Marka Debora

Marka Debora
Alma Mater	Uniwersytet w Bristolu , Uniwersytet w Manchesterze , Uniwersytet Humboldta
Nagrody	Overton Prize , Ben Barres Early Career Award
Kariera naukowa
Pola	Biologia Strukturalna , Bioinformatyka
Instytucje	Harvard Medical School
Praca dyplomowa	(2010)
Doradca doktorski	Reinharda Heinricha, Hanspetera Herzla
Strona internetowa	https://marks.hms.harvard.edu/

Debora S. Marks jest badaczką biologii obliczeniowej i profesorem nadzwyczajnym biologii systemowej w Harvard Medical School . W swoich badaniach wykorzystuje metody obliczeniowe do rozwiązywania różnych problemów biologicznych.

Kariera i badania

Po uzyskaniu tytułu licencjata z medycyny pracowała w przemyśle farmaceutycznym, wracając do badań w późnym wieku, po ukończeniu studiów matematycznych na Uniwersytecie w Manchesterze . Zainteresowała się mikroRNA na początku 2000 roku, a jej praca nad biologią mikroRNA ostatecznie stała się rozprawą doktorską, którą złożyła pod kierunkiem Reinharta Heinricha na Uniwersytecie Humboldta w Berlinie w 2010 roku. Jednym z kluczowych wkładów było jej odkrycie, że transfekcja mikroRNA do komórek wbrew intuicji zwiększa ekspresję niektórych genów, ze względu na rywalizację o maszynerię komórkową przetwarzającą małe RNA. We współpracy z Alexandrem van Oudenaardenem i Nilsem Bluthgenem wykazała, że ​​mikroRNA zmniejszają szum w ekspresji białka, gdy poziom mRNA jest niski, zmniejszając prawdopodobieństwo niepożądanej ekspresji białka w wyniku wycieku z promotora genu.

Najbardziej znana jest ze swojej pracy nad przewidywaniem struktury białek: jej metoda, która opiera się na podejściu z fizyki statystycznej, maksymalnej entropii pod ograniczeniami, wykorzystuje korelacje między sekwencjami członków rodziny białek z wielu gatunków do budowania modeli struktury białek na podstawie samej sekwencji . W niektórych przypadkach przewidywane modele są wystarczająco dokładne, aby umożliwić molekularne zastąpienie modelu danymi krystalografii rentgenowskiej , ułatwiając wymianę faz. Algorytm był szeroko stosowany przez innych badaczy do przewidywania i uzyskiwania wglądu w struktury białek, na przykład struktury receptora σ2 i tetraspaniny CD81 . Marks i jej bliski współpracownik Chris Sander wykazali, że podejście to można również wykorzystać do przewidywania struktur niekodujących RNA i kompleksów RNA-białko, do identyfikacji niewykrywalnych w inny sposób stanów strukturalnych w nieuporządkowanych białkach oraz do przewidywania funkcjonalnych skutków mutacji sekwencji.

Nagrody

W 2016 roku Marks otrzymał Nagrodę Overtona od Międzynarodowego Towarzystwa Biologii Obliczeniowej .

W 2018 roku Marks otrzymał nagrodę Ben Barres Early Career Award od Chan Zuckerberg Initiative w ramach sieci Neurodegeneration Challenge Network.

W 2022 Marks został wybrany na członka Międzynarodowego Towarzystwa Biologii Obliczeniowej .

Linki zewnętrzne

• Debora Marks indeksowane przez Google Scholar
• Oficjalna strona laboratorium D.Marks