chlorob
|
|
| Chlorobiowa | |
|---|---|
| klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: |
" Chlorobia "
|
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
chlorob
Nadsona 1906
|
| Wpisz gatunek | |
|
Chlorobium limicola Nadsona 1906
|
|
| Niektóre gatunki | |
|
|
| Synonimy | |
|
|
Chlorobium to rodzaj zielonych bakterii siarkowych . Są to fotolitotroficzne utleniacze siarki , a przede wszystkim wykorzystują niecykliczny łańcuch transportu elektronów do redukcji NAD+ . Fotosyntezę przeprowadza się przy użyciu centrum reakcji typu 1 z bakteriochlorofilem (BChl) a . W absorpcji światła pomagają dwa kompleksy anten fotosyntetycznych: kompleks Fenna-Matthews-Olson („FMO”, również zawierający BChl a ) oraz chlorosomy , które wykorzystują głównie BChl c , d lub e . Siarkowodór jest używany jako źródło elektronów, a dwutlenek węgla jako źródło węgla.
Gatunki Chlorobium wykazują ciemnozielony kolor; w kolumnie Winogradskiego często obserwowana zielona warstwa składa się z chlorobium . Ten rodzaj żyje w warunkach ściśle beztlenowych pod powierzchnią zbiornika wodnego, zwykle w strefie beztlenowej eutroficznego jeziora .
Chlorobium aggregatum to gatunek żyjący w symbiozie z bezbarwną, niefotosyntetyzującą bakterią. Gatunek ten wygląda jak wiązka zielonych bakterii przyczepionych do centralnej komórki przypominającej pręcik, która może poruszać się za pomocą wici . Zielone, zewnętrzne bakterie wykorzystują światło do utleniania siarczków do siarczanów . Wewnętrzna komórka, która nie jest w stanie przeprowadzić fotosyntezy , redukuje siarczan do siarczku. Bakterie te dzielą się zgodnie, nadając strukturze wielokomórkowy wygląd, co jest bardzo niezwykłe u bakterii.
chlorobium odegrały ważną rolę w wydarzeniach masowego wymierania na Ziemi. Jeśli oceany staną się beztlenowe (z powodu zamknięcia cyrkulacji oceanicznej), wówczas Chlorobium będzie w stanie konkurować z innymi formami fotosyntezy. Produkowałyby ogromne ilości metanu i siarkowodoru , co spowodowałoby globalne ocieplenie i kwaśne deszcze . Miałoby to ogromne konsekwencje dla innych organizmów oceanicznych, a także dla organizmów lądowych. Dowodów na obfite chlorobium dostarczają chemiczne skamieniałości znalezione w osadach zdeponowanych podczas masowego wymierania kredy .
Podpisy molekularne dla Chlorobiota
Porównawcza analiza genomowa doprowadziła do identyfikacji 2 konserwatywnych indeli sygnaturowych , które są unikatowe u członków rodzaju Chlorobiota (dawniej Chlorobi), a zatem są charakterystyczne dla tego typu. Pierwszy indel to insercja 28 aminokwasów w polimerazie DNA III , a drugi to insercja 12 do 14 aminokwasów w syntetazie alanylo-tRNA . Te indele nie występują w żadnych innych bakteriach, a zatem służą jako markery molekularne dla gromady. Oprócz konserwatywnych indeli sygnaturowych, 51 białek, które występują wyłącznie u członków typu Chlorobiota . Zidentyfikowano 65 innych białek, które są unikalne dla Chlorobiota , jednak białek tych brakuje w kilku gatunkach Chlorobiota i nie są one rozmieszczone w całym typie z wyraźnym wzorem. Oznacza to, że mogła nastąpić znaczna utrata genów lub obecność tych białek może być wynikiem poziomego transferu genów . Z tych 65 białek 8 występuje tylko w Chlorobium luteolum i Chlorobium phaeovibrioides . Te dwa gatunki tworzą silnie wspierany klad w drzewach filogenetycznych, a bliski związek między tymi gatunkami jest dodatkowo wspierany przez unikalne dzielenie tych 8 białek.
Pokrewieństwo Chlorobiota z Bacteroidota i Fibrobacterota phyla
Gatunki z Bacteroidota (dawniej Bacteroidetes) i Chlorobiota phyla rozgałęziają się bardzo blisko siebie w drzewach filogenetycznych, co wskazuje na bliskie pokrewieństwo. Dzięki zastosowaniu porównawczej analizy genomicznej zidentyfikowano 3 białka, które są jednoznacznie wspólne dla praktycznie wszystkich członków rodzaju Bacteroidota i Chlorobiota . Współdzielenie tych 3 białek jest znaczące, ponieważ inne niż te 3 białka, żadne białka z typu Bacteroidota lub Chlorobiota nie są wspólne dla innych grup bakterii. Zidentyfikowano również kilka konserwatywnych indeli sygnaturowych, które są wyjątkowo wspólne dla członków Bacteroidota i Chlorobiota . Obecność tych sygnatur molekularnych potwierdza bliskie pokrewieństwo typów Bacteroidota i Chlorobiota . Ponadto wskazuje się, że typ Fibrobacterota (dawniej Fibrobacteres) jest specyficznie spokrewniony z tymi dwoma typami. Klad składający się z tych trzech typów jest silnie poparty analizami filogenetycznymi opartymi na wielu różnych białkach. Te typy również rozgałęziają się w tej samej pozycji w oparciu o konserwatywne indele sygnaturowe w wielu ważnych białkach. zidentyfikowano dwa konserwatywne indele sygnaturowe (w białku RpoC i hydroksymetylotransferazie serynowej ) i jedno białko sygnaturowe PG00081, które są jednoznacznie wspólne dla wszystkich gatunków z tych trzech typów. Wszystkie te wyniki dostarczają przekonujących dowodów na to, że gatunki z tych trzech typów miały wspólnego przodka z wyłączeniem wszystkich innych bakterii i zaproponowano, aby wszystkie one zostały uznane za część jednego nadtypu „FCB”.
Filogeneza
Obecnie akceptowana taksonomia jest oparta na Liście nazw prokariotycznych z obowiązującą nomenklaturą (LPSN) i National Center for Biotechnology Information (NCBI)
| LTP na bazie 16S rRNA _01_2022 | 120 białek markerowych opartych na GTDB 07-RS207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|