Sortuj A
| Sortuj | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identyfikatory A | |||||||||
| nr WE | 3.4.22.70 | ||||||||
| Bazy danych | |||||||||
| IntEnz | Widok IntEnz | ||||||||
| BRENDA | Wpis BRENDY | ||||||||
| ExPASy | Widok NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Wpis KEGG | ||||||||
| MetaCyc | szlak metaboliczny | ||||||||
| PRYM | profil | ||||||||
| Struktury PDB | RCSB PDB PDBe PDB suma | ||||||||
| |||||||||
Sortaza A ( EC 3.4.22.70 , SrtA , białko SrtA , sortaza SrtA ) jest enzymem . Enzym ten katalizuje ściany komórkowej , w której białko powierzchniowe z sygnałem sortującym zawierającym motyw LPXTG jest rozszczepiane pomiędzy resztami Thr i Gly.
Enzym ten należy do rodziny peptydaz C60.
Struktura
Sortaza A ma ośmioniciowy fałd beczki β z hydrofobową szczeliną utworzoną przez nici β7-β8. Ta szczelina jest otoczona pętlami β3-β4, β2-β3, β6-β7 i β7-β8. Katalityczna reszta cysteiny znajduje się w tej szczelinie i akceptuje późniejsze wiązanie czynnika nukleofilowego. Pętla β3-β4 zawiera miejsce wiązania wapnia, które wiąże wapń poprzez koordynację z resztą w pętli β6-β7. Takie wiązanie spowalnia ruch pętli β6-β7, umożliwiając związanie substratu Sortazy i ośmiokrotne zwiększenie jego aktywności.
Zastosowanie w inżynierii białek
Sortaza A była szeroko stosowana jako narzędzie in vitro do potranslacyjnej modyfikacji białek na końcach N i C z dołączonym znacznikiem. Znaczniki te obejmują biotynę, fluorofory, środki sieciujące i sondy wielofunkcyjne.
W obu przypadkach jedna cząsteczka jest zaprojektowana tak, aby zawierała motyw LPXTG na jednym końcu, a inna cząsteczka jest zaprojektowana tak, aby zawierała motyw (Gly)n na drugim końcu. Po rozszczepieniu motywu LPXTG, Sortaza tworzy tioestrowy związek pośredni ze zmodyfikowaną cząsteczką. Ten związek pośredni jest następnie rozdzielany przez atak nukleofilowy przez cząsteczkę zawierającą (Gly)n w celu utworzenia fuzji między dwiema cząsteczkami z interweniującym motywem LPXT(Gly)n.
Aby uzyskać N-końcowe znakowanie białka, motyw LPXTG jest projektowany tak, aby znajdował się na C-końcu znacznika. Białko jest zaprojektowane tak, aby miało N-końcowy (Gly)n. Aby osiągnąć C-końcowe znakowanie tego samego białka, motyw LPXTG jest zaprojektowany tak, aby znajdował się na C-końcu białka. Cząsteczka (Gly)n jest zaprojektowana tak, aby zawierała znacznik na swoim C-końcu.
Wreszcie, zarówno N, jak i C-końce białek mogą być znakowane przy użyciu sortaz o różnej specyficzności substratowej. Na przykład Sortaza A ze Streptococcus pyogenes rozpoznaje i rozszczepia motyw LPXTA oraz akceptuje nukleofile oparte na Ala. Ten SrtA również rozpoznaje i rozszczepia motyw LPXTG ze zmniejszoną wydajnością. Jednak Staf. A. Sortaza A nie rozpoznaje substratów LPXTA i dlatego jest ortogonalna do sekwencji LPXTA.
Ponadto Sortaza A została również wykorzystana do fragmentarycznego tworzenia białek, domen białkowych i peptydów.
Linki zewnętrzne
- Sortase+A w US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
