tioesteraza acylo-CoA 9
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ACOT9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , ACATE2, MT-ACT48, MTACT48, CGI-16, Acyl-CoA tioesteraza 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Zewnętrzne identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tioesteraza acylo-CoA 9 jest białkiem kodowanym przez ludzki gen ACOT9 . Jest członkiem nadrodziny tioesterazy acylo-CoA , która jest grupą enzymów hydrolizujących estry koenzymu A. Nie jest znana funkcja, jednak wykazano, że działa jako długołańcuchowa tioesteraza w niskich stężeniach i krótkołańcuchowa tioesteraza w wysokich stężeniach.
Gen
Umiejscowienie
Gen ACOT9 znajduje się w p22.11 na chromosomie X. Znajduje się na nici ujemnej chromosomu, początek ma 23 721 777 pz , a koniec 23 761 407 pz, co daje rozpiętość 39 631 par zasad .
Skróty
Gen ACOT9 znany jest przede wszystkim z kodowania białka tioesterazy Acyl-CoA 9. Inne, rzadziej używane nazwy genu to ACATE2 i MT-ACT48.
Funkcjonować
Białko kodowane przez gen ACOT9 należy do rodziny tioesteraz Acyl-CoA , które katalizują hydrolizę różnych estrów koenzymu A różnych cząsteczek do wolnego kwasu plus CoA. Enzymy te określa się również w literaturze jako hydrolazy acylo-CoA, hydrolazy tioestrowe acylo-CoA i hydrolazy palmitoilo-CoA. Reakcja przeprowadzana przez te enzymy jest następująca:
Ester CoA + H 2 O → wolny kwas + koenzym A
Enzymy te wykorzystują te same substraty co długołańcuchowe syntetazy acylo-CoA, ale mają wyjątkowy cel, ponieważ wytwarzają wolny kwas i CoA, w przeciwieństwie do długołańcuchowych syntetaz acylo-CoA, które ligują kwasy tłuszczowe z CoA w celu wytworzenia ester CoA. Rola enzymów z rodziny ACOT- nie jest dobrze poznana; sugerowano jednak, że odgrywają one kluczową rolę w regulowaniu wewnątrzkomórkowych poziomów estrów CoA, koenzymu A i wolnych kwasów tłuszczowych. Ostatnie badania wykazały, że estry Acyl-CoA mają o wiele więcej funkcji niż zwykłe źródło energii. Funkcje te obejmują allosteryczną regulację enzymów, takich jak karboksylaza acetylo-CoA , heksokinaza IV i enzym kondensujący cytrynian. Długołańcuchowe acylo-CoA regulują również otwieranie kanałów potasowych wrażliwych na ATP i aktywację ATPaz wapnia , regulując w ten sposób wydzielanie insuliny . Szereg innych zdarzeń komórkowych jest również pośredniczonych przez acylo-CoA, na przykład transdukcja sygnału przez kinazę białkową C , hamowanie apoptozy indukowanej kwasem retinowym oraz zaangażowanie w pączkowanie i fuzję układu błony wewnętrznej . Acyl-CoA pośredniczą również w kierowaniu białek do różnych błon i regulacji podjednostek α białka G, ponieważ są substratami do acylacji białek. W mitochondriach estry acylo-CoA biorą udział w acylacji mitochondrialnych dehydrogenaz zależnych od NAD+ ; ponieważ enzymy te są odpowiedzialne za katabolizm aminokwasów , ta acylacja czyni cały proces nieaktywnym. Mechanizm ten może zapewniać przesłuch metaboliczny i działać w celu regulacji NADH /NAD+ w celu utrzymania optymalnego mitochondrialnego beta-oksydacji kwasów tłuszczowych. Rola estrów CoA w metabolizmie lipidów i wielu innych procesach wewnątrzkomórkowych jest dobrze zdefiniowana, dlatego postawiono hipotezę, że enzymy ACOT odgrywają rolę w modulowaniu procesów, w których biorą udział te metabolity.
Homologia/ewolucja
_vs._Time_(MYA)_in_ACOT9.png)
ortologi
Istnieje wiele ortologów ACOT9, mysz domowa ( Mus musculus ) jest jednym z najbardziej podobnych, gdzie gen ACOT9 znajduje się w 72,38 cM na chromosomie X. Zakres ortologów rozciąga się na ssaki, ptaki, płazy, grzyby anamorficzne i inni. [ potrzebne źródło ]
| Numer sekwencji | Rodzaj i gatunek | Nazwa zwyczajowa | Data rozbieżności (MYA) | Numer dostępowy | Długość sekwencji | Tożsamość sekwencji | Podobieństwo sekwencji | Notatki |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Homo sapiens | Człowiek | 0 | NP_001028755.2 | 439 | 100% | 100% | Człowiek |
| 2 | Mus musculus | Mysz domowa | 91 | NP_062710.2 | 439 | 83% | 90% | Gryzoń |
| 3 | Pteropus alecto | Czarny latający lis | 97,4 | XP_006911668.1 | 480 | 81% | 91% | Nietoperz |
| 4 | Gallus gallus | Kurczak | 324,5 | NP_001012841.1 | 425 | 69% | 87% | Ptak |
| 5 | Pseupododoces humilis | Sikora mielona | 324,5 | XP_005516751.1 | 417 | 68% | 85% | Ptak |
| 6 | Kolumba Liwia | Gołąb skalny | 324,5 | XP_005503782.1 | 402 | 67% | 86% | Ptak |
| 7 | Geospiza fortis | Średnio mielona zięba | 324,5 | XP_005424946.1 | 417 | 67% | 85% | Ptak |
| 8 | Pelodiscus sinensis | Chiński żółw o miękkiej skorupie | 324,5 | XP_006112565.1 | 439 | 67% | 85% | Gad |
| 9 | Xenopus tropicalis | Zachodnia żaba szponiasta | 361.2 | AAI61600.1 | 418 | 65% | 82% | Płaz |
| 10 | Danio Rerio | Danio pręgowany | 454,6 | AAI59216.1 | 434 | 60% | 80% | Ryba |
| 11 | Ceratitis capitata | Śródziemnomorska muszka owocowa | 910 | JAB97119.1 | 433 | 32% | 58% | Owad |
| 12 | Glarea lozoyensis 74030 | Grzyb anamorficzny | 1368 | EHL00310.1 | 350 | 24% | 47% | Grzyb |
Paralogi
U myszy, która jest jednym z najbliższych ortologów, ACOT10 jest znanym paralogiem genu ACOT9.
Wyrażenie
Ekspresja ACOT9 jest wszechobecna w tkankach ludzkich. Tkankami o wartości ponad 500 w wielkoskalowej analizie ludzkiego transkryptomu były gałka blada i gruczolakorak jelita grubego. Wyrażony profil obfitości znacznika sekwencji (lub EST) pokazuje również wszechobecną /prawie wszechobecną ekspresję w tkankach ludzkich.
Czynniki transkrypcyjne
Istnieje wiele czynników transkrypcyjnych w całej sekwencji promotora ACOT9. Niektóre z godnych uwagi czynników to czynniki szoku cieplnego i elementy rozpoznawania czynnika transkrypcyjnego II B (TFIIB). [ potrzebne źródło ]
| Czynnik transkrypcyjny | Początek | Koniec | Pasmo | Sekwencja |
|---|---|---|---|---|
| Element promotora rdzenia genu X 1 | 683 | 693 | - | ggGCGGgaccg |
| Doublesex i czynnik transkrypcyjny powiązany z mab-3 1 | 81 | 101 | + | tttttttgagacaTTGTctcc |
| Białko wiążące element reagujący na cAMP 1 | 491 | 511 | - | agggcgTGACgtcgagaagag |
| czynnik transkrypcyjny Sp4 | 660 | 676 | - | ccagggGGCGtggccgc |
| Pobudzające białko 1, wszechobecny czynnik transkrypcyjny palca cynkowego | 682 | 698 | - | tccggGGGCgggaccgc |
| Współczynnik szoku cieplnego 1 | 24 | 48 | + | caggactaaactAGAAtctccagcc |
| czynnik transkrypcyjny E2F 2 | 808 | 824 | + | ccatcGCGCgcacggca |
| Czynnik jądrowy aktywowanych komórek T 5 | 380 | 398 | + | tttGGAAagttgcccagga |
| ZF5 POZ domena palec cynkowy, białko palca cynkowego 161 (preferencja wiązania drugorzędowego DNA) | 811 | 825 | + | tcgCGCGcacggcag |
| Białko aktywatora specyficzne dla komórek B | 678 | 706 | - | cagcggtgtccgggGGCGggaccgcggcg |
| Miejsce wiązania sparowanej domeny Pax-6 | 54 | 72 | + | gtctcAAGCatcagttttt |
| ZF5 POZ domena palec cynkowy, białko palca cynkowego 161 (preferencja wiązania drugorzędowego DNA) | 651 | 665 | - | ggcCGCGctgtgccg |
| Miejsce wiązania sparowanej domeny Pax-6 | 758 | 776 | + | ttttaTCGCctcagtttcc |
| Pudełko LTR TATA dla ssaków typu C | 751 | 767 | - | ggcgaTAAAagacgcac |
| Czynnik jądrowy Y (czynnik wiążący pole Y) | 624 | 638 | + | cccgCCAAtgaacgg |
| Element rozpoznający czynnik transkrypcyjny II B (TFIIB). | 356 | 362 | + | ccgCGCC |
| Element rozpoznający czynnik transkrypcyjny II B (TFIIB). | 440 | 446 | - | ccgCGCC |
| Element rozpoznający czynnik transkrypcyjny II B (TFIIB). | 734 | 740 | - | ccgCGCC |
| Czynnik jądrowy Y (czynnik wiążący pole Y) | 581 | 595 | - | ccacTCAAtcagttg |
| CCAAT/białko wiążące wzmacniacz alfa | 529 | 543 | - | tcggttga GTAAacg |
Struktura drugorzędowa
Istnieją dwa regiony w sekwencji genu ACOT9, które są oznaczone jako regiony BFIT (tioesteraza indukowana brązowym tłuszczem) i BACH (hydrolaza acylo-CoA mózgu). Regiony te są częścią nadrodziny fałd hotdoga , która, jak stwierdzono, jest wykorzystywana w różnych rolach komórkowych. Prognozy wskazują, że w całej strukturze znajdują się różne alfa-helisy , co sugeruje, że jest to białko transbłonowe .
Interakcje
Miejsce cięcia mitochondrialnego można znaleźć w aminokwasie 30 w sekwencji ACOT9, a prawdopodobieństwo eksportu do mitochondriów wynosi 0,9374. Szacuje się, że białko tioesterazy 9 Acyl-CoA jest w 60,9% mitochondrialne, 21,7% cytoplazmatyczne , 8,7% jądrowe, 4,3% w błonie komórkowej i 4,3% w retikulum endoplazmatycznym .
Stwierdzono, że białko ACOT9 oddziałuje z następującymi białkami eksperymentalnie lub poprzez koekspresję:
Linki zewnętrzne
- Lokalizacja ludzkiego genomu ACOT9 i strona szczegółów genu ACOT9 w przeglądarce genomu UCSC .
Dalsza lektura
- Mulkearns EE, Cooper JA (kwiecień 2012). „Domena FCH tylko-2 organizuje struktury pokryte klatryną i współdziała z Disabled-2 w endocytozie receptora lipoprotein o małej gęstości” . Biologia molekularna komórki . 23 (7): 1330–42. doi : 10.1091/mbc.E11-09-0812 . PMC 3315808 . PMID 22323290 .
- Hunt MC, Yamada J, Maltais LJ, Wright MW, Podesta EJ, Alexson SE (wrzesień 2005). „Poprawiona nomenklatura dla tioesterazy / hydrolaz acylo-CoA ssaków” . Journal of Lipid Research . 46 (9): 2029–32. doi : 10.1194/jlr.E500003-JLR200 . PMID 16103133 .
- Alkhaja AK, Jans DC, Nikolov M, Vukotic M, Lytovchenko O, Ludewig F, Schliebs W, Riedel D, Urlaub H, Jakobs S, Deckers M (styczeń 2012). „MINOS1 jest konserwowanym składnikiem kompleksów mitofiliny i jest wymagany do funkcjonowania mitochondriów i organizacji cristae” (PDF) . Biologia molekularna komórki . 23 (2): 247–57. doi : 10.1091/mbc.E11-09-0774 . PMC 3258170 . PMID 22114354 .
- Poupon V, Bègue B, Gagnon J, Dautry-Varsat A, Cerf-Bensussan N, Benmerah A (lipiec 1999). „Klonowanie molekularne i charakterystyka MT-ACT48, nowej mitochondrialnej tioesterazy acylo-CoA” . Journal of Biological Chemistry . 274 (27): 19188–94. doi : 10.1074/jbc.274.27.19188 . PMID 10383425 .
Ten artykuł zawiera tekst z Narodowej Biblioteki Medycznej Stanów Zjednoczonych , która jest własnością publiczną .