Dziedzina czynnika von Willebranda typu A
| Domena czynnika von Willebranda typu A | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura domeny I z integryny CD11a/CD18 (LFA-1, alfa L beta 2).
| |||||||||||
| Identyfikatory | |||||||||||
| Symbol | VWA | ||||||||||
| Pfam | PF00092 | ||||||||||
| Klan Pfam | CL0128 | ||||||||||
| InterPro | IPR002035 | ||||||||||
| SCOP2 | 1lfa / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||||
| CDD | cd00198 | ||||||||||
| |||||||||||
Domena czynnika von Willebranda typu A (vWA) to domena białkowa, której nazwa pochodzi od jej występowania w czynniku von Willebranda (vWF), dużej multimerycznej glikoproteinie występującej w osoczu krwi. Zmutowane formy vWF są zaangażowane w etiologię skaz krwotocznych. Ta domena typu A jest prototypem nadrodziny białek ( InterPro : IPR036465 ; patrz także klan Pfam).
Domena vWA znajduje się w różnych białkach osocza: czynnikach dopełniacza B, C2, CR3 i CR4; integryny (domeny I) ; kolagen typu VI, VII, XII i XIV; i inne białka zewnątrzkomórkowe. Chociaż większość białek zawierających vWA to białka zewnątrzkomórkowe, najstarsze obecne u wszystkich eukariontów to wszystkie białka wewnątrzkomórkowe zaangażowane w takie funkcje, jak transkrypcja, naprawa DNA, transport rybosomalny i błonowy oraz proteasom . Wspólną cechą wydaje się być udział w kompleksach wielobiałkowych. Białka zawierające domeny vWA uczestniczą w licznych zdarzeniach biologicznych (np. adhezji komórek, migracji, zasiedlaniu, tworzeniu wzorców i transdukcji sygnału), obejmujących interakcje z szeroką gamą ligandów. Wiele ludzkich chorób wynika z mutacji w domenach vWA.
Przewidywanie struktury drugorzędowej na podstawie 75 dopasowanych sekwencji vWA ujawniło w dużej mierze naprzemienną sekwencję helis alfa i nici beta. Algorytmy rozpoznawania fałd zostały użyte do oceny zgodności sekwencji z biblioteką znanych struktur: przewidziano, że fałd domeny vWA będzie podwójnie zwiniętym, otwartym, skręconym arkuszem beta otoczonym alfa-helisami . Struktury 3D określono dla domen I integryn CD11b (ze związanym magnezem) i CD11a (ze związanym manganem). Domena przyjmuje klasyczną fałdę alfa/beta Rossmanna i zawiera na swojej powierzchni niezwykłe miejsce koordynacyjne jonów metali. Sugerowano, że to miejsce reprezentuje ogólne miejsce adhezji zależne od jonów metali (MIDAS) do wiązania ligandów białkowych. Reszty tworzące motyw MIDAS w domenach I CD11b i CD11a są całkowicie konserwatywne, ale sposób, w jaki jon metalu jest koordynowany, jest nieco inny.
Białka ludzkie zawierające tę domenę
ANTXR1 ; ANTXR2 ; BF ; C2 ; CACHD1 ; CACNA2D1 ; CACNA2D2 ; CACNA2D3 ; CACNA2D4 ; CFB ; CLCA1 ; CLCA2 ; CLCA4 ; COCH ; COL12A1 ; COL14A1 ; COL20A1 ; COL21A1 ; COL22A1 ; COL28; COL6A1 ; COL6A2 ; COL6A3 ; COL7A1 ; COLA1L; CaCC1; ITGA1 ; ITGA10 ; ITGA11 ; ITGA2 ; ITGAD ; ITGAE ; ITGAL ; ITGAM ; ITGAX ; ITIH1 ; ITIH2 ; ITIH3 ; ITIH4 ; ITIH5; ITIH5L; LOC285929; LOC340267; LOC389462; LOH11CR2A; MATN1 ; MATN2 ; MATN3 ; MATN4; PARP4 ; SVEP1（SEL-OB）; WIT; VWA1; VWA2 ; VWF ; hCLCA1; hCLCA2; CMG2;
- Bork, P; Rohde, K (1991). „Więcej domen czynnika von Willebranda typu a? Podobieństwa sekwencji z anonimowym białkiem związanym z trombospondyną malarii, kanałem wapniowym wrażliwym na dihydropirydynę i inhibitorem inter-alfa-trypsyny” . Dziennik biochemiczny . 279 (3): 908–10. doi : 10.1042/bj2790908 . PMC 1151534 . PMID 1659389 .
Linki zewnętrzne
- Eukariotyczna klasa motywów motywów liniowych LIG_IBS_1