Wirus mikrobakterii MuffinTheCat

Tectiviridae virion.jpg
Wirus mikrobakterii MuffinTheCat
Diagram wewnętrzny i zewnętrzny wirusa Bacillus Bam35 w
klasyfikacji naukowej rodziny Tectviridae
(nierankingowe): Wirus
królestwo : Varidnaviria
Królestwo: Bamfordvirae
Gromada: Preplasmiviricota
Klasa: Tectiliviricetes
Zamówienie: Kalamavirales
Rodzina: Tectiviridae
Gatunek:
M. przeciwko MuffinTheCat
Nazwa dwumianowa
Wirus mikrobakterii MuffinTheCat
Darcy Reimer - 2019
Synonimy

- Wirus Microbacterium Jeffery (były)

- Fag Microbacterium MuffinTheCat (synonim)

Microbacterium virus MuffinTheCat to gatunek bakteriofaga z rodziny Tectiviridae . Został zebrany i zidentyfikowany przez Darcy'ego Reimera 1 października 2019 r. Jest częścią nici wirusowej Microbacterium testaceum NRRL B-24232 i klastra wirusowego GE. Naturalnymi żywicielami są mikrobakterie z gatunku Microbacterium testaceum . Wirus mikrobakterii MuffinTheCat jest morfologicznie prawie nie do odróżnienia od swojego rodzeństwa z rodziny Tectiviridae rodziny , ale wraz z jego rodzeństwem w klastrze GE różnią się na tyle od innych członków Tectiviridae , że klaster GE może wkrótce zostać zidentyfikowany jako nowy rodzaj . Wirus Microbacterium MuffinTheCat jest identyfikowany spośród innych członków klastra GE na podstawie w genomie .

Morfologia

Morfologia specyficzna dla rodziny

Wirus Microbacterium MuffinTheCat wykazuje podobieństwo morfologiczne do innych Tectiviridae . Są bezotoczkowe , dwudziestościenne i mają symetrię T=25 (jak ułożone są białka na ich powierzchni, patrz). Mają rozmiar wirionu około 66 nm i kolce wierzchołkowe około 20 nm. Tectiviridae mają genom o wielkości około 15 kb.

Specyficzna identyfikacja genomu

Wirus Microbacterium MuffinTheCat ma jednak rozmiar genomu dokładnie 15494 pz (15,494 kb) kodujący 32 geny i 30 ORF . Ten genom dsDNA jest flankowany przez odwrócone powtórzenia, a replikacja DNA jest aktywowana białkiem. Zawartość GC genomu wirusa Microbacterium MuffinTheCat wynosi 55,1%. Zawartość GC odnosi się do tego, jak silne jest DNA jednostki , ponieważ wyższa zawartość GC oznacza więcej wiązań wodorowych i strukturalnie silniejszy genom . Dla porównania, większość jego gatunków rodzeństwa , takich jak wirus Microbacterium Badulia, ma podobne rozmiary genomu , ale nieco wyższą zawartość GC , przy czym wirus Microbacterium Badulia ma 54,6% zawartości GC , a wirus Microbacterium Franklin22 (klaster EB) ma 66,1%.

Sekwencjonowanie

Sekwencjonowanie genomu wirusa Microbacterium MuffinTheCat zostało przeprowadzone przez Pittsburgh Bacteriophage Institute 12 grudnia 2019 r. Dokonano tego przy użyciu metody sekwencjonowania shotgun firmy Illumina . Z całkowitym pokryciem shotgun (ilość materiału do sekwencjonowania) wynoszącym 824. To właśnie podczas tych badań odkryto informacje, takie jak rozmiar genomu i zawartość GC .

Odkrycie i siedlisko

Odkrycie

Nyack College w Nowym Jorku

Wirus mikrobakterii MuffinTheCat został odkryty przez Darcy'ego Reimera w 2019 roku w Nyack w stanie Nowy Jork w Stanach Zjednoczonych na podstawie wzbogaconej próbki gleby z wilgotnego obszaru w większości wyschniętego koryta rzeki. Został odkryty w ramach Science Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science Program w Nyack College .

Siedlisko

Jego gatunek gospodarza Microbacterium testaceum (szczep, NRRL B-24232) infekuje rośliny, takie jak ziemniaki lub ryż, ta międzygatunkowa zależność jest stosunkowo komensalna . Dlatego przypuszcza się, że wirus Microbacterium MuffinTheCat infekuje nici lub nawet izolowane reprodukcyjnie podgatunki Microbacterium testaceum, które są siedliskiem roślin słodkowodnych lub głęboko zakorzenionych roślin nadrzecznych. Jest to jednak stosunkowo spekulatywne, ponieważ pobrano tylko jedną znaną próbkę tego gatunku bakteriofaga .

Nazewnictwo

Wirus Microbacterium MuffinTheCat został pierwotnie nazwany Microbacterium virus Jeffery (poprzednia nazwa), nieznany członek projektu odkrywczego stwierdza: „Jeffrey to dobre imię dla faga , wybierane losowo”. Jednak nazwa ta została zmieniona, prawdopodobnie na bardziej znacząca. Jest to oczywiste z klasyfikacji naukowych, takich jak Streptomyces phage Forthebois, która była nazwą wyłaniającą się z tego samego projektu identyfikacji. Że studenci college'u, którzy byli częścią tego programu, w naturalny sposób nazwali odkryty gatunek. Kot Muffin jest prawdopodobnie kotem identyfikującym Darcy'ego Reimera ( Felidae ) lub bliskiego im kota domowego. Twierdzenie to jest poparte nazwaniem faga Mycobacterium DaisytheDog, również zidentyfikowanym przez Nyack College , z notatkami nazewnictwa stwierdzającymi: „Pies mojego przyjaciela, który wygląda bardzo podobnie do Air Bud , jest powodem nadania tej nazwy”. To pokazuje, że nazewnictwo wirusa Microbacterium MuffinTheCat prawdopodobnie nie było przypadkowe i zostało nazwane na cześć kota o imieniu Muffin. Pomijając gatunek Pellonula leonensis , który ma wspólną nazwę; Muffin szprot, Microbacterium virus MuffinTheCat jest jednym z 2 gatunków z „Muffin” w klasyfikacji naukowej . Drugi to mięczak z rodziny Buccinidae , Muffin buccinum catherinae .

Taksonomia

Rozbieżność

Microbacterium virus MuffinTheCat należy do rodziny Tectiviridae i Królestwa Bamfordvirae . Średnia identyczność nukleotydów (ANI), która została zmierzona dla każdego gatunku klastra GE pokazuje , że członkowie klastra GE są <60% podobni do innych członków rodziny Tectiviridae . Tak niski wynik ANI wskazuje na wyraźną rozbieżność taksonomiczną z innymi rodzajami Tectiviridae . W połączeniu z faktem, że członkowie klastra GE różnią się od innych Dotychczas odkryte rodzaje Tectiviridae wskazują, że klaster GE powinien być nowym rodzajem . Tak wyraźna genetyczna wskazuje, że Microbacterium virus MuffinTheCat i jego rodzeństwo taksonomicznie oddzieliły się od innych Tectiviridae już dawno temu. Używając surowego (różnica genetyczna w stosunku do wskaźnika mutacji ) możemy uzyskać przybliżoną taksonomiczną oś czasu . Bakteriofagi mają cykl życia około 30 minut. Bardzo wirusy mają współczynnik mutacji wynoszący w przybliżeniu jedną mutację na kilkaset do wielu tysięcy pokoleń , wartość 500 to bezpieczny wybór. Tutaj mutacji można określić na około 1 mutację co 11 dni. Potwierdzają to twierdzenia wirusologa Louisa Mansky'ego, który twierdzi, że tempo mutacji wirusów, takich jak COVID-19, występuje mniej więcej raz na 11 dni, a częstość mutacji między gatunkami wirusów nie różni się znacznie. Biorąc pod uwagę wirusa do porównania, takiego jak wirus Bacillus AP50 z rodziny Tectiviridae , która ma genom o wielkości 14 kb. Przy podobieństwie 60%, jak podano powyżej, otrzymujesz różnicę genetyczną wynoszącą 5600 mutacji , 5600 * 11 dni = ~ 169 lat. To bardzo długi czas na dywergencję taksonomiczną w dziedzinie wirusów . Ponieważ wirusy rozmnażają się tak skutecznie, nie zważając na ochronę genów . Chociaż te obliczenia są bardzo prymitywne i pełne założeń, pokazują, że klaster GE zawierający wirusa Microbacterium MuffinTheCat jest wyraźnym rodzajem który oddzielił się od innych gatunków kuzynów dawno temu. [ potrzebne źródło ]

Taksonomiczne krewniaki

Rodzaj macierzysty:

  • Niesklasyfikowane

Rodzina rodzicielska:

Królestwo:

Gatunki rodzeństwa:

Klaster GE:

  • Fag mikrobakterii Badulia
  • Fag mikrobakterii DesireeRose
  • Fag mikrobakterii LuzDeMundo

Klaster EB:

  • Fag mikrobakterii Franklin22

Niezdefiniowany klaster: (niesekwencjonowany)

  • Fag mikrobakterii Bee17
  • Fag mikrobakterii CharleeAnn
  • Fag mikrobakterii Gargantuan
  • Fag mikrobakterii Plimp
  • Fag Microbacterium SCoupsA
  • Naklejka faga mikrobakterii

Gatunki rodzeństwa i kuzynów oraz ich rodzaje (pod Tectiviridae ):

  • alfatektiwirus
    • Wirus Pseudomonas PR4
    • Wirus Pseudomonas PRD1
  • betatektiwirus
  • Deltatektiwirus
    • Wirus Streptomyces Forthebois
    • Wirus Streptomyces WheeHeim
  • Epsilontectivirus
    • Wirus Rhodococcus Toil
  • Gammatectivirus
    • Wirus Gluconobacter GC1
  • Niezdefiniowany
    • wirus Thermus phiKo

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microbacterium_virus_MuffinTheCat&oldid=1133369238 ”