Glikozylaza DNA tyminy

TDG
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie Human UniProt: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, glikozylaza DNA tyminy h, glikozylaza DNA tyminy
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcja molekularna Komponent komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Tyminowa glikozylaza DNA specyficzna dla niedopasowania G / T jest enzymem , który u ludzi jest kodowany przez gen TDG . Kilka białek bakteryjnych ma silną homologię sekwencji z tym białkiem.

Funkcjonować

Białko kodowane przez ten gen należy do rodziny glikozylaz DNA TDG/mug . Glikozylaza tymina-DNA (TDG) usuwa ugrupowania tyminy z niedopasowań G/T poprzez hydrolizę wiązania węgiel-azot między szkieletem cukrowo-fosforanowym DNA a źle sparowaną tyminą. Przy mniejszej aktywności enzym ten usuwa również tyminę z błędnych par C/T i T/T. TDG może również usuwać uracyl i 5-bromouracyl z nieprawidłowych par z guaniną. Modele myszy z nokautem TDG nie wykazały wzrostu częstości błędnego parowania, co sugeruje, że inne enzymy, takie jak funkcjonalny homolog MBD4, mogą zapewniać funkcjonalną redundancję. Ten gen może mieć pseudogen w ramieniu p chromosomu 12.

Ponadto w 2011 r. Doniesiono, że ludzka glikozylaza DNA tyminy (hTDG) skutecznie wycina 5-formylocytozynę (5fC) i 5-karboksylocytozynę (5caC), kluczowe produkty utleniania 5-metylocytozyny w genomowym DNA. Później opublikowano strukturę krystaliczną domeny katalitycznej hTDG w kompleksie z dupleksowym DNA zawierającym 5caC, co potwierdza rolę TDG w demetylacji 5-metylocytozyny u ssaków.

Interakcje

Wykazano, że glikozylaza DNA tyminy wchodzi w interakcje z:

• białko wiążące CREB ,
• receptor estrogenowy alfa ,
• białko białaczki promielocytowej ,
• SUMO3 i
• Mały modyfikator związany z ubikwityną 1 .

Interaktywna mapa szlaków

Kliknij geny, białka i metabolity poniżej, aby przejść do odpowiednich artykułów.

[[Plik:

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

[[ ]]

|alt=Fluorouracyl (5-FU) Aktywność edytuj ]]

Fluorouracyl (5-FU) Edycja aktywności

Dalsza lektura

•   Lindahla T. (1982). „Enzymy naprawy DNA” . rok Wielebny Biochem . 51 : 61–87. doi : 10.1146/annurev.bi.51.070182.000425 . PMID 6287922 .
•    Hardeland U, Bentele M, Lettieri T i in. (2001). „Glikozylaza DNA tyminy”. Naprawa wycięcia podstawy . Wałówka. Odp. kwasu nukleinowego Mol. Biol . Postęp w badaniach kwasów nukleinowych i biologii molekularnej. Tom. 68. s. 235–53. doi : 10.1016/S0079-6603(01)68103-0 . ISBN 978-0-12-540068-8 . PMID 11554300 .
•    Chevray PM, Nathans D (1992). „Klonowanie interakcji białek w drożdżach: identyfikacja białek ssaków, które reagują z zamkiem leucynowym Juna” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 89 (13): 5789–93. Bibcode : 1992PNAS...89.5789C . doi : 10.1073/pnas.89.13.5789 . PMC 402103 . PMID 1631061 .
•    Neddermann P, Jiricny J (1994). „Skuteczne usuwanie uracylu z błędnych par GU przez glikozylazę DNA tyminy specyficzną dla niedopasowania z komórek HeLa” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 91 (5): 1642-6. doi : 10.1073/pnas.91.5.1642 . PMC43219 . _ PMID 8127859 .
•   Neddermann P, Jiricny J (1993). „Oczyszczanie glikozylazy DNA tyminy specyficznej dla niedopasowania z komórek HeLa” . J. Biol. chemia . 268 (28): 21218–24. doi : 10.1016/S0021-9258(19)36913-3 . PMID 8407958 .
•    Barrett TE, Savva R, Panayotou G i in. (1998). „Struktura krystaliczna glikozylazy DNA specyficznej dla niedopasowania G: T / U: rozpoznawanie niedopasowania przez interakcje nici komplementarnych” . komórka . 92 (1): 117–29. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80904-6 . PMID 9489705 . S2CID 9136303 .
•   Missero C, Pirro MT, Simeone S i in. (2001). „Glikozylaza DNA tyminy T: G specyficzna dla niedopasowania, glikozylaza DNA hamuje transkrypcję aktywowaną przez czynnik transkrypcyjny tarczycy-1” . J. Biol. chemia . 276 (36): 33569–75. doi : 10.1074/jbc.M104963200 . PMID 11438542 .
•   Tini M, Benecke A, Um SJ i in. (2002). „Związek acetylazy CBP / p300 i glikozylazy tyminy DNA łączy naprawę i transkrypcję DNA” . Mol. komórka . 9 (2): 265–77. doi : 10.1016/S1097-2765(02)00453-7 . PMID 11864601 .
•    Hardeland U, Steinacher R, Jiricny J, Schär P (2002). „Modyfikacja ludzkiej glikozylazy DNA tyminy przez białka podobne do ubikwityny ułatwia obrót enzymatyczny” . EMBO J. 21 (6): 1456–64. doi : 10.1093/emboj/21.6.1456 . PMC 125358 . PMID 11889051 .
•    Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA człowieka i myszy” . proc. Natl. Acad. nauka USA . 99 (26): 16899–903. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
•   Abu M, Waters TR (2003). „Główną rolą ludzkiej glikozylazy tyminy-DNA jest usuwanie tyminy wytwarzanej przez deaminację 5-metylocytozyny, a nie usuwanie etenocytozyny” . J. Biol. chemia . 278 (10): 8739–44. doi : 10.1074/jbc.M211084200 . PMID 12493755 .
•    Shimizu Y, Iwai S, Hanaoka F, Sugasawa K (2003). „Białko Xeroderma pigmentosum grupy C oddziałuje fizycznie i funkcjonalnie z glikozylazą tyminy DNA” . EMBO J. 22 (1): 164–73. doi : 10.1093/emboj/cdg016 . PMC 140069 . PMID 12505994 .
•   Chen D, Lucey MJ, Phoenix F i in. (2003). „Glikozylaza DNA tyminy specyficzna dla niedopasowania T: G nasila transkrypcję genów regulowanych estrogenem poprzez bezpośrednią interakcję z receptorem alfa estrogenu” . J. Biol. chemia . 278 (40): 38586–92. doi : 10.1074/jbc.M304286200 . PMID 12874288 .
•   Lehner B, Semple JI, Brown SE i in. (2004). „Analiza dwuhybrydowego systemu drożdży o dużej przepustowości i jego zastosowanie do przewidywania funkcji białek wewnątrzkomórkowych kodowanych w ludzkim regionie MHC klasy III”. Genomika . 83 (1): 153–67. doi : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . PMID 14667819 .
•    Brandenberger R, Wei H, Zhang S i in. (2005). „Charakterystyka transkryptomu wyjaśnia sieci sygnalizacyjne, które kontrolują wzrost i różnicowanie ludzkich komórek ES”. Nat. Biotechnologia . 22 (6): 707–16. doi : 10.1038/nbt971 . PMID 15146197 . S2CID 27764390 .
•    Krześniak M, Butkiewicz D, Samojedny A, et al. (2005). „Polimorfizmy w genach TDG i MGMT – badanie epidemiologiczne i funkcjonalne u chorych na raka płuca z Polski”. Ann. Szum. Genet . 68 (cz. 4): 300–12. doi : 10.1046/j.1529-8817.2004.00079.x . PMID 15225156 . S2CID 35293833 .
•    He YF, Li BZ, Li Z, Liu P, Wang Y, Tang Q, Ding J, Jia Y, Chen Z, Li L, Sun Y, Li X, Dai Q, Song CX, Zhang K, He C, Xu GL (wrzesień 2011). „Tworzenie 5-karboksycytozyny za pośrednictwem Tet i jej wycinanie przez TDG w DNA ssaków” . nauka . 333 (6047): 1303–7. Bibcode : 2011Sci...333.1303H . doi : 10.1126/science.1210944 . PMC 3462231 . PMID 21817016 .
•    Zhang L, Lu X, Lu J, Liang H, Dai Q, Xu GL, Luo C, Jiang H, He C (luty 2012). „Glikozylaza DNA tyminy specyficznie rozpoznaje DNA zmodyfikowane 5-karboksycytozyną” . Przyroda Biologia chemiczna . 8 (4): 328–30. doi : 10.1038/nchembio.914 . PMC 3307914 . PMID 22327402 .
•    Xu J, Cortellino S, Tricarico R, Chang WC, Scher G, Devarajan K, Slifker M, Moore R, Bassi MR, Caretti E, Clapper M, Cooper H, Bellacosa A (wrzesień 2017). „Glikozylaza DNA tyminy (TDG) bierze udział w patogenezie nowotworów jelit z obniżoną ekspresją APC” . Oncotarget . 8 (52): 89988–89997. doi : 10.18632/oncotarget.21219 . PMC 5685726 . PMID 29163805 .