobbs, D. i Honavar, V. Dwustopniowy klasyfikator do identyfikacji reszt międzyfazowych białko-białko. Bioinformatyka. Tom. 20. s. i371-378, 2004.
- Yan, C., Dobbs, D. i Honavar, V. Identyfikacja miejsc interakcji białko-białko z pozostałości powierzchniowych - podejście maszynowe z wektorem nośnym. Aplikacje do obliczeń neuronowych. Tom. 13. s. 123–129, 2004.
- Wang, X.; Schroeder, D.; Dobbs, D.; Honavar, V. (2003). „Zautomatyzowane wykrywanie opartych na danych klasyfikatorów funkcji białek opartych na motywach” . Nauki informacyjne . 155 (1): 1–18. doi : 10.1016/s0020-0255(03)00067-7 .
- Silvescu, A. i Honavar, V. (2001). Modele czasowych sieci boolowskich sieci genetycznych i ich wnioskowanie z szeregów czasowych ekspresji genów. Złożone systemy. Tom. 13. Nr 1. s. 54-.
Bezpieczeństwo komputerów i informacji
- Liang, J., Guo, W., Luo, T., Honavar, V., Wang, G. i Xing, X. (2021) FARE: Enabling Fine-grained Attack Kategorization under Low quality Labeled Data. W: Proceedings of the Network and Distributed System Security Symposium.
- Oster, Z., Santhanam, G., Basu, S. i Honavar, V. (2013). Modelowe sprawdzanie preferencji wrażliwości jakościowej w celu zminimalizowania ujawniania danych uwierzytelniających. Międzynarodowe Sympozjum na temat Formalnych Aspektów Oprogramowania Komponentowego. Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, tom. 7684, s. 205–223, 2013.
- Helmer, G.; Wong, J.; Slagell, M.; Honavar, V.; Miller, L.; Wang, Y.; Wang, X.; Stachanowa, N. (2007). „Drzewo błędów oprogramowania i specyfikacja, projektowanie i wdrażanie systemów wykrywania włamań opartych na agentach” . Międzynarodowy Dziennik Informacji i Bezpieczeństwa Komputerowego . 1 (1/2): 109–142. doi : 10.1504/ijics.2007.012246 .
- Wang, Y.; Behera S.; Wong, J.; Helmer, G.; Honavar, V.; Miller, L.; Lutz, R. (2006). „W kierunku automatycznego generowania agentów mobilnych dla rozproszonych systemów wykrywania włamań”. Dziennik systemów i oprogramowania . 79 : 1–14. doi : 10.1016/j.jss.2004.08.017 .
- Kang, DK., Fuller, D. i Honavar, V. Uczenie się nadużyć i detektorów anomalii z reprezentacji wektora częstotliwości wywołań systemowych. Międzynarodowa konferencja IEEE na temat wywiadu i informatyki bezpieczeństwa. Springer-Verlag Notatki z wykładów z informatyki, Springer-Verlag. Tom. 3495. s. 511–516, 2005.
- Helmer, G.; Wong, J.; Honavar, V.; Miller, L. (2003). „Lekkie agenty do wykrywania włamań” . Dziennik systemów i oprogramowania . 67 (2): 109–122. CiteSeerX 10.1.1.308.7424 . doi : 10.1016/s0164-1212(02)00092-4 .
- Helmer, G.; Wong, J.; Slagell, M.; Honavar, V.; Miller, L.; Lutz, R. (2002). „Podejście drzewa błędów oprogramowania do specyfikacji wymagań systemu wykrywania włamań”. Inżynieria Wymagań . 7 (4): 207–220. CiteSeerX 10.1.1.101.853 . doi : 10.1007/s007660200016 . S2CID 7414703 .
Korona
- Nagroda Dyrektora National Science Foundation za wybitne osiągnięcia, 2013
- Nagroda dyrektora National Science Foundation za integrację opartą na współpracy, 2012
- Margaret Ellen White Absolwent Wydziału, Iowa State University , 2011
- Nagroda za wybitne osiągnięcia w dziedzinie badań, College of Liberal Arts and Sciences , Iowa State University , 2008
- Nagroda Regents za doskonałość wydziału, Iowa Board of Regents , 2007
- Edward Frymoyer Obdarzony Katedrą Informatyki i Technologii, Penn State College of Information Sciences and Technology , Pennsylvania State University , 2013
- Nagroda Senior Department Research Excellence Award, Penn State College of Information Sciences and Technology , Pennsylvania State University , 2016
- 125 Ludzie wywierający wpływ, Wydział Inżynierii Elektrycznej i Komputerowej, Uniwersytet Wisconsin-Madison , 2016
- Sudha Murty Distinguished (wizyta) Katedra Neurokomputerów i Nauki o Danych, Indyjski Instytut Nauki , 2016-2021
- ACM Distinguished Member Association for Computing Machinery , 2018
- AAAS Fellow American Association for the Advancement of Science , 2018
- EAI Fellow European Alliance for Innovation , 2019
- Dorothy Foehr Huck i J. Lloyd Huck Katedra nauk o danych biomedycznych i sztucznej inteligencji, Pennsylvania State University , 2021
Linki zewnętrzne
- 1960 urodzeń
- amerykańscy bioinformatycy
- amerykańscy kognitywiści
- amerykańscy pisarze płci męskiej pochodzenia indyjskiego
- amerykańscy pisarze non-fiction
- Badacze sztucznej inteligencji
- Absolwenci Uniwersytetu Bangalore
- Naukowcy zajmujący się systemami złożonymi
- Informatycy
- Absolwenci Uniwersytetu Drexel
- Stypendyści Amerykańskiego Stowarzyszenia Postępu Nauki
- Wydział Uniwersytetu Stanowego Iowa
- Żywi ludzie
- Naukowcy zajmujący się uczeniem maszynowym
- Męscy pisarze non-fiction
- Wydział Uniwersytetu Stanowego Pensylwanii
- Ludzie z Bangalore
- Ludzie z Pune
- Starsi członkowie IEEE
- Biolodzy systemowi
- Absolwenci University of Wisconsin – Madison College of Letters and Science