Davida J. Lipmana

David Lipman
David Lipman w czerwcu 2013 r
Urodzić się	Davida J. Lipmana
Alma Mater	Browna w Buffalo, Uniwersytet Stanowy Nowego Jorku
Znany z	Wpływ na rozwój BLAST (biotechnologia)
Nagrody	ISCB Senior Scientist Award Członek Amerykańskiej Narodowej Akademii Nauk ISCB Fellow
Kariera naukowa
Pola	Bioinformatyka Biologia obliczeniowa Metody porównywania sekwencji Genomika porównawcza Ewolucja molekularna
Instytucje	Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej Uniwersytet Browna w Buffalo, Uniwersytet Stanowy Nowego Jorku
Znani studenci	Stephen Altschul Mark Boguski
Strona internetowa	www.ncbi.nlm.nih.gov/research/staff/lipman _ _ _ _ _ _ _

David J. Lipman to amerykański biolog , który w latach 1989-2017 był dyrektorem Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI) w Narodowych Instytutach Zdrowia . NCBI jest siedzibą GenBanku , amerykańskiego węzła konsorcjum International Sequence Database Consortium , oraz PubMed , jednej z najczęściej używanych witryn na świecie do wyszukiwania i wyszukiwania informacji biomedycznych. Lipman jest jednym z oryginalnych autorów programu BLAST i szanowaną postacią w dziedzinie bioinformatyki . W 2017 roku opuścił NCBI i został dyrektorem ds. nauki w Impossible Foods .

Edukacja

Lipman uzyskał licencjat z Brown University i jego MD w 1980 roku z University at Buffalo, The State University of New York

Kariera

Lipman był dyrektorem-założycielem Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej , będącego częścią Narodowej Biblioteki Medycznej w Narodowym Instytucie Zdrowia Stanów Zjednoczonych. Pod jego kierownictwem NCBI rozrosło się z kilkunastu osób do ponad 500 pracowników naukowych i obecnie obsługuje setki naukowych i medycznych baz danych, w tym GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq , PubChem i wiele innych. Wewnętrzny program badawczy w NCBI obejmował grupy kierowane przez Stephena Altschula (innego współautora BLAST), Davida Landsmana, Eugene'a Koonina (płodnego autora genomiki porównawczej ) i L. Aravinda.

Lipman jest bardzo dobrze znany ze swojej przełomowej pracy nad serią algorytmów podobieństwa sekwencji, począwszy od algorytmu Wilbura-Lipmana w 1983 r., wyszukiwania FASTA w 1985 r., BLAST w 1990 r. oraz Gapped BLAST i PSI-BLAST w 1997 r. BLAST ostatecznie stał się najczęściej używany i najczęściej cytowany (ponad 160 000 cytowań od 2021 r.) program dopasowywania sekwencji w tej dziedzinie, a serwer NCBI BLAST jest obecnie jednym z jego najczęściej używanych zasobów.

Lipman pracował również przez wiele lat z Dennisem A. Bensonem i innymi osobami z NCBI nad utrzymaniem i ulepszaniem GenBank , jednej z największych na świecie baz danych danych dotyczących genomu i sekwencji białek. GenBank wraz z European Nucleotide Archive i DNA Data Bank of Japan tworzą International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC), w pełni otwartą, nieograniczoną bazę danych sekwencji genomów, która jest światowym repozytorium takich danych od 1990 roku.

Był jednym z pomysłodawców Influenza Genome Sequencing Project , projektu polegającego na sekwencjonowaniu i udostępnianiu genomów tysięcy izolatów wirusa grypy.

Był jednym z pierwszych sygnatariuszy Oświadczenia Bethesdy w sprawie publikowania w otwartym dostępie .

Jest także redaktorem naczelnym ogólnodostępnego , recenzowanego internetowego czasopisma naukowego o nazwie Biology Direct .

W maju 2017 r. Lipman porzucił swoją rolę w NCBI, aby dołączyć do firmy produkującej mięso roślinne Impossible Foods jako dyrektor naukowy.

Nagrody i wyróżnienia

Lipman otrzymał nagrodę Association of Biomolecular Resource Facilities Award za wybitny wkład w technologie biomolekularne w 1996 roku.

W 2000 roku został wybrany do Narodowej Akademii Medycznej .

W 2004 roku otrzymał nagrodę ISCB Senior Scientist Award , aw 2009 roku został wybrany członkiem ISCB Fellow przez International Society for Computational Biology .

W 2005 roku dr Lipman został wybrany do Narodowej Akademii Nauk Stanów Zjednoczonych .

W 2013 roku otrzymał nagrodę Białego Domu „Otwarta nauka” Champion of Change.