Chlorofleksja

Chlorofleksja
Klasyfikacja naukowa
Domena:	Bakteria
Gromada:	chlorofleksota
Klasa:	Chlorofleksja poprawna. Gupta i in. 2013
Zamówienia
chlorofleksale Herpetosiphonales Kallotenuales „Termobakuły”
Synonimy
„Chlorofleksja” Castenholz 2001 „Chlorobacteria” Cavalier-Smith 2002 „Chloroflexi” Gupta i in. 2013

Chloroflexia to klasa bakterii z typu Chloroflexota . Chlorofleksja jest zazwyczaj nitkowata i może poruszać się poprzez poślizg bakteryjny . Jej nazwa pochodzi od rzędu Chloroflexales .

Etymologia

Nazwa „Chloroflexi” to neolatyńska liczba mnoga od „Chloroflexus”, która jest nazwą pierwszego opisanego rodzaju. Rzeczownik jest połączeniem greckiego chloros (χλωρός) oznaczającego „zielonkawo-żółty” i łacińskiego flexus (od flecto ) oznaczającego „wygięty”, co oznacza „zielone zgięcie”. Nazwa nie pochodzi od chloru, pierwiastka potwierdzonego jako taki w 1810 roku przez Sir Humphry'ego Davy'ego i nazwanego tak od jego bladozielonego koloru.

Taksonomia i sygnatury molekularne

Zobacz też: Genomika i konserwowane indele sygnaturowe

Klasa Chloroflexia to grupa głęboko rozgałęzionych bakterii fotosyntetycznych (z wyjątkiem gatunków Herpetosiphon i Kallotenue ), które obecnie składają się z trzech rzędów: Chloroflexales , Herpetosiphonales i Kallotenuales. Herpetosiphonales i Kallotenuales składają się z jednego rodzaju w ramach własnej rodziny, Herpetosiphonaceae ( Herpetosiphon ) i Kallotenuaceae ( Kallotenue ), podczas gdy Chloroflexales są bardziej zróżnicowane filogenetycznie.

Mikroskopijne cechy wyróżniające

Członkowie gromady Chloroflexota to monodermy i barwią się głównie na Gram-ujemne, podczas gdy większość gatunków bakterii to didermy i barwią Gram-ujemne , z wyjątkiem Gram-dodatnich Bacillota ( niski GC Gram-dodatni), Actinomycetota (wysoki GC, Gram-dodatni) i Deinococcota (Gram-dodatnie, didermy z grubym peptydoglikanem).

Genetyczne cechy wyróżniające

Porównawcza analiza genomowa udoskonaliła ostatnio taksonomię klasy Chloroflexia , dzieląc Chloroflexales na podrząd Chloroflexineae składający się z rodzin Oscillachloridaceae i Chloroflexaceae oraz podrząd Roseiflexineae zawierający rodzinę Roseiflexaceae . Zmieniona taksonomia została oparta na identyfikacji szeregu zachowanych indeli sygnaturowych (CSI), które służą jako wysoce wiarygodne markery molekularne wspólnego pochodzenia.

Fizjologiczne cechy wyróżniające

Dodatkowym wsparciem dla podziału Chloroflexales na dwa podrzędy są obserwowane różnice we właściwościach fizjologicznych, gdzie każdy podrząd charakteryzuje się odrębnymi profilami karotenoidów , chinonów i kwasów tłuszczowych , które są konsekwentnie nieobecne w drugim podrzędzie.

Oprócz wyznaczania rang taksonomicznych, CSI mogą odgrywać rolę w unikalnych cechach członków w obrębie kladu: w szczególności czteroaminokwasowa wstawka w białku pirogronianowym flawodoksynie / oksydoreduktazie ferredoksyny, białku, które odgrywa ważne role w organizmach fotosyntetyzujących , został znaleziony wyłącznie wśród wszystkich członków rodzaju Chloroflexus i uważa się, że odgrywa ważną rolę funkcjonalną.

Wykonano dodatkową pracę przy użyciu CSI w celu wyznaczenia pozycji filogenetycznej Chloroflexia w stosunku do innych grup fotosyntetycznych, takich jak sinice. Chloroflexia ma wiele wspólnych CSI z Chlorobiota w białkach syntetyzujących chlorofil. Ponieważ te dwie linie nie są blisko spokrewnione, interpretacja jest taka, że ​​CSI są wynikiem horyzontalnego transferu genów między nimi. Chlorofleksja z kolei nabyła te białka przez inny HGT z morskich cyjanobakterii „Clade C”.

Filogeneza

LTP oparty na 16S rRNA _12_2021	120 białek markerowych opartych na GTDB 07-RS207
„ termikrobia ” Sphaerobacterales Sphaerobacteraceae Nitrolancea Sphaerobacter Termodrobnoustroje Thermomicrobiaceae Thermomicrobium Thermorudis Chlorofleksja Kallotenue {Kallotenuales: Kallotenuaceae} Herpetosiphonales Herpetosiphonaceae Herpetozyfon chlorofleksale Roseiflexaceae różokształtny Chloroflexaceae Heliothrix Oscillochloris Chloroflexus	Chlorofleksja „Termobakuły” „Thermobaculaceae” termobakulum Termodrobnoustroje Thermomicrobiaceae Nitrolancea Sphaerobacter Thermomicrobium Thermorudis chlorofleksale Herpetosiphon {Herpetosiphonaceae} Roseiflexaceae " Kouleothrix " Roseiflexus Chloroflexaceae Chloroflexus Oscillochloris " C. Chloroploca" " C. Viridilinea"

Taksonomia

Zobacz też: Taksonomia bakterii

Obecnie przyjęta taksonomia jest następująca:

Klasa Chloroflexia Gupta i in. 2013

• Rodzaj „ Dehalobium ” Wu et al. 2002
• Rodzaj „ Candidatus Lithoflexus” Saghai et al. 2020
• Rodzaj " Candidatus Sarcinithrix" Nierychlo et al. 2019
• Rząd " Thermobaculales "
  • Rodzina "Thermobaculaceae"
    • Rodzaj " Thermobaculum " Botero et al. 2004
• Zamów Kallotenuales Cole et al. 2013
  • Rodzina Kallotenuaceae Cole et al. 2013
    • Rodzaj Kallotenue Cole i in. 2013
• Zamów Herpetosiphonales Gupta et al. 2013
  • Rodzina Herpetosiphonaceae Gupta et al. 2013
    • Rodzaj „ Candidatus Anthektikosiphon” Ward, Fischer & McGlynn 2020
    • Rodzaj Herpetosiphon Holt & Lewin 1968 [ Flavilitoribacter García-López et al. 2020 ]
• Zamów Chloroflexales Gupta et al. 2013
  • Podrząd Roseiflexineae Gupta et al. 2013
    • Rodzina Roseiflexaceae Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
      • Rodzaj " Kouleothrix " Kohno et al. 2002
      • Rodzaj Heliothrix Pierson et al. 1986
      • Rodzaj Roseiflexus Hanada et al. 2002
  • Podrząd Chloroflexineae Gupta et al. 2013
    • Rodzina Chloroflexaceae Gupta et al. 2013
      • Rodzaj Candidatus Chloranaerofilum Thiel et al. 2016
      • Rodzaj Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974 [" Chlorocrinis "]
    • Rodzina Oscillochloridaceae Gupta et al. 2013
      • Rodzaj Candidatus Chloroploca Gorlenko et al. 2014
      • Rodzaj Chloronema ♪ Dubinina i Gorlenko 1975
      • Rodzaj Oscillochloris Gorlenko i Pivovarova 1989
      • Rodzaj Candidatus Viridilinea Grouzdev et al. 2018

Zobacz też

• Lista rodzajów bakterii
• Lista zleceń bakteryjnych
• Bakterie zielonej siarki

Dalsza lektura

•   Garrity GM, Holt JG (2001). "Phylum BVI. Chloroflexi phy. Nov" . W Boone, DR, Castenholz, RW (red.). Archaea i głęboko rozgałęzione i fototroficzne bakterie . Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Tom. 1 (wyd. 2). Nowy Jork: Springer Verlag. P. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .