Haplogrupa S-M230

Haplogrupa S-M230 (S1a1b)
Haplogrupa S-M230 (S1a1b)
Możliwy czas pochodzenia	28 000-41 000 lat wcześniej ( Scheinfeldt 2006 )
Możliwe miejsce pochodzenia	Nowa Gwinea / Indonezja
Przodek	S1a1 (Z42413)
Potomków	S1a1b1 (M254)
Definiowanie mutacji	M230, P202
Najwyższe częstotliwości	Ekari 74% ( Mona 2007 )

Haplogrupa S-M230 , znana również jako S1a1b ( a wcześniej jako S* lub K2b1a4), jest haplogrupą DNA chromosomu Y. Jest to zdecydowanie najbardziej znacząca liczbowo podklada haplogrupy S1a (i jej jedynej podstawowej podklady, haplogrupy S-P405).

S-M230 jest powszechnie spotykany wśród populacji wyżyn Papui-Nowej Gwinei ( Kayser 2003 ) . Występuje również przy niższych częstotliwościach w sąsiednich częściach Indonezji i Melanezji . ( Kayser 2003 Cox 2006 )

Pochodzenie

Dystrybucja

Jedno z badań wykazało znalezienie haplogrupy S-M230 w: 52% (16/31) próbki z wyżyn Papui-Nowej Gwinei (PNG); 21% (7/34) próbki z Moluków ; 16% (5/31) próbki z wybrzeża Papui-Nowej Gwinei; 12,5% (2/16) próbki Tolai z Nowej Brytanii ; 10% (3/31) próbki z Nusa Tenggara i; 2% (2/89) próbki z Zachodniej Nowej Gwinei . ( Kayser 2003 Cox 2006 )

Jedna podklada, haplogrupa S-M226.1 (S1a1b1d1a; poprzednio S1d) została znaleziona przy niskich częstotliwościach na Wyspach Admiralicji i wzdłuż wybrzeża kontynentalnej części PNG. ( Kayser 2008 ) .

Filogenetyka

Struktura i pozycja w haplogrupie S

S1a

S1a1 Z42413
- S1a1a
  - S1a1a1 P60, P304, P308
  - S1a1a2
- S1a1b M230, P202, P204 - „zdegradowany” w 2016 roku ze swojej poprzedniej pozycji jako podstawowa haplogrupa S * (znana wcześniej jako haplogrupa K5)
  - S1a1b1 (M254) (wcześniej znany jako K2b1a4a)
  - S1a1b1 (M254)
    - S1a1b1a (P57)
    - S1a1b1b (P61)
    - S1a1b1c (P83)
    - S1a1b1d (SK1891)
S1a2 P79, P307
S1a3 P315
- S1a3a Z41763
- S1a3b~ P401

(Na podstawie drzewa ISOGG z 2017 r. , drzewa ISOGG z 2015 r. ), drzewa YCC z 2008 r. ( Karafet 2008 ) i inne opublikowane badania.)

Historia

Przed 2002 rokiem w literaturze akademickiej istniało co najmniej siedem systemów nazewnictwa drzewa filogenetycznego chromosomu Y. Doprowadziło to do sporego zamieszania. W 2002 roku główne grupy badawcze połączyły siły i utworzyły Konsorcjum Y-Chromosome Consortium (YCC) . Opublikowali wspólny artykuł, który stworzył jedno nowe drzewo, którego wszyscy zgodzili się użyć. Później grupa naukowców-obywateli zainteresowanych genetyką populacyjną i genealogią genetyczną utworzyła grupę roboczą w celu stworzenia amatorskiego drzewa, którego celem jest przede wszystkim aktualność. Poniższa tabela zawiera wszystkie te prace w miejscu charakterystycznego drzewa YCC z 2002 roku. Pozwala to badaczowi przeglądającemu starszą opublikowaną literaturę na szybkie poruszanie się między nomenklaturami.

YCC 2002/2008 (stenografia)	(α)	(β)	(γ)	(δ)	(ε)	(ζ)	(η)	YCC 2002 (odręczny)	YCC 2005 (odręczny)	YCC 2008 (odręczny)	YCC 2010r (odręczny)	ISOGG 2006	ISOGG 2007	ISOGG 2008	ISOGG 2009	ISOGG 2010	ISOGG 2011	ISOGG 2012
K-M9	26	VIII	1U	25	UE16	H5	F	K*	k	k	k	-	-	-	-	-	-	-

Publikacje naukowe

Następujące zespoły badawcze zgodnie z ich publikacjami były reprezentowane w tworzeniu drzewa YCC.

α Jobling i Tyler-Smith 2000 oraz Kaladjieva 2001
β Underhill 2000
γ Młot 2001
δ Karafet 2001
ε Semino 2000
ζ Su 1999
η Capelli 2001

Drzewo YCC 2005

Drzewo YCC 2008

W latach 2002-2008 była znana jako haplogrupa K5 . ^{[ potrzebne źródło ]}

Zobacz też

Genetyka

Podklady Y-DNA S

S-M230

Drzewo szkieletowe Y-DNA

przypisy

Prace cytowane

Cox, Murray P.; Mirazón Lahr, Marta (2006). „Różnorodność chromosomu Y jest odwrotnie proporcjonalna do przynależności językowej w sparowanych społecznościach posługujących się językiem austronezyjskim i papuaskim z Wysp Salomona”. American Journal of Human Biology . 18 (1): 35–50. doi : 10.1002/ajhb.20459 . PMID 16378340 . S2CID 4824401 .
Karafet, TM; Mendez, Floryda; Meilerman, MB; Underhill, Pensylwania; Zegura, SL; Młotek, MF (2008). „Nowe polimorfizmy binarne przekształcają i zwiększają rozdzielczość drzewa haplogrupy ludzkiego chromosomu Y” . Badania genomu . 18 (5): 830–8. doi : 10.1101/gr.7172008 . PMC 2336805 . PMID 18385274 .
Kayser, Manfred; Brauer, Silke; Weiss, Gunter; Schiefenhövel, Wulf; Underhill, Piotr; Shen, Peidong; Oefner, Piotr; Tommaseo-Ponzetta, Mila; Stoneking, Mark (2003). „Zredukowany chromosom Y, ale nie mitochondrialny DNA, różnorodność populacji ludzkich z Zachodniej Nowej Gwinei” . American Journal of Human Genetics . 72 (2): 281–302. doi : 10.1086/346065 . PMC 379223 . PMID 12532283 .
Kayser, M.; Choi, Y.; Van Piekarnik, M.; Mona S.; Brauer S.; Trent, RJ; Suarkia, D.; Schiefenhovel, W.; Stoneking, M. (2008). „Wpływ ekspansji austronezyjskiej: dowody z mtDNA i różnorodności chromosomów Y na wyspach Admiralicji w Melanezji” . Biologia molekularna i ewolucja . 25 (7): 1362–74. doi : 10.1093/molbev/msn078 . PMID 18390477 .
Mona S.; Tommaseo-Ponzetta, M.; Brauer S.; Sudoyo, H.; Marzuki, S.; Kayser, M. (2007). „Wzorce różnorodności chromosomu Y przecinają się z hipotezą Trans-Nowej Gwinei” . Mol. Biol. ewolucja _ 24 (11): 2546–55. doi : 10.1093/molbev/msm187 . PMID 17846104 .
Scheinfeldt L.; Friedlaender, F; Friedlaender, J; Latham, K; Koki, G; Karafet, T; Młotek, M.; Lorenz, J. (2006). „Nieoczekiwana zmienność chromosomu NRY w Melanezji na Wyspie Północnej” . Biologia molekularna i ewolucja . 23 (8): 1628–41. doi : 10.1093/molbev/msl028 . PMID 16754639 .

Źródła tabel konwersji

Capelli, Krystian; Wilson, James F.; Richards, Martin; Stumpf, Michael PH; i in. (luty 2001). „Przeważnie rdzenne dziedzictwo ojcowskie ludów mówiących po austronezyjsku w wyspiarskiej Azji Południowo-Wschodniej i Oceanii” . American Journal of Human Genetics . 68 (2): 432–443. doi : 10.1086/318205 . PMC 1235276 . PMID 11170891 .
Młotek, Michael F.; Karafet, Tatiana M.; Redd, Alan J.; Jarjanazi, Hamdi; i in. (1 lipca 2001). „Hierarchiczne wzorce globalnej różnorodności ludzkich chromosomów Y” . Biologia molekularna i ewolucja . 18 (7): 1189–1203. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003906 . PMID 11420360 .
Jobling, Mark A.; Tyler-Smith, Chris (2000), „Nowe zastosowania nowych haplotypów”, Trends in Genetics , 16 (8): 356–62, doi : 10.1016 / S0168-9525 (00) 02057-6 , PMID 10904265
Kaladjieva, Luba; Calafell, Francesc; Praca, Mark A; Angelicheva, Dora; i in. (luty 2001). „Wzory różnorodności genetycznej między i wewnątrz grup u Romów Vlax, ujawnione przez chromosom Y i mitochondrialne linie DNA” . Europejski Dziennik Genetyki Człowieka . 9 (2): 97–104. doi : 10.1038/sj.ejhg.5200597 . PMID 11313742 . S2CID 21432405 .
Karafet, Tatiana; Xu, Liping; Du, Ruofu; Wang, William; i in. (wrzesień 2001). „Historia populacji ojcowskiej Azji Wschodniej: źródła, wzorce i procesy mikroewolucyjne” . American Journal of Human Genetics . 69 (3): 615–628. doi : 10.1086/323299 . PMC 1235490 . PMID 11481588 .
Semino, O.; Passarino, G; Oefner, PJ; Lin, AA; i in. (2000), „The Genetic Legacy of Paleolithic Homo sapiens sapiens in Extant Europes: AY Chromosome Perspective”, Science , 290 (5494): 1155–9, Bibcode : 2000Sci... 290.1155S , doi : 10.1126/science.290.5494. 1155 , PMID 11073453
Su, Bing; Xiao, Junhua; Underhill, Piotr; Deka, Ranjan; i in. (grudzień 1999). „Dowody dotyczące chromosomu Y na migrację współczesnych ludzi na północ do Azji Wschodniej podczas ostatniej epoki lodowcowej” . American Journal of Human Genetics . 65 (6): 1718–1724. doi : 10.1086/302680 . PMC 1288383 . PMID 10577926 .
Underhill, Peter A.; Shen, Peidong; Lin, Alicja A.; Jin, Li; i in. (listopad 2000). „Zmienność sekwencji chromosomu Y i historia populacji ludzkich”. Genetyka przyrody . 26 (3): 358–361. doi : 10.1038/81685 . PMID 11062480 . S2CID 12893406 .

Dalsza lektura

Haber, Marc; Platt, Daniel E.; Ashrafian Bonab, Maziar; Youhanna, Sonia C.; Soria-Hernanz, David F.; Martínez-Cruz, Begoña; Douaihy, Bouchra; Ghassibe-Sabbagh, Michella; i in. (2012). Kayser, Manfred (red.). „Grupy etniczne Afganistanu mają wspólne dziedzictwo związane z chromosomem Y, zorganizowane na podstawie wydarzeń historycznych” . PLOS JEDEN . 7 (3): e34288. Bibcode : 2012PLoSO...734288H . doi : 10.1371/journal.pone.0034288 . PMC 3314501 . PMID 22470552 .
Karafet, Tatiana M.; Lansing, JS; Redd, Alan J.; Watkins, Joseph C.; Surata, SPK; Arthawiguna, Waszyngton; Majer, Laura; Bamshad, Michael; i in. (2005). „Perspektywa balijskiego chromosomu Y na zaludnienie Indonezji: wkład genetyczny od przedneolitycznych łowców-zbieraczy, austronezyjskich rolników i indyjskich kupców”. Biologia człowieka . 77 (1): 93–114. doi : 10.1353/hub.2005.0030 . hdl : 1808/13586 . PMID 16114819 . S2CID 7953854 .
Kayser, M.; Brauer, S; Cordaux, R; Casto, A; Lao, O; Zhivotovsky, LA; Moyse-Faurie, C; Rutledge, RB; i in. (2006). „Melanezyjskie i azjatyckie pochodzenie Polinezyjczyków: gradienty MtDNA i chromosomu Y na Pacyfiku” . Biologia molekularna i ewolucja . 23 (11): 2234–44. doi : 10.1093/molbev/msl093 . PMID 16923821 .

Filogenetyka