Ruegeria pomeroyi

Silicibacter pomeroyi
Klasyfikacja naukowa
Domena:
Bakteria
Gromada:
pseudomonadota
Klasa:
alfaproteobakterie
Zamówienie:
rodobakterie
Rodzina:
Rhodobacteraceae
Rodzaj:
Ruegeria
Gatunek:
Ruegeria pomeroyi

(González i in . 2003) Yi i in . 2007
Synonimy
  • Silicibacter pomeroyi González et al . 2003

Ruegeria pomeroyi to gatunek Gram-ujemnej , pałeczkowatej, tlenowej bakterii dimetylosulfoniopropionianu - demetylującej . Jego typowym szczepem jest DSS-3 T (=ATCC 700808 T = DSM 15171 T ). Jego genom został zsekwencjonowany.

Odkrycie

Ruegeria pomeroyi została odkryta u wybrzeży wschodnich Stanów Zjednoczonych w laboratorium dr Mary Ann Moran. na Uniwersytecie Georgii.

R. pomeroyi został nazwany na cześć Lawrence'a „Larry'ego” Pomeroya, ekologa drobnoustrojów morskich, który w 1974 r. w szczególności ustalił, że bakterie morskie odgrywają istotną i kluczową rolę w dynamice oceanicznej sieci pokarmowej . Pomeroy był także naukowcem na University of Georgia.

Genom

Genom szczepu typu Ruegeria pomeroyi (DSS-3) został ukończony w 2004 r. Genom ma długość 4 109 442 par zasad, a megaplazmid ma długość 491 611 par zasad.

Ekologia

Ruegeria pomeroyi to przybrzeżna bakteria oceaniczna z linii bakterii powszechnie uważanych za ekologiczne „ogólnie”. Stosunkowo duży genom R. pomeroyi w porównaniu z innymi gatunkami bakterii morskich potwierdza tę koncepcję. Zgodnie z tym R. pomeroyi ma bardzo wszechstronną zdolność wykorzystywania i sekwestracji węgla i energii.

R. pomeroyi ma również zdolność rozkładania dimetylosulfoniopropionianu (DMSP), osmolitu alg zawierającego siarkę i wykorzystywania siarki do syntezy aminokwasów zawierających siarkę. Chociaż wiele bakterii morskich jest zdolnych do degradacji DMSP, użyte do tego geny i białka były przez wiele lat nieuchwytne dla badaczy. To właśnie w R. pomeroyi Howard i współpracownicy odkryli pierwszy gen, który rozkłada DMSP. Gen ten ( dmdA ) koduje białko (DmdA), które usuwa grupę metylową (-CH3) z DMSP. Od tego czasu białko DmdA zostało dalej scharakteryzowane z R. pomeroyi , a także odpowiedź transkrypcyjną genu dmdA na obecność DMSP oraz zróżnicowanie sekwencji genu dmdA . Ten proces demetylacji jest pierwszym krokiem w bardzo poszukiwanej ścieżce demetylacji degradacji DMSP w bakteriach morskich. Po odkryciu dmdA sekwencję genu wykorzystano do ustalenia, że ​​ponad połowa bakterii morskich, w tym zarówno bakterii żyjących w otwartym oceanie, jak i przybrzeżnych, jest zdolna do demetylacji DMSP.

Po odkryciu ścieżki demetylacji degradacji DMSP u R. pomeroyi odkryto alternatywną ścieżkę degradacji DMSP, w której DMSP jest rozszczepiany na pół zamiast demetylacji, do procesu, do którego zdolny jest również R. pomeroyi .

Dalsza lektura


Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ruegeria_pomeroyi&oldid=1076243915 ”