HLA-B46
|
główny kompleks zgodności tkankowej (ludzki), klasa I, B46
|
||
| Allele | B*4601 |
|
| Struktura (Patrz HLA-B ) | ||
| Symbolika) | HLA-B | |
| EBI-HLA | B*4601 | |
| Umiejscowienie | rozdz.6 6p21.31 | |
HLA-B46 (B46) jest serotypem HLA - B . Serotyp identyfikuje produkty genowe allelu HLA-B*4601. B*4601 powstał w wyniku rzadkiej, interlocusowej konwersji genu między B62 , prawdopodobnie B*1501, a allelem HLA-C . B*4601 jest najczęstszym allelem HLA-B, który nie pochodzi z Afryki, a szacuje się, że 400 milionów ludzi w Azji Wschodniej jest nosicielami allelu B46. Po znalezieniu B*4601 segreguje tylko z 2 HLA-Cw , ograniczoną liczbą HLA-A i HLA-DRB1 allele sugerujące, że allel niedawno rozszerzył się z grupy o ograniczonej wielkości w Azji Południowo-Wschodniej. Niezwykle niskie częstotliwości poza Azją Wschodnią są wskaźnikami niedawnej ekspansji B46 z niedawno małej populacji. Rozkład częstotliwości sugeruje, że przodkowa populacja B46 znajdowała się w południowo-wschodnich Chinach lub potencjalnie w Birmie (Myanmar lub Laos, nietestowane). B46 w Azji koreluje z uprawą mokrego ryżu . Wyjątki są godne uwagi, został znaleziony w Nivkhi na północno-wschodniej wyspie Sakalin, Ainu i spokrewnionej (genetycznie) populacji Tlinglet z Nivkhi na Alasce na śladowych poziomach.
Serotyp
| B*46 | B46 | Inny | Próbka |
| allel | % | % | rozmiar (N) |
| 4601 | 59 | 29 | 1487 |
Serotypowanie B*4601 jest słabe i zaleca się stosowanie SSP- PCR . B*46:01 jest jednym z czterech alleli B, który nie reaguje ani z Bw4, ani z Bw6. Pozostałe to B*18:06 , B*55:03 i B*73:01 .
Częstotliwości alleli B*4601
| częstotliwość | ||
| ref. | Populacja | (%) |
| Buyei ( Chiny ) | 21.6 | |
| Miao (Chiny) | 18.4 | |
| Han (2) ( Yunnan , Chiny ) | 17,9 | |
| tajski (w Singapurze) | 17.2 | |
| Południowy chiński (na Tajwanie) | 17.2 | |
| Chiński (w Hong Kongu ) | 16.3 | |
| Hakka (2) (Tajwan) | 15.6 | |
| Kanton (Chiny) | 15,5 | |
| Północno-wschodnia Tajlandia | 15.1 | |
| Minnan (średnia 1 i 2) (Tajwan) | 15.0 | |
| Środkowy „chiński (na Tajwanie) | 15.0 | |
| Hakka (Tajwan) | 13.6 | |
| Wuhan ( Chiny ) | 13,5 | |
| Maonan ( Kuangsi , Chiny) | 13.4 | |
| chiński (w Singapurze) | 13.4 | |
| wietnamski | 13.2 | |
| Południowy Han (Chiny) | 11,5 | |
| Szanghai Chiny) | 11.2 | |
| Meizhou Han (Guangdong, Chiny) | 10.0 | |
| Shijiazhuang Tianjian Han (Pekin) | 9.6 | |
| Kanton Han (Chiny) | 9.4 | |
| Tajlandia | 9.2 | |
| Nu ( Junnan , Chiny) | 9.0 | |
| Północny chiński (na Tajwanie) | 8.6 | |
| Pazeh (Tajwan) | 8.2 | |
| Aichi ( Japonia ) | 7.6 | |
| Lisu (Yunnan, Chiny) | 7.2 | |
| Pekin, Chiny) | 6.8 | |
| Naxi (Yunnan, Chiny) | 6.1 | |
| Hui ( Qinghai , Chiny) | 5.9 | |
| Północny Han (Chiny) | 5.7 | |
| Japonia (3) | 5.0 | |
| Hyogo (Japonia) | 4.7 | |
| Korea Południowa (3) | 4.4 | |
| Mężczyzna (miasto Harbin, Chiny) | 4.1 | |
| Siraya (Tajwan) | 3.9 | |
| Środkowa Japonia | 3.6 | |
| Hrabstwo Linqu ( Shandong , Chiny) | 3.3 | |
| Timorczycy | 2.6 | |
| Mongolia Wewnętrzna (Chiny) | 2.0 | |
| jawajski (w Singapurze) | 2.0 | |
| Oold (Mongolia) | 1.9 | |
| Nivkhi (Sachalin I, Rosja) oszczerstwo | 1.9 | |
| Thao (Tajwan) | 1.7 | |
| Riau malajski (w Singapurze) | 1.5 | |
| Tuwa (2) (Rosja) | 1.4 | |
| tybetański (Chiny) | 1.3 | |
| Chałch ( Ułan Bator , Mongolia ) | 1.2 | |
| Ainu ( Hokkaidō , Japonia) | 1.0 | |
| Okinawa (na Hawajach, USA) | 1.0 | |
| Rdzenni mieszkańcy (Tajwan) | 0,9 | |
| Chalkha (Mongolia) | 0,5 | |
| Brahui (Pakistan) | 0,5 |
A2-Cw11(1)-B46
Ten haplotyp jest wyjątkowy pod kilkoma względami, po pierwsze i co najważniejsze, serotyp B46 nie pochodzi z Afryki, co odróżnia go od każdego innego znanego serotypu B. Jest wynikiem zdarzenia rekombinacji między B62(B*1501) a allelem HLA-C w Azji. To zdarzenie miało miejsce niedawno, ponieważ istnieje tylko jeden główny allel, a mniejsze allele mają częstotliwości śladowe. Nastąpiła pewna rekombinacja między tym haplotypem, allelami niosącymi A24 i A11, prawdopodobnie w populacji lokalnej (lub plemiennej). B46 występuje wszędzie tam, gdzie podróżowały azjatyckie ludy uprawiające mokry ryż, i występuje z niską częstotliwością w rdzennych grupach nierolniczych. Jedynym wyjątkiem jest Ninhvet z Syberii i wschodni Tlinglet z Alaski. Ten wkład B46 wydaje się być niedawny. Ze względu na liczbę osób reprezentowanych przez grupy próbne i stosunkowo wysoką częstość w tych grupach A2-B46 jest jednym z najczęstszych, jeśli nie najczęstszym haplotypem AB na świecie, mimo że nie występuje w populacjach rdzennych większości narodów świata.
| częstotliwość | Pozycja w | |||
| ref. | Populacja | (%) | Muzyka pop. | |
| Kupuj | 16.6 | 1 | 1 | |
| Miao | 13.6 | 1 | ||
|
Singapur (chiński) |
11.4 | 2 | ||
| Chaoshan | 10.1 | 1 | ||
| Południowy Han | 7.8 | 2 | ||
| Wietnam | 7.8 | 1 | ||
| tajski | 7.2 | 1 | ||
| tajski chiński | 4.0 | |||
| język japoński | 3.3 | 4 | ||
| Li | 3.0 | |||
| Korea | 2.8 | |||
| Uygar | 2.7 | |||
| mandżurski | 2.6 | |||
| Wewnętrzny Mong. | 1.9 | |||
| Północny Han | 1.8 | |||
| 1 najwyższa częstotliwość AB hap w Azji. | ||||
Ten haplotyp jest wyjątkowy pod kilkoma względami, po pierwsze i co najważniejsze, serotyp B46 nie pochodzi z Afryki, co odróżnia go od każdego innego głównego serotypu B z wyjątkiem B*48 . Jest wynikiem zdarzenia rekombinacji między B62 ( B*1501 ) a HLA-C allel w Azji. To zdarzenie miało miejsce niedawno, ponieważ istnieje tylko jeden główny allel, a mniejsze allele mają częstotliwości śladowe. Nastąpiła pewna rekombinacja między tym haplotypem, allelami niosącymi A24 i A11, prawdopodobnie w populacji lokalnej (lub plemiennej). B46 występuje wszędzie tam, gdzie podróżowały azjatyckie ludy uprawiające mokry ryż, i występuje z niską częstotliwością w rdzennych grupach nierolniczych. Jedynym wyjątkiem jest Ninhvet z Syberii i wschodni Tlinglet z Alaski. Ten wkład B46 wydaje się być niedawny. Ze względu na liczbę osób reprezentowanych przez grupy próbne i stosunkowo wysoką częstość w tych grupach A2-B46 jest jednym z najczęstszych, jeśli nie najczęstszym haplotypem AB na świecie, mimo że nie występuje w populacjach rdzennych większości narodów świata.
Najczęstszym haplotypem i prawdopodobnie haplotypem przodków, biorąc pod uwagę jego rozmieszczenie od Ninhivet do Indonezji, jest:
*0207 : C * 0102 : B *4601 : DRB1 *0901 : DQA1 *0302 : DQB1 *0303
Innym haplotypem, który jest bardziej powszechny w Korei i Japonii, jest
A *0207 : C *0102 : B *4601 : DRB1 *0803 : DQA1 *0103 : DQB1 *0601
B46 lub blisko spokrewniony allel mógł podlegać pozytywnej selekcji u hodowców ryżu w Azji.