KIAA0895
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| KIAA0895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , 9530077C05Rik, 1110003N12Rik, Kiaa0895, mKIAA0895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KIAA0895 to białko , które u Homo sapiens jest kodowane przez gen KIAA0895 . Gen koduje białko powszechnie znane jako białko KIAA0895. Jego aliasy obejmują hipotetyczne białko LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik i 1110003N12Rik. Znajduje się pod adresem 7p14.2.
Badania nad białkami KIAA wykazały, że są one podobne do znanych genów z funkcjami związanymi z sygnalizacją/komunikacją komórkową , strukturą/ruchliwością komórek i zarządzaniem kwasami nukleinowymi.
Gen
Umiejscowienie
Gen KIAA0895 znajduje się w 7p14.2. Genomowy DNA ma długość 65 976 par zasad, podczas gdy najdłuższy wytwarzany przez niego mRNA ma długość 4463 zasad.
Można je przepisać na 15 wariantów transkryptu , które z kolei mogą wytworzyć 13 różnych izoform białka.
Sąsiedztwo genów
KIAA0895 jest otoczony przez następujące geny na chromosomie 7:
Rozmiar genu
Gen kodowany dla białka KIAA0895 ma długość 65 975 nukleotydów , od nukleotydów 36324150 do 36390125, z siedmioma egzonami .
mRNA
Istnieje dziesięć różnych izoform KIAA0895.
- NP_001093895.1
- EAW94064.1
- NP_056129.2
- NP_001186636.1
- NP_001186635.1
- XP_005249746.1
- EAW94065.1
- XP_024302470.1
- NP_001186637.1
- NP_001287885.1
Białko
Najdłuższa izoforma białka wytwarzana przez gen KIAA0895 jest określana jako izoforma 1 LOC23366 i ma długość 520 aminokwasów . Przewidywana masa cząsteczkowa wynosi 61 kDa. Dodatkowo teoretyczny punkt izoelektryczny wynosi 10.
Skład aminokwasowy
KIAA0895 to półwzbogacone białko o lizynę i argininę . KIAA0895 jest częściowo wzbogacony w dodatnio naładowane grupy lizyny i argininy oraz dodatnio i ujemnie naładowane grupy lizyny, argininy, kwasu glutaminowego i kwasu asparaginowego . Jednak KIAA0895 jest częściowo zubożony w niepolarne grupy alaniny , glicyny i proliny .
Analiza rozkładu ładunku pokazuje, że nie ma klastrów ładunków ujemnych lub mieszanych. Istnieje jednak jeden klaster ładunku dodatniego od aminokwasów od 12 do 36.
| Dziedzina nieznanej funkcji 1704 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identyfikatory | |||||||||
| Symbol | DUF1704 | ||||||||
| Pfam | PF08014 | ||||||||
| InterPro | IPR012548 | ||||||||
| |||||||||
Regiony
LOC23366 zawiera domenę białkową o nieznanej funkcji o nazwie DUF1704. Zawiera również region o niskiej złożoności od pozycji 120 do pozycji 150 w białku oraz w argininę od pozycji 12 do pozycji 51.
Promotorzy
Stosując ElDorado firmy Genomatrix, znaleziono sekwencję regionu promotora. Najbardziej prawdopodobny promotor dla KIAA0895 zaczyna się od 36389926 i dochodzi do 36391149, o długości 1224.
Modyfikacja potranslacyjna
Przewiduje się, że KIAA0895 ulegnie fosforylacji w kilku serynach , treoninach i tyrozynach w całej swojej strukturze. Fosforylacja w tych miejscach jest formą regulacji genów . Fosforylacja powoduje zmianę konformacyjną w strukturze wielu enzymów i receptorów. Powoduje to ich aktywację lub dezaktywację.
Pętle łodygi
Korzystając z bazy danych o nazwie Mfold, formacja rdzenia-pętli dla regionu 5' UTR pokazuje, że brakuje konserwacji, co oznacza, że istnieje pewien priorytet, że te rdzenie i pętle nie są wykorzystywane do regulacji translacji. Wartość ΔG wynosiła -12,90 kcal/mol z trzema pętlami. Korzystając z tej samej bazy danych, formacja pnia-pętli dla regionu 3' UTR pokazuje, że istnieje konserwacja, co oznacza, że istnieje pewien priorytet, że są one używane do regulacji translacji. Wartość ΔG wynosiła -636,80 kcal/mol.
Struktura trzeciorzędowa
KIAA0895 ma trzeciorzędową strukturę z helisami alfa i arkuszami beta .
Białka oddziałujące
Istnieją trzy białka, które prawdopodobnie wchodzą w interakcję z KIAA0895. Białka te to ELAVL1 , vata i glym. Te interakcje mają dowody eksperymentalne z dostarczonych źródeł.
Wyrażenie
KIAA0895 występuje najczęściej w jądrach , jednak wykazuje również silną ekspresję w nerkach , nadnerczach i mózgu .
Według stanu zdrowia
Używając profilu EST z NCBI, KIAA0895 wykazuje silną ekspresję w guzach szyjki macicy i raku pęcherza moczowego.
Białka oddziałujące
Korzystając z trzech różnych baz danych, znaleziono trzy różne białka oddziałujące na siebie. Należą do nich ELAVL1, VATA i GLYM. Istnieją eksperymentalne dowody na istnienie wszystkich trzech oddziałujących białek.
Homologie i ortologi
KIAA0895 zawiera ponad 228 ortologów . Ortologi znaleziono u ssaków i eukariontów . Istnieją homologi w 9 gatunkach. Pełna lista organizmów, w których znaleziono homologi, znajduje się poniżej.
Paralogi
KIAA0895 ma 7 paralogów w Homo sapiens :
- Nienazwany produkt białkowy
- Niescharakteryzowane białko podobne do KIAA0895
- hCG28832, izoforma CRA_a
- Białko hipotetyczne
- Nienazwany produkt białkowy
- hCG38687, izoforma CRA_a, częściowa
- hCG38687, izoforma CRA_b