Caldibacillus
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Caldibacillus | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Caldibacillus
Coorevits i in. 2012
|
| Wpisz gatunek | |
|
Caldibacillus debilis (Banat i in. 2004) Coorevits i in. 2012
|
|
| Gatunek | |
|
|
Caldibacillus jest fakultatywnym rodzajem bakterii beztlenowych , które barwią bakterie Gram-dodatnie (z wyjątkiem Caldibacillus debilis ) z rodziny Bacillaceae . Typowym gatunkiem tego rodzaju jest Caldibacillus debilis.
Członkowie Caldibacillus byli wcześniej gatunkami (z wyjątkiem gatunku typu, Caldibacillus debilis ) należącymi do Bacillus , rodzaju, który został uznany za wykazujący rozległą heterogeniczność polifiliczną i filogenetyczną z powodu niejasnych kryteriów (takich jak zdolność do tworzenia przetrwalników w obecności tlen) poprzednio używany do przypisania gatunków do tego kladu. Opublikowano wiele badań z wykorzystaniem porównawczych analiz filogenetycznych w celu wyjaśnienia ewolucyjnych relacji między Bacillus , co doprowadziło do powstania wielu nowych rodzajów, takich jak Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicyclobacillus , Virgibacillus i Evansella . Ponadto rodzaj Bacillus został ograniczony do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwa Caldibacillus pochodzi od przedrostka „-caldi” (od łacińskiego przymiotnika caldus , który tłumaczy się na „ciepły, gorący”) i przyrostka „-bacillus” (od łacińskiego rzeczownika bacillus , odnoszącego się do małej laski lub pręta). Razem Caldibacillus przekłada się na ciepłą Bacillus, odnosząc się do termofilności organizmu.
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie tego rodzaju są tlenowi lub fakultatywnie beztlenowi i występują głównie w słonych jeziorach. Wszyscy członkowie mogą wytwarzać przetrwalniki, a niektórzy są ruchliwi. Zakres temperatur wzrostu wynosi 25–70 ° C. Dla niektórych gatunków optymalna temperatura wzrostu mieści się w zakresie 30–37 ° C, podczas gdy kilka innych gatunków, takich jak C. debilis i C. thermoamylovorans , to bezwzględnie termofile o optymalnych temperaturach wzrostu odpowiednio 65 i 50 ° C.
Analizy genomowe zidentyfikowały osiem konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI), które są obecne wyłącznie w tym rodzaju w następujących białkach: fosfoesteraza z rodziny DHH, enzym syntezy urydyno-5-karboksymetyloaminometylo(34) tRNA MnmG, ligaza O-sukcynylobenzoesanu-CoA , białko powtórzeń tetratrikopeptydu , karboksypeptydaza d-alanylo-d-alaniny , rybonukleaza Z , białko o późnej kompetencji ComER i polimeraza DNA III podjednostki delta. Te CSI zapewniają wiarygodną molekularną metodę różnicowania Caldibacillus od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Caldibacillus według stanu na maj 2021 r. zawiera łącznie 6 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami. Ten rodzaj został zidentyfikowany jako monofiletyczny klad i filogenetycznie niezwiązany z innymi gatunkami Bacillus w badaniach badających związki taksonomiczne w obrębie Bacillus . Ten wzór rozgałęzień obserwuje się również w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Stwierdzono również, że dwa nieprawidłowo opublikowane gatunki, „Bacillus andreaoultii” i „Bacillus kwashiorkori”, grupują się z innymi przedstawicielami Caldibacillus w drzewach filogenetycznych, a także mają te same markery molekularne w postaci konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI). Jednak jego przeniesienie nie zostało oficjalnie zaproponowane ze względu na brak informacji o szczepie kultury. Konieczna jest dalsza rewizja tego rodzaju, ponieważ odkryto i przypisano dodatkowe genomy i nowe gatunki.
Filogeneza
Obecnie akceptowana taksonomia jest oparta na Liście nazw prokariotycznych z obowiązującą nomenklaturą (LPSN) i National Center for Biotechnology Information (NCBI)
| LTP na bazie 16S rRNA _01_2022 | 120 białek markerowych opartych na GTDB 07-RS207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Zobacz też
Dalsza lektura
- Wushke, Scott; Levin, David B.; Cicek, Nazim; Sparling, Richard; Parales, RE (15 sierpnia 2015). „Fakultatywny beztlenowiec Caldibacillus debilis GB1: charakterystyka i zastosowanie w zaprojektowanej kokulturze tolerującej aerozol, degradującej celulozę z Clostridium thermocellum” . Mikrobiologia stosowana i środowiskowa . 81 (16): 5567–5573. doi : 10.1128/AEM.00735-15 . PMC 4510191 . PMID 26048931 .