Haplogrupa E (mtDNA)
| Haplogrupa E | |
|---|---|
| Możliwy czas pochodzenia | 35 000 do 8 000 YBP |
| Możliwe miejsce pochodzenia | wschodnie wybrzeże Sundaland lub Fujian |
| Przodek | M9 |
| Potomków | E1, E2 |
| Definiowanie mutacji | 3027, 3705, 7598, 13626, 16390 |
W ludzkiej genetyce mitochondrialnej haplogrupa E jest haplogrupą ludzkiego mitochondrialnego DNA (mtDNA) typową dla Archipelagu Malajskiego . Jest to podgrupa haplogrupy M9 .
Pochodzenie
Przedstawiono dwie przeciwstawne propozycje dotyczące lokalizacji i czasu powstania haplogrupy E. Jeden pogląd głosi, że klad powstał ponad 30 000 lat temu, mniej więcej w czasie ostatniego maksimum zlodowacenia, na północno-wschodnim wybrzeżu Sundalandu ( w pobliżu współczesnego Borneo ). W tym modelu haplogrupa została rozproszona przez podnoszenie się poziomu mórz w późnego zlodowacenia .
W 2014 roku stwierdzono, że mitochondrialne DNA 8000-letniego szkieletu znalezionego na wyspie Liang , jednej z wysp Matsu u południowo-wschodnich wybrzeży Chin, należy do haplogrupy E, z dwiema z czterech mutacji charakterystycznych dla podgrupy E1. Na tej podstawie Ko i współpracownicy argumentują, że haplogrupa E powstała 8 000 do 11 000 lat temu w pobliżu północnego Fujianu , 6000 lat temu udała się na Tajwan z osadnikami neolitycznymi, a stamtąd rozprzestrzeniła się do morskiej Azji Południowo-Wschodniej z językiem austronezyjskim rozproszenie. Soares i wsp. ostrzegają przed nadmiernym naciskiem na pojedynczą próbkę i utrzymują, że stały zegar molekularny sugeruje, że wcześniejsza data (i bardziej południowe pochodzenie) pozostaje bardziej prawdopodobna.
Dystrybucja
Haplogrupa E występuje w całej morskiej Azji Południowo-Wschodniej . Jest prawie nieobecny w kontynentalnej Azji Wschodniej, gdzie jego siostrzana grupa M9a (również występująca w Japonii) jest powszechna. W szczególności występuje wśród osób posługujących się językami austronezyjskimi i jest rzadkością nawet w Azji Południowo-Wschodniej wśród członków innych rodzin językowych. Został wykryty w populacjach Tajwanu , Filipin , Indonezji , Malezji (w tym Sabah na Borneo , ale nie w Orang Asli Półwyspu Malajskiego), przybrzeżnej Papui-Nowej Gwinei , a zwłaszcza w Chamorros na Marianach .
Spośród czterech głównych podklad, E1b i E2a występują głównie w morskiej Azji Południowo-Wschodniej, podczas gdy tylko E1a i E2b występują również na Tajwanie. E2b ma niskie zróżnicowanie na Tajwanie, co sugeruje, że przybył tam około 5000 lat temu. Najpowszechniejsza podklada E, E1a1a, ma największą różnorodność na Tajwanie, a następnie na Filipinach i Sulawesi. Co więcej, inne gałęzie E1a1 są w dużej mierze ograniczone do Tajwanu.
| Populacja | Częstotliwość | Liczyć | Źródło | Podtypy |
|---|---|---|---|---|
| Chamorro (85 Guam , 14 Saipan i 6 Rota ) | 0,924 | 105 | Vilar i in. 2013 | E2a=68, E1a2=29 |
| Wschodnioindonezyjski ( Sulawesi , w tym 89 Manado , 64 Toraja , 46 Ujung Padang i 38 Palu ) | 0,266 | 237 | Hill i in. 2007 | E1a=42, E1b=9, E2=7, E1(xE1a, E1b)=5 |
| Filipiński ( Mindanao ) | 0,214 | 70 | Tabbada i in. 2010 , s. 24 | E1a1a=10, E2(xE2b)=4, E1b=1 |
| Filipiński ( Visayas ) | 0,214 | 112 | Tabbada i in. 2010 , s. 24 | E1a1a=18, E2(xE2b)=5, E1(xE1a1a, E1a2, E1b)=1 |
| Wschodnioindonezyjski ( Ambon ) | 0,163 | 43 | Hill i in. 2007 | E1(xE1a, E1b)=3, E1a=2, E2=2 |
| Wschodnioindonezyjski ( Waingapu , Sumba ) | 0,160 | 50 | Hill i in. 2007 | E1b=6, E1a=1, E2=1 |
| Indonezyjski ( Bangka ) | 0,147 | 34 | Hill i wsp. 2006 | E=5 |
| Borneo (89 Banjarmasin i 68 Kota Kinabalu ) | 0,146 | 157 | Hill i in. 2007 | E1a=14, E2=5, E1b=3, E1(xE1a, E1b)=1 |
| Filipiński | 0,125 | 64 | Tabbada i in. 2010 , s. 24 | E1a1a=5, E2(xE2b)=2, E1a2=1 |
| filipiński ( Luzon ) | 0,124 | 177 | Tabbada i in. 2010 , s. 24 | E1a1a=14, E1b=5, E2(xE2b)=2, E2b=1 |
| Tajwan (aborygen) | 0,120 | 640 | Peng i in. 2011 | E=77 |
| Wschodnioindonezyjski ( Alor ) | 0,111 | 45 | Hill i in. 2007 | E1a=3, E1b=2 |
| Wschodnioindonezyjski ( Mataram , Lombok ) | 0,091 | 44 | Hill i in. 2007 | E1b=3, E1a=1 |
| Indonezyjski ( Padang , Sumatra ) | 0,083 | 24 | Hill i wsp. 2006 | E=2 |
| Indonezyjski ( Medan , Sumatra ) | 0,071 | 42 | Hill i wsp. 2006 | E=3 |
| Indonezyjski ( Pekanbaru , Medan , Bangka , Palembang i Padang ) | 0,067 | 180 | Hill i in. 2007 | E1a=6, E1b=4, E1(xE1a, E1b)=1, E2=1 |
| Indonezyjski ( Bali ) | 0,061 | 82 | Hill i in. 2007 | E1a=3, E1b=1, E1(xE1a, E1b)=1 |
| filipiński ( palawański ) | 0,050 | 20 | Scholes i in. 2011 | E1a=1 |
| Indonezyjski ( Palembang , Sumatra ) | 0,036 | 28 | Hill i wsp. 2006 | E=1 |
| Tujia ( hrabstwo Yanhe , Guizhou ) | 0,034 | 29 | Li i inni 2007 | E=1 |
| Gelao (hrabstwo Daozhen, Guizhou) | 0,032 | 31 | Li i inni 2007 | E=1 |
| Indonezyjski ( Java , w tym 36 z Tengger ) | 0,022 | 46 | Hill i in. 2007 | E1b=1 |
| Indonezyjski ( Pekanbaru , Sumatra ) | 0,019 | 52 | Hill i wsp. 2006 | E=1 |
| Cham ( Bình Thuận , Wietnam ) | 0,012 | 168 | Peng i in. 2010 | E1a1a=1, E2a=1 |
| karoliński ( Saipan ) | 0.000 | 17 | Vilar i in. 2013 | - |
| Yi ( hrabstwo Hezhang , Guizhou ) | 0.000 | 20 | Li i inni 2007 | - |
| Dong ( hrabstwo Tianzhu, Guizhou ) | 0.000 | 28 | Li i inni 2007 | - |
| Batek ( Malezja ) | 0.000 | 29 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Cun ( Hainan ) | 0.000 | 30 | Peng i in. 2011 | - |
| Batak ( Palawan ) | 0.000 | 31 | Scholes i in. 2011 | - |
| lingao ( hainan ) | 0.000 | 31 | Peng i in. 2011 | - |
| Mendriq ( Malezja ) | 0.000 | 32 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Temuan ( Malezja ) | 0.000 | 33 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Danga ( Hainan ) | 0.000 | 40 | Peng i in. 2011 | - |
| Jahai ( Malezja ) | 0.000 | 51 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Senoi ( Malezja ) | 0.000 | 52 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Semelai ( Malezja ) | 0.000 | 61 | Hill i wsp. 2006 | - |
| Gelao (hrabstwo Daozhen, Guizhou) | 0.000 | 102 | Liu i in. 2011 | - |
| Li ( Hainan ) | 0.000 | 346 | Peng i in. 2011 | - |
podklady
To drzewo filogenetyczne podkladów haplogrupy E jest oparte na artykule Mannisa van Ovena i Manfreda Kaysera Zaktualizowane kompleksowe drzewo filogenetyczne globalnej zmienności ludzkiego mitochondrialnego DNA i późniejsze opublikowane badania.
- mi
- E1
- E1a
- E1a1
- E1a1a
- E1a1a1
- E1a1a
- E1a2
- E1a1
- E1b
- E1b1
- E1a
- E2
- E2a
- E2b
- E2b1
- E2b2
- E1
Zobacz też
- Genealogiczny test DNA
- Genealogia genetyczna
- Genetyka mitochondrialna człowieka
- Genetyka populacji
- Haplogrupy ludzkiego mitochondrialnego DNA
|
Drzewo filogenetyczne haplogrup ludzkiego mitochondrialnego DNA (mtDNA) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mitochondrialna Ewa ( L ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L0 | L1–6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| L1 | L2 | L3 | L4 | L5 | L6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M | N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CZ | D | mi | G | Q | O | A | S | R | I | W | X | Y | |||||||||||||||||||||||||||
| C | Z | B | F | R0 | przed JT | P | u | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| WN | JT | k | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| H | V | J | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- Wzgórze, Katarzyna; Soares, Pedro; Mormina, Maru; Macaulay, Vincent; Meehan, William; Blackburn, James; Clarke, Douglas; Radża, Józef Maripa; Ismail, Patimah; Bulbeck, Dawid; Oppenheimer, Stephen; Richards, Martin (2006). „Filogeografia i etnogeneza Aborygenów z Azji Południowo-Wschodniej” . Biologia molekularna i ewolucja . 23 (12): 2480–2491. doi : 10.1093/molbev/msl124 . PMID 16982817 .
- Wzgórze, Katarzyna; Soares, Pedro; Mormina, Maru; Macaulay, Vincent; Clarke, Dougie; Blumbach, Petya B.; Vizuete-Forster, Matthieu; Forster, Piotr; Bulbeck, Dawid; Oppenheimer, Stephen; Richards, Martin (2007). „Stratygrafia mitochondrialna dla wyspy Azji Południowo-Wschodniej” . American Journal of Human Genetics . 80 (1): 29–43. doi : 10.1086/510412 . PMC 1876738 . PMID 17160892 .
- Ko, Albert Min-Shan; Chen, Chung-Yu; Fu, Qiaomei; Delfin, Fryderyk; Li, Mingkun; Chiu, Hung-Lin; Stoneking, Mark; Ko, Ying-Chin (2014). „Wcześni austronezyjczycy: do iz Tajwanu” . American Journal of Human Genetics . 94 (3): 426–436. doi : 10.1016/j.ajhg.2014.02.003 . PMC 3951936 . PMID 24607387 .
- Li, Binbin; Zhong, Fuguang; Yi, Hongsheng; Wang, Xianran; Li, Liangfang; Wang, Lilan; Qi, Xiaolan; Wu, Lifu (2007). „Polimorfizm genetyczny mitochondrialnego DNA w populacjach etnicznych Dong, Gelao, Tujia i Yi z Guizhou w Chinach”. Journal of Genetics and Genomics . 34 (9): 800–811. doi : 10.1016/S1673-8527(07)60091-5 . PMID 17884690 .
- Liu, Chang; Wang, Sha-Yan; Zhao, Mian; Xu, Zhi-Yong; Hu, Yu-Hua; Chen, Feng; Zhang, Ruan-Zhang; Gao, Guo-Feng; Yu, Yue-Sheng; Kong, Qing-Peng (2011). „Polimorfizmy mitochondrialnego DNA w grupie etnicznej Gelao mieszkającej w południowo-zachodnich Chinach”. Forensic Science International: Genetyka . 5 (1): PE4–E10. doi : 10.1016/j.fsigen.2010.04.007 . PMID 20494640 .
- Peng, Min Sheng; Quang, Huy Ho; Dang, Khoa Pham; Trieu, Vu; Wang, Hua-Wei; Yao, Yong-Gang; Kong, Qing-Peng; Zhang, Ya-Ping (2010). „Śledzenie śladu austronezyjskiego w kontynentalnej Azji Południowo-Wschodniej: perspektywa z mitochondrialnego DNA” . Biologia molekularna i ewolucja . 27 (10): 2417–2430. doi : 10.1093/molbev/msq131 . PMID 20513740 .
- Peng, Min Sheng; On, Jun-Dong; Liu, Hai-Xin; Zhang, Ya-Ping (2011). „Śledzenie spuścizny wczesnych wyspiarzy Hainan - perspektywa z mitochondrialnego DNA” . Biologia ewolucyjna BMC . 11 (46): 46. doi : 10.1186/1471-2148-11-46 . PMC 3048540 . PMID 21324107 .
- Scholes, Clarissa; Siddle, Katarzyna; Ducourneau, Axel; Crivellaro, Federica; Järve, Mari; Rootsi, Siiri; Bellatti, Maggie; Tabbada, Krystyna; Mormina, Maru; Reidla, Maere; Villems, Richard; Kivisild, Toomas; Lahr, Marta Mirazon; Migliano, Andrea Bamberg (2011). „Różnorodność genetyczna i dowody na domieszkę populacji w Batak Negritos z Palawan”. American Journal of Physical Anthropology . 146 (1): 62–72. doi : 10.1002/ajpa.21544 . PMID 21796613 .
- Soares, Pedro; Trejaut, Jean Alain; Loo, Jun-Hun; Wzgórze, Katarzyna; Mormina, Maru; Lee, Chien-Liang; Chen, Yao-Ming; Hudżaszow, Georgi; Forster, Piotr; Macaulay, Vincent; Bulbeck, Dawid; Oppenheimer, Stephen; Lin, Marie; Richards, Martin B. (2008). „Zmiany klimatyczne i polodowcowe rozprzestrzenianie się ludzi w Azji Południowo-Wschodniej” . Biologia molekularna i ewolucja . 25 (6): 1209–1218. doi : 10.1093/molbev/msn068 . PMID 18359946 .
- Soares, Pedro A.; Trejaut, Jean A.; Rito, Teresa; Cavadas, Bruno; Wzgórze, Katarzyna; inż. Ken Khong; Mormina, Maru; Brandão, Andreia; Fraser, Ross M.; Wang, Tse-Yi; Loo, Jun-Hun; Snel, Krzysztof; Ko, Tsang-Ming; Amorim, António; Pala, Maria; Macaulay, Vincent; Bulbeck, Dawid; Wilson, James F.; Gusmao, Leonor; Pereira, Luisa; Oppenheimer, Stephen; Lin, Marie; Richards, Martin B. (2016). „Rozwiązanie pochodzenia populacji mówiących po austronezyjsku” . Genetyka człowieka . 135 (3): 309–326. doi : 10.1007/s00439-015-1620-z . PMC 4757630 . PMID 26781090 .
- Tabbada, Kristina A.; Trejaut, Jean; Loo, Jun-Hun; Chen, Yao-Ming; Lin, Marie; Mirazón-Lahr, Marta; Kivisild, Toomas; De Ungria, Maria Corazon A. (2010). „Filipińska różnorodność mitochondrialnego DNA: zaludniony wiadukt między Tajwanem a Indonezją?” . Biologia molekularna i ewolucja . 27 (1): 21–31. doi : 10.1093/molbev/msp215 . PMID 19755666 .
- Trejaut, Jean A.; Kivisild, Toomas; Loo, Jun Hun; Lee, Chien Liang; On, Chun Lin; Hsu, Chia Jung; Lee, Zheng Yuan; Lin, Marie (2005). „Ślady archaicznych linii mitochondrialnych utrzymują się w austronezyjskich populacjach formozańskich” . PLOS Biologia . 3 (8). e247. doi : 10.1371/journal.pbio.0030247 . PMC 1166350 . PMID 15984912 .
- van Piekarnik, Mannis; Kayser, Manfred (2008). „Zaktualizowane kompleksowe drzewo filogenetyczne globalnej zmienności ludzkiego mitochondrialnego DNA” . Ludzka mutacja . 30 (2): E386 – E394. doi : 10.1002/humu.20921 . PMID 18853457 . S2CID 27566749 .
- Vilar, Miguel G.; Chan, Chim W.; Santos, Dana R.; Lynch, Daniel; Spathis, Rita; Garruto, Ralph M.; Lum, J. Koji (2013). „Pochodzenie i odrębność genetyczna Chamorros z Marianów: perspektywa mtDNA” . American Journal of Human Biology . 25 (1): 116–122. doi : 10.1002/ajhb.22349 . PMC 4335639 . PMID 23180676 .
Linki zewnętrzne
- Ogólny
- Witryna mitochondrialnego DNA Iana Logana
- Phylotree Mannisa van Ovena
- Haplogrupa E
- Ballinger, SW; Schurr, TG; Torroni, A.; Gan, YY; Hodge, JA; Hassan, K.; Chen, KH; Wallace, DC (1992). „Analiza mitochondrialnego DNA Azji Południowo-Wschodniej ujawnia genetyczną ciągłość migracji starożytnych mongoloidów” . Genetyka . 130 (1): 139–152. doi : 10.1093/genetyka/130.1.139 . PMC 1204787 . PMID 1346259 .
- Herrnstadt, C.; Elson, JL; Fahy, E.; i in. (2002). „Analiza sieci o zredukowanej medianie kompletnych sekwencji regionów kodujących mitochondrialnego DNA dla głównych haplogrup afrykańskich, azjatyckich i europejskich” . American Journal of Human Genetics . 70 (5): 1152–1171. doi : 10.1086/339933 . PMC 447592 . PMID 11938495 .
- Ingman, M.; Kaessmann, H.; Paabo, S.; Gyllensten, U. (2000). „Zmienność genomu mitochondrialnego i pochodzenie współczesnych ludzi”. Natura . 408 (6813): 708–713. Bibcode : 2000Natur.408..708I . doi : 10.1038/35047064 . PMID 11130070 . S2CID 52850476 .
- Stoneking, M.; Jorde, LB; Bhatia, K.; Wilson, AC (1990). „Geograficzna zmienność ludzkiego mitochondrialnego DNA z Papui-Nowej Gwinei” . Genetyka . 124 (3): 717–733. doi : 10.1093/genetyka/124.3.717 . PMC 1203963 . PMID 1968873 .