Ron Szamir

Ron Szamir
Urodzić się	( 1953-11-29 ) 29 listopada 1953 Jerozolima , Izrael
Narodowość	izraelski
Alma Mater	Uniwersytet w Tel Awiwie Uniwersytet Hebrajski w Jerozolimie Uniwersytet Kalifornijski
Znany z	Edmond J. Safra Centrum Bioinformatyki Uniwersytet w Tel Awiwie B.Sc. program w Bioinformatics Expander
Nagrody	Nagroda Michaela Landaua w dziedzinie bioinformatyki (2011) Stypendysta ISCB (2012) Stypendysta ACM (2012)
Kariera naukowa
Pola	Bioinformatyka Projektowanie i analiza algorytmów Algorytmiczna teoria grafów
Instytucje	Szkoła Informatyki Uniwersytetu Blavatnik w Tel Awiwie
Doradca doktorski	Richarda M. Karpa Ilana Adlera
Strona internetowa	www .cs .tau .ac .il /~rshamir /

Ron Shamir ( hebrajski : רון שמיר , urodzony 29 listopada 1953) to izraelski profesor informatyki znany ze swojej pracy w teorii grafów i biologii obliczeniowej . Jest kierownikiem Katedry Bioinformatyki im. Raymonda i Beverly'ego Sacklerów oraz założycielem i szefem Centrum Bioinformatyki im. Edmonda J. Safry na Uniwersytecie w Tel Awiwie .

Biografia

Ron Shamir urodził się w Jerozolimie w Izraelu w 1953 roku jako najstarszy syn Vardy i Raphaela Shamir. Sefaradyjska rodzina jego ojca mieszka na Starym Mieście w Jerozolimie od ponad 400 lat . Rodzice jego matki byli pionierami, którzy przybyli z Rosji do Izraela podczas Trzeciej Aliji na początku lat 20. XX wieku. Ma dwie młodsze siostry, Daphnę i Gadita.

Shamir studiował w Gymnasia Rehavia w Jerozolimie przez 12 lat. W liceum działał w harcerstwie i lekkoatletyce; między innymi zdobył mistrzostwo szkół średnich w Jerozolimie w pchnięciu kulą .

Shamir rozpoczął studia licencjackie. studiował matematykę i fizykę na Uniwersytecie w Tel Awiwie (1973–1975) i ukończył studia na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie (1975–1977). Później rozpoczął mgr inż. studia w zakresie badań operacyjnych na Uniwersytecie w Tel Awiwie pod kierunkiem Uri Yechaliego, a następnie przystąpił do programu doktoranckiego na wydziale IEOR UC Berkeley , gdzie studiował w latach 1981-1984. Jego praca doktorska była prowadzona pod kierunkiem Richarda Karpa i Ilana Adlera.

Badania

Wczesne lata

Shamir rozpoczął swoją karierę naukową w badaniach operacyjnych, studiując problemy optymalizacyjne związane z programowaniem liniowym i metodą simplex . Jego praca doktorska z Adlerem i Karpem dotyczyła analizy średnich przypadków metody Simplex i wykazała, że ​​pewien wariant Simplex był kwadratowy w ramach prostego modelu danych wejściowych. Podobne wyniki podali w tym samym czasie Michael Todd oraz Adler i Nimrod Megiddo . Później pracował z Dorit S. Hochbaum nad wydajnymi algorytmami dla ustrukturyzowanych problemów optymalizacyjnych.

Teoria grafów algorytmicznych

Na początku lat 90. Shamir skupił się na algorytmicznej teorii grafów . Wraz ze swoim uczniem, Haimem Kaplanem i Martinem Golumbicem , studiował problemy z kanapkami grafów, problemy z uzupełnianiem grafów i różne problemy związane z grafami interwałowymi . Jedna z jego prac na temat problemu spełnialności interwałów została później zastosowana do badania fizycznego mapowania DNA ; oznaczało to jego wprowadzenie w dziedzinę biologii obliczeniowej .

Bioinformatyka

Shamir wykorzystał swoje doświadczenie w teorii grafów do opracowania algorytmów grupowania do analizy problemów z ekspresją genów . Jego pierwszy artykuł w tej dziedzinie, z Erezem Hartuvem, przedstawił algorytm grupowania HCS . Jego algorytm CAST, z Zoharem Yakhinim i Amirem Ben-Dorem, został opublikowany w 1999 roku i przyciągnął wiele uwagi społeczności bioinformatycznej; techniki opisane w artykule stały się popularne w analizie danych genomowych. Algorytm grupowania CLICK z Rodedem Sharanem i algorytm SAMBA z Amosem Tanayem i Rodedem Sharanem do biclusteringu są szeroko stosowane.

Shamir rozszerzył swoje badania o dodatkowe aspekty bioinformatyki, takie jak analiza sieci biologicznych , rearanżacje genomu , wyszukiwanie motywów sekwencji i regulacja transkrypcji . Wiele narzędzi opracowanych w jego laboratorium jest dostępnych w ramach pakietu EXPANDER, który zapewnia zintegrowane środowisko do analizy danych biologicznych o dużej przepustowości.

Obecne badania Shamira koncentrują się na integracyjnej analizie heterogenicznych danych biomedycznych o dużej przepustowości, rearanżacjach genomu w raku i regulacji genów.

KOLEC

SPIKE (Signaling Pathways Integrated Knowledge Engine) to baza danych wysoce wyselekcjonowanych interakcji dla określonych ścieżek ludzkich. SPIKE został opracowany przez grupę biologii obliczeniowej Shamira we współpracy z grupą Yosefa Shiloha, laureata nagrody Izraela za badania nad biologią systemową, oraz grupą Karen Avraham , czołową badaczką ludzkiej głuchoty , wszyscy z Uniwersytetu w Tel Awiwie .

Dodatkowe zajęcia

Shamir był członkiem założycielskiego komitetu sterującego spotkania RECOMB, najważniejszej konferencji teoretycznej w dziedzinie bioinformatyki, i służył w nim przez trzynaście lat. Był współzałożycielem Izraelskiego Towarzystwa Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej oraz był prezesem tego stowarzyszenia w latach 2004-2006. Jest szefem Centrum Bioinformatyki im. . Shamir poświęca również czas na edukację bioinformatyczną. Opracował obszerne notatki z wykładów, które są szeroko stosowane w dziedzinie genomiki obliczeniowej (algorytmy biologii molekularnej) oraz analizy ekspresji genów, chipów DNA i sieci genów. Założył wspólny program studiów licencjackich z nauk przyrodniczych i informatyki w zakresie bioinformatyki na Uniwersytecie w Tel Awiwie; prowadzi kursy podstawowe programu i nadzorował wiele studiów magisterskich. i doktorat studenci. Współredagował także książkę „Bioinformatyka dla biologów”. Pavel A. Pevzner .

Studenci

Shamir był mentorem ponad 80 doktorantów i doktorantów, z których wielu rozwinęło imponujące kariery w środowisku akademickim i przemyśle. Wśród jego uczniów w środowisku akademickim są Haim Kaplan , Dekel Tsur , Dalit Naor , Itsik Pe'er , Roded Sharan , Amos Tanay , Adi Akavia , Reut Shalgi , Rani Elkon , Rotem Sorek , Irit Gat-Viks , Michal Ziv-Ukelson , Igor Ulitsky , Mukul Bansal , Meirav Zehavi i Yaron Orenstein .

Nagrody i wyróżnienia

• Nagroda rodziny Kadar za wybitne badania, Uniwersytet w Tel Awiwie (2017)
• RECOMB „Test of Time Award” za pracę „Identyfikacja kompleksów białkowych” z 2004 roku (2016)
• Wybrany ISCB Fellow przez International Society for Computational Biology (2012)
• Wybrany na członka ACM przez Association for Computing Machinery (2012)
• RECOMB „Test of Time Award” za jego artykuł z 1999 r. „Clustering gen Expression Patterns” (2011)
• Narodowa Nagroda im. Michaela Landaua w dziedzinie nauk bioinformatycznych (2010)
• Katedra Raymonda i Beverly Sackler w dziedzinie bioinformatyki na Uniwersytecie w Tel Awiwie (2003)
• ISMB Best Paper Award za artykuł „Wyrównanie widma” (2000)
• Stypendium Alona z Izraelskiej Akademii Nauk i Nauk Humanistycznych (1987)

Życie osobiste

Shamir jest żoną Michała Oren-Shamira. Mają trzech synów: Alona, ​​Ittai i Yoav. Mieszkają w Rehovot w Izraelu.