Peroksybaza
PeroxiBase została stworzona na Uniwersytecie Genewskim ( Szwajcaria ) pod koniec 2003 roku przez dwóch biologów roślin specjalizujących się w badaniu peroksydaz roślinnych . Najpierw ograniczono ją do peroksydaz klasy III (peroksydazy roślinne), a następnie rozszerzono, aby obejmowała wszystkie możliwe sekwencje białkowe peroksydazy hemowej i niehemowej. Wielu badaczy i bioinformatyków z Uniwersytetu Genewskiego połączyło swoje wysiłki, aby rozwinąć bazę danych i szybko zwiększyć liczbę sekwencji peroksydazy. Od 2005 roku baza danych przyjmuje wkłady zewnętrzne, które są weryfikowane przez kuratorów PeroxiBase. Większość hemowych i niehemowych peroksydazy można teraz znaleźć w PeroxiBase.
Baza danych jest hostowana przez Szwajcarski Instytut Bioinformatyki .
Sekwencje peroksydazy pochodzą z innych ogólnodostępnych baz danych ( NCBI , TIGR , UniProt KnowledgeBase : wszystkie używane bazy danych są wymienione w PeroxiBase), albo jako istniejące wcześniej sekwencje z adnotacjami, albo z surowych danych (projekty sekwencjonowania całego genomu).
Cele PeroxiBase
- Publiczne (non-profit) udostępnienie społeczności naukowej scentralizowanej platformy gromadzącej informacje o sekwencjach peroksydazy. Możliwe zastosowania: szybsze wyszukiwanie sekwencji, analiza filogenetyczna, określanie profilu ekspresji
- Aby ręcznie ponownie opisywać istniejące sekwencje (automatyczna adnotacja czasami prowadzi do błędnych przewidywań)
- Aby uzyskać nowe sekwencje, które nie są jeszcze dostępne w innych bazach danych: genomy bez adnotacji, wkład zewnętrzny z grup sekwencjonowania
- Bibliografia _ Theiler G; Zamocki M; Cosio C; Rouhier N; Teixera F; Margis-Pinheiro M; Ioannidis V; penel C; Falquet L; Dunand C. (czerwiec 2007). „PeroxiBase: baza danych peroksydazy” . Fitochemia . 68 (12): 1605–11. doi : 10.1016/j.phytochem.2007.04.005 . PMID 17544465 .