Serwer LabKey

Serwer LabKey
Deweloperzy LabKey
Wersja stabilna
21.3 / marzec 2021 ; 2 lata temu ( 2021-03 )
Napisane w Jawa
System operacyjny Międzyplatformowe
Licencja Licencja Apache 2.0
Strona internetowa www.labkey.com _ _

LabKey Server to pakiet oprogramowania dostępny dla naukowców do integrowania , analizowania i udostępniania danych z badań biomedycznych. Platforma zapewnia bezpieczne repozytorium danych , które umożliwia internetowe zapytania, raportowanie i współpracę w wielu różnych źródłach danych. Konkretne aplikacje naukowe i przepływy pracy można dodać do podstawowej platformy i wykorzystać potok przetwarzania danych .

Licencja

LabKey licencjonuje LabKey Server i jego dokumentację za darmo w ramach licencji Apache .

Języki i rozszerzalność

Platforma bazowa jest napisana w Javie . Można go rozszerzyć poprzez dodanie modułów opartych na Javie lub prostych, opartych na plikach modułów napisanych w HTML , XML i JavaScript . Platformę można również rozszerzyć za pomocą Java , JavaScript , R , Python , Perl i SAS oprogramowania LabKey Server .

Historia

LabKey Server, pierwotnie znany jako Computational Proteomics Analysis System (CPAS), został opracowany w Fred Hutchinson Cancer Research Center do zarządzania dużymi ilościami danych generowanych w Fred Hutch Computational Proteomics Lab. W 2005 roku mały zespół wyodrębnił się z Hutch i zaczął działać niezależnie jako oprogramowanie LabKey po tym, jak współpracownicy zdali sobie sprawę, że oprogramowanie może być korzystne dla szerszej społeczności naukowej.

Podstawowe komponenty

LabKey Server zapewnia bezpieczne repozytorium danych dla wszystkich typów danych biomedycznych, w tym spektrometrii mas , cytometrii przepływowej , mikromacierzy , mikropłytek , ELISpot , ELISA , NAb i informacji z badań obserwacyjnych . Konfigurowalny potok przetwarzania danych umożliwia przesyłanie i przetwarzanie dużych plików danych typowych w badaniach biomedycznych.

Platforma zapewnia również specyficzne dla domeny wsparcie dla kilku obszarów badań, w tym:

  • Badania obserwacyjne. Wspiera zarządzanie podłużnymi , zakrojonymi na szeroką skalę badaniami uczestników, podmiotów lub zwierząt w czasie. Umożliwia integrację danych klinicznych z wynikami testów.
  • Proteomika. Umożliwia przetwarzanie wysokowydajnych danych spektrometrii mas przy użyciu narzędzi takich jak X! Wyszukiwarka tandemowa , Trans-Proteomic Pipeline , Mascot i Sequest . Certyfikowany jako „Silver-Level Compliant Data Service” ze caBIG .
  • Cytometrii przepływowej. Obsługuje zautomatyzowaną kontrolę jakości, scentralizowane zarządzanie danymi i udostępnianie danych w sieci. Integruje się z FlowJo .

Otwarty portal badawczy Zika

W 2016 roku LabKey i profesor Dave O'Connor z University of Wisconsin-Madison uruchomili Zika Open Research Portal [1] przy użyciu LabKey Server. Portal zapewnia bezpośredni dostęp do danych eksperymentalnych tworzonych przez członków Zika Experimental Science Team (ZEST). Portal zyskał uwagę społeczności naukowej jako pierwsza tego rodzaju platforma do udostępniania danych badawczych w czasie rzeczywistym.

Oprogramowanie open source

Labkey jest licencjonowany na różne sposoby. Kod źródłowy jest dostarczany dla podstawowego zestawu funkcji w wersji Community Edition, dostępne są również edycje Premium.

Użytkownicy

Użytkownicy obejmują zarówno pojedyncze laboratoria, jak i duże konsorcja badawcze. W 2017 roku użytkownikami programu byli:

Publikacje

  •    Nelson, Elżbieta K.; Piehler, Britt; Eckels, Josh; Rauch, Adam; Bellew, Mateusz; Hussey, Peter; Ramsay, Sara; Nathe, Cory; Lum, Karol; Krouse, Kevin; Stearns, Dawid; Connolly, Brian; Umiejętny, Tom; Igra, Marek (2011). „LabKey Server: platforma open source do integracji danych naukowych, analizy i współpracy” . BMC Bioinformatyka . 12 : 71. doi : 10.1186/1471-2105-12-71 . PMC 3062597 . PMID 21385461 .
  •   Rauch, Adam; Bellew, Mateusz; Inż. Jimmy; Fitzgibbon, Mateusz; Holzman, Ted; Hussey, Peter; Igra, Marek; MacLean, Brendan; i in. (2006). „System analizy proteomiki obliczeniowej (CPAS): rozszerzalny system analityczny typu open source do oceny i publikowania danych proteomicznych oraz eksperymentów biologicznych o dużej przepustowości” . Dziennik badań proteomu . 5 (1): 112–21. doi : 10.1021/pr0503533 . PMID 16396501 .
  •    Szulman, Mikołaj; Bellew, Mateusz; Snelling, George; Carter, Donald; Huang, Yunda; Li, Hongli; Ja, Steven G.; McElrath, M. Juliana; De Rosa, Stephen C. (2008). „Opracowanie zautomatyzowanego systemu analizy danych z cytometrii przepływowej wewnątrzkomórkowych testów barwienia cytokin z klinicznych prób szczepionek” . Cytometria Część A. 73A (9): 847–56. doi : 10.1002/cyto.a.20600 . PMC 2591089 . PMID 18615598 .
  • „Najlepsze z obu światów: integracja aplikacji internetowej Java z SAS przy użyciu sterownika SAS / SHARE dla JDBC” (PDF) .

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=LabKey_Server&oldid=1104333478 ”