Chlamydofile
|
|
| Chlamydophila | |
|---|---|
| Chlamydophila psittaci | |
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: | Chlamydiota |
| Klasa: | Chlamydia |
| Zamówienie: | chlamydia |
| Rodzina: | Chlamydiowate |
| Rodzaj: |
Chlamydophila Everett, Bush & Andersen 1999 |
| Wpisz gatunek | |
|
Chlamydophila psittaci (Lillie 1930) Everett, Bush i Andersen 1999
|
|
| Gatunek | |
| Synonimy | |
|
|
Chlamydophila to kontrowersyjny rodzaj bakterii należący do rodziny Chlamydiaceae .
Taksonomia
Wszystkie Chlamydiota są bakteriami beztlenowymi o dwufazowym cyklu rozwojowym, który zależy od bezwzględnie wzrostu wewnątrzkomórkowego w eukariotycznych komórkach gospodarza.
Chlamydophila została rozpoznana przez wielu naukowców w 1999 r., z sześcioma gatunkami w Chlamydophila i trzema w pierwotnym rodzaju Chlamydia . Od razu uznano to za kontrowersyjne. W 2015 roku Chlamydophila zostały przeklasyfikowane jako Chlamydia . Historia klasyfikacji i reklasyfikacji jest następująca.
Wcześniejsze kryteria różnicowania gatunków chlamydiów nie zawsze dobrze się sprawdzały. Na przykład w tamtym czasie rodzaj C. psittaci odróżniał się od C. trachomatis na podstawie oporności na sulfadiazynę , chociaż nie wszystkie szczepy zidentyfikowane wówczas jako C. psittaci były oporne, a C. pneumoniae został sklasyfikowany na podstawie wyglądu pod mikroskopem elektronowym (EM) i jego zdolność do infekowania ludzi, chociaż wygląd EM może różnić się w zależności od grupy badawczej, a wiele z tych gatunków zaraża ludzi.
Systematyczna taksonomia ustanowiona dla Chlamydiota (dawniej Chlamydiae) w 1999 r. Wykorzystywała ponowne połączenie DNA-DNA , podobieństwo genów rybosomalnego RNA 16S i 23S , grupowanie podobieństw sekwencji genów kodujących białka oraz wielkość genomu jako kryteria klasyfikacji. Zastosowano również kryteria pomocnicze, takie jak wykrywanie antygenu , barwienie glikogenem , asocjacja gospodarza i morfologia EM, w zależności od możliwości zastosowania i dostępności.
Porównawcze analizy genomiczne przeprowadzone w 2006 r. pozwoliły zidentyfikować szereg charakterystycznych białek, które były unikalnie obecne w gatunkach z rodzaju Chlamydia i Chlamydophila , co potwierdziło odrębność Chlamydophila . Pogląd ten został zakwestionowany trzy lata później przez nowsze techniki analizy całego genomu, co doprowadziło do propozycji „ponownego połączenia Chlamydiaceae w jeden rodzaj, Chlamydia ”. Do 2010 roku ta reklasyfikacja „nie została w pełni zaakceptowana ani przyjęta” wśród mikrobiologów, co „doprowadziło do powrotu do jednego, oryginalnego rodzaju Chlamydia , który obecnie obejmuje wszystkie 9 gatunków, w tym Chlamydia psittaci ”. Od 2013 r. Chlamydophila była nadal wymieniana w niektórych bazach danych, ale kontrowersyjna. Połączenie rodzaju Chlamydophila z powrotem w rodzaj Chlamydia jest obecnie powszechnie akceptowane.
Różnicowanie chlamydofili
Według autorów badania z 1999 roku, średnia różnica w reasocjacji DNA-DNA odróżniająca Chlamydophila od Chlamydii wynosi 10,1%, co jest akceptowaną wartością dla separacji rodzaju. Chociaż 16S rybosomalnego RNA tych dwóch są prawie w 95% identyczne, w przeciwieństwie do innych wcześniej ustalonych rodzajów, autorzy uznali, że podobieństwo mniejsze niż 95% jest jedynie wskazówką do ustanowienia nowych rodzajów w rodzinach chlamydii. W badaniu autorzy wykorzystali podobieństwo lokalizacji kodowania genów białka i rybosomalnego RNA w genomie (skupiska genów), aby pomóc odróżnić Chlamydophila od Chlamydii . Również pełnej długości rybosomalnego RNA 23S gatunków z dwóch rodzajów były mniej niż 95% identyczne.
| Rodzaj | Przybliżona wielkość genomu (miliony par zasad DNA) | Wykrywalny glikogen | Liczba operonów rybosomalnych |
|---|---|---|---|
| Chlamydofile | 1.2 | NIE | 1 |
| Chlamydia | 1.0 | Tak | 2 |
Filogeneza
| LTP na bazie 16S rRNA _01_2022 | 120 białek markerowych opartych na GTDB 07-RS207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Zobacz też
Linki zewnętrzne
- Chlamydophila i powiązane informacje w PATRIC , Centrum Zasobów Bioinformatycznych finansowanym przez NIAID
- Zarys taksonomiczny prokariotów, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, wydanie drugie wydanie 1.0, kwiecień ok. [1]