Gęstość genów

W genetyce gęstość genów genomu organizmu to stosunek liczby genów do liczby par zasad , zwykle zapisywany jako milion par zasad lub megazasad (Mb). Ludzki genom ma gęstość genów 11-15 genów/Mb, podczas gdy szacuje się, że genom glisty C. elegans ma ich 200.

Pozornie proste organizmy, takie jak bakterie i ameby , mają znacznie większą gęstość genów niż ludzie. Bakteryjne DNA ma gęstość genów rzędu 500-1000 genów/Mb. Wynika to z kilku czynników, w tym faktu, że bakteryjne DNA nie ma intronów . W genach bakteryjnych jest również mniej kodonów .

Gatunek

pierwotniaki

gatunek	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Babesia microti	3685	6.4	575,8
Besnoitia besnoiti	8546	58,8	145,3
Cryptosporidium parvum	3887	9.1	427.1
Giardia jelitowa	5388	11,5	468,5
Leishmania donovani	8123	32,4	250,7
Plasmodium falciparum	5683	23,5	241,8
Phytophthora infestans	19344	203.2	95,2
Tetrahymena thermophila	26 996	130,4	207
Theileria parva	4141	8.3	498,9
Toxoplasma gondii	8925	64,5	138,4
Trypanosoma cruzi	25183	32,5	774,9

grzyby

gatunek	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Agaricus bisporus	11459	30,7	373,3
Aspergillus nidulan	9586	30.6	313,3
Aspergillus niger	10828	35,6	304.2
Candida albicans	6263	14.7	426.1
Cryptococcus neoformans	7004	18.6	376,5
Debaryomyces hansenii	6495	12.1	536,8
Encephalitozoon cuniculi	2029	2.3	882.2
Eremotecium gossypii	5356	9.1	588,6
Fusarium oxysporum	21354	52,4	407,5
Kluyveromyces lactis	5335	10.6	503.3
Lasiodiplodia theobromae	13054	43,6	299,4
Neurospora crassa	10590	41,3	256,4
Saccharomyces cerevisiae	6445	11.9	541,6
Saccharomyces paradoxus	5840	12	486,6
Schizosaccharomyces pombe	6974	12.8	544,8
Talaromyces marneffei	10138	28.3	358,2
Tremella mesenterica	8292	27,9	297,2
Trichoderma harzianum	14294	40,7	351.2
Trichophyton rubrum	8804	23.1	381.1
Ustilago maydis	6909	19.9	347,2
Wallemia ichtiofaga	5000	9.5	526,3
Yarrowia lipolytica	7144	20.3	351,9

rośliny

gatunek	Nazwa zwyczajowa	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Ananas comosus	Ananas	25758	382	67,4
Arabidopsis thaliana	rzeżucha tajska	38311	119	321,9
Szparagi lekarskie	szparag	32237	1187	27.2
Brassica rapa	musztarda polna	51592	333	154,9
Cannabis sativa	konopie indyjskie	31170	876	35,6
Cajanus cajan	Nikla indyjska	33 495	593	56,5
Papryka roczna	pieprz	41729	2909	14.3
Kawa arabska	Kawa	56902	1094	52
Glicyna maks	soja	59905	995,7	60.2
Juglans regia	Orzech angielski	37 996	634,7	59,9
Nicotiana tabacum	tytoń	74273	3734,2	19.9
Olea europejska	Oliwa	47 911	1316,7	36,4
Oryza sativa	Ryż	35223	385	91,5
Panicum hallii	trawa	31528	511,6	61,6
Pateny Physcomitrium	rozprzestrzenianie się mchu ziemnego	23747	472	50.3
Prunus dulcis	migdałowy	26 936	236,9	113,7
Prunus persica	brzoskwinia	26412	214,2	123,3
Punica granatum	granat	29281	308,4	94,9
Rosa chińska	Róża	40349	513,9	78,5
Solanum lycopersicum	pomidor	31263	813	38,5
Solanum tuberosum	Ziemniak	33606	760	44.2
Kakao Theobroma	kakao	24 957	335	74,5
Zea mays	kukurydza	49796	2197	22.7

bezkręgowy

gatunki bezkręgowców

gatunek	Nazwa zwyczajowa	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Aedes aegypti	komar żółtej febry	19623	1274	15.4
Anopheles gambiae	Afrykański komar malarii	13247	250	53
Apis mellifera	pszczoła miodna	12374	226	54,8
Caenorhabditis elegans	C. elegancja	47632	102	467
Daphnia magna	pchła wodna	21549	126	171
muszka owocowa	muszka owocowa	17868	137	130,4
Hydra zwyczajna	hydra	22 980	1055	21.8
Limulus polifem	krab podkowiasty	27318	1828	14,9
Ośmiornica sinensis	ośmiornica	29784	2719	11
Pediculus humanus	ludzka wesz	10 993	110	99,9
Strongylocentrotus purpuratus	fioletowy jeżowiec	33504	921	36,4

kręgowce inne niż ssaki

gatunek	Nazwa zwyczajowa	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Aligator mississippiensis	aligator amerykański	25279	2161	11.7
Anolis carolinensis	jaszczurka anola	22293	1799	12.4
Astyanax mexicanus	meksykańska tetra	31695	1263	25.1
Kolumba Liwia	Gołąb	26679	1063	25.1
Danio Rerio	danio pręgowany	47350	1408	33,6
Gallus gallus	kurczak	24402	1043	23.4
Nothobranchius furzeri	turkusowa rybka	25387	1052	24.1
Oryzias latipes	Japońska ryba ryżowa	26846	746	36
Petromyzon marinus	minóg morski	22167	987	22,5
Taeniopygia guttata	zięba zebry	21543	1069	20.2
Takifugu rubripe	Japońska pufa	27413	384	71,8
Xenopus tropicalis	tropikalna żaba szponiasta	28863	1468	19.7
Xenopus laevis	Afrykańska żaba szponiasta	37283	2718	13.7

ssaki kręgowe

gatunek	Nazwa zwyczajowa	liczba genów	pary zasad w genomie (Mb)	gęstość genów
Acinonyx jubatus	gepard	34482	2378	14,5
Ailuropoda melanoleuca	Panda wielka	32 950	2371	13,9
Aotus nancymae	nocna małpa	31331	2861	11
Artibeus jamaicensis	Jamajski nietoperz owocożerny	31480	2316	13.6
Arvicantis niloticus	Afrykański szczur trawiasty	31 912	2496	12.8
Balaenoptera acutorostrata	płetwal karłowaty	26805	2431	11
Balaenoptera musculus	Płetwal błękitny	27194	2105	12.9
Bizon bizon	bizon amerykański	27 488	2828	9.7
Bos mutus	dziki jaka	26159	2703	9.7
Bos byk	bydło	35061	2715	12.9
Canis lupus familiaris	pies	36717	2370	15,5
Szynszyla lanigera	szynszyla długoogoniasta	30378	2390	12.7
Felis catus	kot	35521	2521	14
Goryl goryl	goryl	35419	3063	11.6
Homo sapiens	człowiek	44507	2861	15,5
Macaca Mulat	małpa rezus	40164	2970	13,5
Mus musculus	mysz domowa	42823	2689	15.9
Panowie troglodyci	szympans	40769	3050	13.4
Rattus norvegicus	brązowy szczur	38371	2743	14
Sus scrofa	świnia	30345	2459	12.3

Liczba genów jest obliczana na podstawie liczby flag genów w najnowszej wersji pliku adnotacji gtf danego gatunku. Należy pamiętać, że dobrze zbadane organizmy będą prawdopodobnie miały wyższą liczbę genów, ponieważ gatunki te mają lepsze adnotacje, dlatego te liczby są szacunkowe dla porównania.

Zobacz też

• Zagadka wartości C