Centra zasobów bioinformatycznych

Centra Zasobów Bioinformatycznych ( BRC ) to grupa pięciu internetowych ośrodków badawczych założonych w 2004 roku i finansowanych przez NIAID ( Narodowy Instytut Alergii i Chorób Zakaźnych ). BRC powstały w odpowiedzi na zagrożenia, jakie stwarzają pojawiające się i ponownie pojawiających się patogenów , w szczególności patogenów kategorii A, B i C Centrum Kontroli i Zapobiegania Chorobom (CDC) oraz ich potencjalnego wykorzystania w bioterroryzmie . Intencją NIAID w finansowaniu tych bioinformatycznych jest pomoc naukowcom zaangażowanym w eksperymentalną charakterystykę takich patogenów i tworzenie leków , szczepionek lub narzędzi diagnostycznych do ich zwalczania.

Główne cele BRC są następujące:



1) Tworzenie kompleksowych baz wiarygodnych, aktualnych danych bioinformatycznych ( genetycznych , proteomicznych , biochemicznych lub mikrobiologicznych ) związanych z patogenami będącymi przedmiotem zainteresowania; 2) Zapewnienie naukowcom łatwego dostępu do tych danych za pośrednictwem internetowych interfejsów użytkownika służących do wyszukiwania i pobierania danych ; 3) Zapewnienie naukowcom odpowiednich, najnowocześniejszych narzędzi obliczeniowych do bioinformatycznej analizy tych danych.

Pięć BRC jest wspieranych przez różne instytucje, zarówno publiczne, jak i prywatne, w całych Stanach Zjednoczonych i Kanadzie . Każdy BRC koncentruje się na innej grupie patogenów.

Centra zasobów bioinformatycznych
Nazwa Nazwa Akron Organizacje wspierające Liczba objętych organizmów Objęte organizmy (kategoria CDC)
Zasoby bazy danych patogenów eukariotycznych EuPathDB Uniwersytet Pensylwanii

Uniwersytet Gruzji

45 w 13 rodzajach Crithidia (inne)












Cryptosporidium (B) Encephalitozoon (Grupa I) Entamoeba (B) Enterocytozoon (Grupa I) Giardia (B) Leishmania (Inne) Neospora (Inne) Plasmodium (Inne) Theileria (Inne) Toxoplasma (B) Trichomonas (Inne) Trypanosoma (Inne)

Baza danych badań nad grypą IRD Instytut J. Craiga Ventera

Uniwersytet Chicagowski

1 Wirus grypy (grypa) (C)
Centrum integracji zasobów PathoSystems PATRYK Instytut Bioinformatyki Wirginii

Narodowe Centrum Eksploracji Tekstu Uniwersytetu w Chicago

22 rodzaje Bacillus (A)





















Bartonella (Grupa I) Borrelia (Grupa I) Brucella (B) Burkholderia (B) Campylobacter (B) Chlamydophila (B) Clostridium (A) Coxiella (B) Ehrlichia (Grupa I) Escherichia (B) Francisella ( A) Helicobacter (Grupa I) Listeria (B) Mycobacterium (C) Rickettsia (B, C) Salmonella (B) Shigella (B) Staphylococcus (B) Vibrio (B) Yersinia (A, B) Inne bakterie

Baza danych patogenów wirusów i zasoby analityczne ViPR Instytut J. Craiga Ventera

Uniwersytet Chicagowski

13 rodzin Arenaviridae (A)













Bunyaviridae (A) Filoviridae (A) Flaviviridae (A) Poxviridae (A) Caliciviridae (B) Togaviridae (B) Wirus zapalenia wątroby typu A (B) Coronaviridae ( C) Paramyxoviridae (C) Lyssavirus ( C ) Hepatitis E Herpesviridae Reoviridae

Baza wektorów VB Uniwersytet Notre-Dame


Europejski Instytut Bioinformatyki Imperial College w Londynie

30 Anopheles gambiae (inne)










Anopheles (x16) (inne) Aedes aegypti (inne) Biomphalaria glabrata (inne) Culex quinquefasciatus (inne) Glossina species (x5) (inne) Ixodes scapularis (inne) Lutzomyia longipalpis ( inne) Musca domestica (inne ) Pediculus humanus (inne) ) Phlebotomus papatasi (Inne)

Portal Patogenów nic Instytut Bioinformatyki Wirginii Dane dla 13 gatunków:

Ekspresja genów , proteomika

krowianka (inne)












Variola (A) Monkeypox (A) Koronawirus (C) Brucella abortus (B) Bacillus anthracis (A) Salmonella typhimurium (B) Yersinia pestis (A) Vibrio cholerae (B) Cryptosporidium parvum (B) Toxoplasma gondii (B) Homo sapiens ( Inne) Mus musculus (Inne)

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrane z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bioinformatics_Resource_Centers&oldid=992392550 ”