Tunikamycyna

Tunikamycyna
Nazwy
	nazwa IUPAC (E)-N-[(2S,3R,4R,5R,6R)-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)- 3-acetamido-4,5-dihydroksy-6-(hydroksymetylo)oksan-2-ylo]oksy-6-[2-[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioksopirymidyn-1- ylo)-3,4-dihydroksyoksolan-2-ylo]-2-hydroksyetylo]-4,5-dihydroksyoksan-3-ylo]-5-metyloheks-2-enamid
	Inne nazwy NSC 177382
Identyfikatory
Numer CAS	11089-65-9 ;
Model 3D ( JSmol )	Interaktywny obraz;
CHEMBL	ChEMBL505513 ;
ChemSpider	24664016;
Karta informacyjna ECHA	100.115.295
Numer WE	601-012-4;
Siatka	Tunikamycyna
Identyfikator klienta PubChem	6433557;
UNII	55W4525Q2E ;
Pulpit nawigacyjny CompTox ( EPA )	DTXSID8036730 ;
	InChI InChI=1S/C30H46N4O16/c1-11(2)5-4-6-16(38)32-19-23(43)20(40)14(47-29(19)50-28-18(31- 12(3)36)22(42)21(41)15(10-35)48-28)9-13(37)26-24(44)25(45)27(49-26)34-8- 7-17(39)33-30(34)46/h4,6-8,11,13-15,18-29,35,37,40-45H,5,9-10H2,1-3H3,(H ,31,36)(H,32,38)(H,33,39,46)/b6-4+/t13?,14-,15-,18-,19-,20+,21-,22- ,23-,24+,25-,26-,27-,28-,29+/m1/s1 Klucz: ZHSGGJXRNHWHRS-VIDYELAYSA-N ;
	UŚMIECH CC(C)C\C=C\C(=O)N[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@H](O[C@H]1O[C @@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)NC(=O)C)CC([C @@H]3[C@H]([C@H]([C@@H](O3)N4C=CC(=O)NC4=O)O)O)O)O)O;
Nieruchomości
Wzór chemiczny	C 39 H 64 N 4 O 16
Masa cząsteczkowa	Nie dotyczy
Zagrożenia
	Oznakowanie GHS :
Piktogramy
Hasło ostrzegawcze	Niebezpieczeństwo
Zwroty wskazujące rodzaj zagrożenia	H300
	O ile nie zaznaczono inaczej, dane podano dla materiałów w stanie normalnym (przy 25°C [77°F], 100 kPa). ( co to jest ?) Referencje w infoboksie

Tunikamycyna jest mieszaniną homologicznych antybiotyków nukleozydowych , która hamuje rodzinę enzymów UDP-HexNAc: poliprenol-P HexNAc-1-P. U eukariontów obejmuje to enzym fosfotransferazę GlcNAc (GPT), który katalizuje przeniesienie N-acetyloglukozamino-1-fosforanu z UDP-N-acetyloglukozaminy do fosforanu dolicholu w pierwszym etapie syntezy glikoproteiny . Tunikamycyna blokuje N-glikozylację (N-glikany) i traktowanie hodowanych komórek ludzkich tunikamycyną powoduje cykl komórkowy zatrzymanie w fazie G1 . Jest używany jako narzędzie eksperymentalne w biologii , np. do indukowania odpowiedzi niezwiniętego białka . Tunikamycyna jest wytwarzana przez kilka bakterii , w tym Streptomyces clavuligerus i Streptomyces lysosuperificus .

Homologi tunikamycyny mają różne masy cząsteczkowe ze względu na zmienność koniugatów łańcuchów bocznych kwasów tłuszczowych .

Biosynteza

Biosyntezę tunikamycyn badano w Streptomyces chartreusis i scharakteryzowano proponowany szlak biosyntezy. Bakterie wykorzystują enzymy w tun (TunA-N) do wytwarzania tunikamycyn.

TunA wykorzystuje jednostkę startową difosforanu urydyny-N-acetylo-glukozaminy (UDP-GlcNAc) i katalizuje odwodnienie grupy hydroksylowej 6'. Po pierwsze, reszta Tyr w TunA odrywa proton od grupy hydroksylowej 4', tworząc w tej pozycji keton. Wodorek jest następnie odrywany od węgla 4' przez NAD+, tworząc NADH. Keton jest stabilizowany przez wiązania wodorowe z reszty Tyr i pobliskiej reszty Thr. Następnie reszta glutaminianu odrywa proton od węgla 5', popychając elektrony w górę, tworząc podwójne wiązanie między węglem 5' i 6'. Pobliska cysteina przekazuje proton grupie hydroksylowej, gdy opuszcza ją jako woda. NADH przekazuje wodorek do węgla 4', reformując wodorotlenek w tej pozycji i tworząc UDP-6'-deoksy-5-6-en-GlcNAc. TunF następnie katalizuje epimeryzację związku pośredniego do UDP-6'-dezoksy-5-6-en-GalNAc, zmieniając 4' grupę hydroksylową z pozycji równikowej na osiową.

Inną jednostką startową tunikamycyny jest urydyna, która jest wytwarzana z trójfosforanu urydyny (UTP). TunN jest difosfatazą nukleotydów i katalizuje usuwanie pirofosforanu z UTP z wytworzeniem monofosforanu urydyny. Ostatni fosforan jest usuwany przez domniemaną monofosfatazę TunG.

Po wytworzeniu urydyny i UDP-6'-deoksy-5-6-en-GalNAc, TunB katalizuje ich wiązanie na węglu 6' UDP-6'-deoksy-5-6-en-GalNAc. TunB wykorzystuje S-adenylmetioninę (SAM) do utworzenia rodnika na węglu 5' rybozy na uracylu. Uważa się, że TunM katalizuje tworzenie nowego wiązania między węglem 5' urydyny a węglem 6' UDP-6'-deoksy-5-6-en-GalNAc przy użyciu elektronu z rodnika urydyny i jednego z elektronów z podwójnego wiązania UDP-6'-dezoksy-5-6-en-GalNAc. Rodnik na UDP-6'-dezoksy-5-6-en-GalNAc jest następnie gaszony przez oderwanie wodoru od SAM. Powstała cząsteczka to UDP-N-acetylo-tunikamina. TunH następnie katalizuje hydrolizę UDP z UDP-N-acetylo-tunikaminy. Wprowadza się kolejną cząsteczkę UDP-GlcNAc, a następnie tworzy się wiązanie β-1,1-glikozydowe, katalizowane przez TunD. Powstała cząsteczka jest deacetylowana przez TunE. TunL i tłuszczowa ligaza acylo-ACP są używane do ładowania metabolicznych kwasów tłuszczowych na acylowe białko nośnikowe, TunK. TunC następnie przyłącza kwas tłuszczowy do wolnej aminy, wytwarzając tunikamycynę.

Zobacz też

Glikozylacja - tunikamycyna blokuje wszelką N-glikozylację białek
glikoproteina
rodzaju Streptomyces

Linki zewnętrzne

Część książkowa Essentials in Glycobiology (1999) Tunicamycin: Hamowanie montażu DOL-PP-GlcNAc
Karta charakterystyki tunikamycyny przygotowana przez studenta Open University w Wielkiej Brytanii

Nazwy

nazwa IUPAC (E)-N-[(2S,3R,4R,5R,6R)-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)- 3-acetamido-4,5-dihydroksy-6-(hydroksymetylo)oksan-2-ylo]oksy-6-[2-[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioksopirymidyn-1- ylo)-3,4-dihydroksyoksolan-2-ylo]-2-hydroksyetylo]-4,5-dihydroksyoksan- 3-ylo]-5-metyloheks-2-enamid
Inne nazwy NSC 177382
Identyfikatory
Numer CAS	11089-65-9 ^Y
Model 3D ( JSmol )	Interaktywny obraz
CHEMBL	ChEMBL505513 ^Y
ChemSpider	24664016
Karta informacyjna ECHA	100.115.295
Numer WE	601-012-4
Siatka	Tunikamycyna
Identyfikator klienta PubChem	6433557
UNII	55W4525Q2E ^Tak
Pulpit nawigacyjny CompTox ( EPA )	DTXSID8036730
InChI InChI=1S/C30H46N4O16/c1-11(2)5-4-6-16(38)32-19-23(43)20(40)14(47-29(19)50-28-18(31- 12(3)36)22(42)21(41)15(10-35)48-28)9-13(37)26-24(44)25(45)27(49-26)34-8- 7-17(39)33-30(34)46/h4,6-8,11,13-15,18-29,35,37,40-45H,5,9-10H2,1-3H3,(H ,31,36)(H,32,38)(H,33,39,46)/b6-4+/t13?,14-,15-,18-,19-,20+,21-,22- ,23-,24+,25-,26-,27-,28-,29+/m1/s1 Klucz: ZHSGGJXRNHWHRS-VIDYELAYSA-N
UŚMIECH CC(C)C\C=C\C(=O)N[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@H](O[C@H]1O[C @@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)NC(=O)C)CC([C @@H]3[C@H]([C@H]([C@@H](O3)N4C=CC(=O)NC4=O)O)O)O)O)O
Nieruchomości
Wzór chemiczny	C ₃₉ H ₆₄ N ₄ O ₁₆
Masa cząsteczkowa	Nie dotyczy
Zagrożenia
Oznakowanie GHS :
Piktogramy
Hasło ostrzegawcze	Niebezpieczeństwo
Zwroty wskazujące rodzaj zagrożenia	H300
O ile nie zaznaczono inaczej, dane podano dla materiałów w stanie normalnym (przy 25°C [77°F], 100 kPa). N ( co to jest ^{T N} ?) Referencje w infoboksie