TRIM28

TRIM28
Dostępne konstrukcje WPB Wyszukiwanie ortologów: Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, motyw trójdzielny zawierający 28, TIF1beta
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek ) Chr. Zespół Początek Koniec
Lokalizacja genu ( mysz ) Chr. Zespół Początek Koniec
Wzór ekspresji RNA Błagam Człowiek Mysz (ortolog) BioGPS
Ontologia genów Funkcje molekularne Składnik komórkowy Proces biologiczny Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi Gatunek Człowiek Mysz Entrez Ensembl UniProt RefSeq (mRNA) RefSeq (białko) Lokalizacja (UCSC) PubMed search
Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka Wyświetl/edytuj mysz

Trójdzielny motyw zawierający 28 ( TRIM28 ), znany również jako transkrypcyjny czynnik pośredniczący 1β ( TIF1β ) i KAP1 (białko związane z KRAB-1), jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen TRIM28 .

Funkcjonować

Białko kodowane przez ten gen pośredniczy w kontroli transkrypcji poprzez interakcję z domeną represji typu box związanej z Krüppelem , występującą w wielu czynnikach transkrypcyjnych . Białko lokalizuje się w jądrze i uważa się, że wiąże się z określonymi regionami chromatyny . Białko należy do trójdzielnej rodziny motywów . Ten trójdzielny motyw obejmuje trzy domeny wiążące cynk, PIERŚCIEŃ, B-box typu 1 i B-box typu 2 oraz obszar zwiniętej cewki .

KAP1 jest wszechobecnym białkiem zaangażowanym w wiele krytycznych funkcji, w tym: regulację transkrypcji, różnicowanie i proliferację komórek, naprawę uszkodzeń DNA, supresję wirusa i apoptozę. Jego funkcjonalność zależy od modyfikacji potranslacyjnych. Sumoilowany TRIM28 może składać maszynerię epigenetyczną do wyciszania genów, podczas gdy fosforylowany TRIM28 bierze udział w naprawie DNA.

Różnicowanie i proliferacja komórek

Badania wykazały, że delecja KAP1 u myszy przed gastrulacją powoduje śmierć (implikując to jako białko niezbędne do proliferacji), podczas gdy delecja u dorosłych myszy powoduje zwiększony niepokój i wywołane stresem zmiany w uczeniu się i pamięci. Wykazano, że KAP1 bierze udział w utrzymaniu pluripotencji embrionalnych komórek macierzystych oraz promuje i hamuje różnicowanie komórkowe dorosłych linii komórkowych. Podwyższone poziomy KAP1 stwierdzono również w raku wątroby, żołądka, piersi, płuc i prostaty, co wskazuje, że może odgrywać ważną rolę w proliferacji komórek nowotworowych (prawdopodobnie poprzez hamowanie apoptozy).

Regulacja transkrypcji

KAP1 może regulować transkrypcję genomową poprzez różne mechanizmy, z których wiele pozostaje nieco niejasnych. Badania wykazały, że KAP1 może tłumić transkrypcję, wiążąc się bezpośrednio z genomem (co może być wystarczające samo w sobie) lub poprzez indukcję tworzenia heterochromatyny poprzez makrocząsteczkowy kompleks Mi2α-SETB1-HP1. KAP1 może również wchodzić w interakcje z metylotransferazami histonowymi i deacetylazami poprzez C-końcową PHD i bromodomenę, aby epigenetycznie kontrolować transkrypcję.

Odpowiedź naprawy uszkodzeń DNA

Wykazano, że ATM fosforyluje KAP1 po odkryciu uszkodzonego lub przerwanego DNA. Fosforylowany KAP1, wraz z wieloma innymi białkami uszkadzającymi DNA, szybko migruje do miejsca uszkodzenia DNA. Jego dokładny udział w tym szlaku jest nieco niejasny, ale jest zaangażowany w wywoływanie zatrzymania komórek, umożliwiając naprawę uszkodzonego DNA.

apoptoza

KAP1 tworzy kompleks z MDM2 (ligaza ubikwityny E3), który wiąże się z p53. Kompleks oznacza związany p53 do degradacji. p53 jest znanym prekursorem apoptozy, który ułatwia syntezę białek niezbędnych do śmierci komórki, więc jego degradacja skutkuje zahamowaniem apoptozy.

Znaczenie kliniczne

Rola w ustalaniu latencji wirusa

KAP1 ułatwia ustanowienie latencji wirusa w niektórych typach komórek ludzkiego wirusa cytomegalii (HCMV) i innych endogennych retrowirusów. KAP1 działa jako korepresor transkrypcyjny genomu wirusa. Białko wiąże się z histonami wirusowej chromatyny, a następnie rekrutuje Mi2α i SETB1. SETB1 to metylotransferaza histonowa, która rekrutuje HP1, indukując w ten sposób tworzenie heterochromatyny. Ta formacja heterochromatyny zapobiega transkrypcji genomu wirusa. mTOR bierze udział w fosforylacji KAP1, co skutkuje przejściem z latencji do cyklu litycznego.

Manipulacje i potencjał przyszłego leczenia

Zmutowana ataksja teleangiektazja (ATM) to kinaza, która (podobnie jak mTOR) może fosforylować KAP1, powodując przejście z latencji wirusa do cyklu litycznego. Wykazano, że aktywator chlorochiny (ATM) powoduje wzrost transkrypcji genomu HCMV. Efekt ten jest wzmacniany przez zastosowanie czynnika martwicy nowotworu. Zaproponowano, że to leczenie (wraz z leczeniem przeciwretrowirusowym) może potencjalnie usunąć wirusa z zakażonych osobników.

Interakcje

Wykazano, że TRIM28 wchodzi w interakcje z:

• CBX5 ,
• CEBPB ,
• receptor glukokortykoidowy ,
• SETDB1 i
• ZNF10 .

Zobacz też

• Koregulator transkrypcji

Dalsza lektura

•   Maruyama K, Sugano S (styczeń 1994). „Oligo-capping: prosta metoda zastąpienia struktury czapeczki eukariotycznych mRNA oligorybonukleotydami”. gen . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
•   Friedman JR, Fredericks WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (sierpień 1996). „KAP-1, nowy korepresor dla wysoce konserwatywnej domeny represji KRAB” . Geny i rozwój . 10 (16): 2067–78. doi : 10.1101/gad.10.16.2067 . PMID 8769649 .
•    Kim SS, Chen YM, O'Leary E, Witzgall R, Vidal M, Bonventre JV (grudzień 1996). „Nowy członek rodziny palców RING, KRIP-1, wiąże się z domeną represora transkrypcji KRAB-A białek palca cynkowego” . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 93 (26): 15299–304. Bibcode : 1996PNAS...9315299K . doi : 10.1073/pnas.93.26.15299 . PMC26399 . _ PMID 8986806 .
•    Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (grudzień 1996). „Represja transkrypcji przez białko palca RING TIF1 beta, które oddziałuje z domeną represorową KRAB KOX1” . Badania kwasów nukleinowych . 24 (24): 4859–67. doi : 10.1093/nar/24.24.4859 . PMC 146346 . PMID 9016654 .
•   Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (październik 1997). „Konstrukcja i charakterystyka biblioteki cDNA wzbogaconej o pełnej długości i wzbogaconej o koniec 5'”. gen . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
•    Chang CJ, Chen YL, Lee SC (październik 1998). „Koaktywator TIF1beta oddziałuje z czynnikiem transkrypcyjnym C / EBPbeta i receptorem glukokortykoidowym, indukując ekspresję genu alfa1-kwaśnej glikoproteiny” . Biologia molekularna i komórkowa . 18 (10): 5880–7. doi : 10.1128/mcb.18.10.5880 . PMC 109174 . PMID 9742105 .
•   Eng FC, Barsalou A, Akutsu N, Mercier I, Zechel C, Mader S, White JH (październik 1998). „Różne klasy koaktywatorów rozpoznają różne, ale nakładające się miejsca wiązania w domenie wiążącej ligand receptora estrogenu” . Journal of Biological Chemistry . 273 (43): 28371–7. doi : 10.1074/jbc.273.43.28371 . PMID 9774463 .
•    Ryan RF, Schultz DC, Ayyanathan K, Singh PB, Friedman JR, Fredericks WJ, Rauscher FJ (czerwiec 1999). „Białko korepresora KAP-1 oddziałuje i kolokalizuje z heterochromatycznymi i euchromatycznymi białkami HP1: potencjalna rola białek palca cynkowego związanego z Krüppelem w wyciszaniu genów za pośrednictwem heterochromatyny” . Biologia molekularna i komórkowa . 19 (6): 4366–78. doi : 10.1128/mcb.19.6.4366 . PMC 104396 . PMID 10330177 .
•   Agata Y, Matsuda E, Shimizu A (czerwiec 1999). „Dwa nowatorskie białka palca cynkowego związane z Krüppelem, KRAZ1 i KRAZ2, hamują transkrypcję poprzez funkcjonalną interakcję z korepresorem KAP-1 (TIF1beta / KRIP-1)” . Journal of Biological Chemistry . 274 (23): 16412–22. doi : 10.1074/jbc.274.23.16412 . PMID 10347202 .
•    Nielsen AL, Ortiz JA, You J, Oulad-Abdelghani M, Khechumian R, Gansmuller A, Chambon P, Losson R (listopad 1999). „Interakcja z członkami rodziny białek heterochromatyny 1 (HP1) i deacetylacja histonów są w różny sposób zaangażowane w wyciszanie transkrypcji przez członków rodziny TIF1” . Dziennik EMBO . 18 (22): 6385–95. doi : 10.1093/emboj/18.22.6385 . PMC 1171701 . PMID 10562550 .
•   Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (czerwiec 2000). „Analiza biochemiczna domeny represji transkrypcyjnej związanej z polem Kruppela (KRAB)” . Journal of Biological Chemistry . 275 (24): 18000–10. doi : 10.1074/jbc.M001499200 . PMID 10748030 .
•    Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (wrzesień 2000). „Molekularne determinanty ukierunkowania na wyciszanie genów za pośrednictwem białka heterochromatyny 1: niezbędna jest bezpośrednia interakcja domeny chromocienia z korepresorem KAP-1” . Biologia molekularna i komórkowa . 20 (17): 6449–65. doi : 10.1128/MCB.20.17.6449-6465.2000 . PMC86120 . _ PMID 10938122 .
•   Underhill C, Qutob MS, Yee SP, Torchia J (grudzień 2000). „Nowy kompleks korepresora receptora jądrowego, N-CoR, zawiera składniki kompleksu ssaków SWI / SNF i korepresora KAP-1” . Journal of Biological Chemistry . 275 (51): 40463–70. doi : 10.1074/jbc.M007864200 . PMID 11013263 .
•    Gebelein B, Urrutia R (luty 2001). „Represja transkrypcyjna specyficzna dla sekwencji przez KS1, białko pudełkowe związane z wieloma palcami cynkowymi Krüppela” . Biologia molekularna i komórkowa . 21 (3): 928–39. doi : 10.1128/MCB.21.3.928-939.2001 . PMC86683 . _ PMID 11154279 .
•    Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (styczeń 2001). „Struktura rozwiązania domeny PHD z korepresora KAP-1: determinanty strukturalne dla domen wiążących cynk PHD, RING i LIM” . Dziennik EMBO . 20 (1–2): 165–77. doi : 10.1093/emboj/20.1.165 . PMC 140198 . PMID 11226167 .
•    Schultz DC, Friedman JR, Rauscher FJ (luty 2001). „Celowanie w kompleksy deacetylazy histonowej za pomocą białek palca KRAB-cynk: PHD i bromodomeny KAP-1 tworzą współpracującą jednostkę, która rekrutuje nową izoformę podjednostki Mi-2alfa NuRD” . Geny i rozwój . 15 (4): 428–43. doi : 10.1101/gad.869501 . PMC 312636 . PMID 11230151 .
•    Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L, Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci S, Pelicci PG, Ballabio A (maj 2001). „Rodzina motywów trójdzielnych identyfikuje przedziały komórkowe” . Dziennik EMBO . 20 (9): 2140–51. doi : 10.1093/emboj/20.9.2140 . PMC 125245 . PMID 11331580 .
•    Hsu SI, Yang CM, Sim KG, Hentschel DM, O'Leary E, Bonventre JV (maj 2001). „TRIP-Br: nowa rodzina białek oddziałujących z palcem cynkowym i bromodomeną PHD, które regulują aktywność transkrypcyjną E2F-1 / DP-1” . Dziennik EMBO . 20 (9): 2273–85. doi : 10.1093/emboj/20.9.2273 . PMC 125435 . PMID 11331592 .
•   Nielsen AL, Oulad-Abdelghani M, Ortiz JA, Remboutsika E, Chambon P, Losson R (kwiecień 2001). „Tworzenie heterochromatyny w komórkach ssaków: interakcja między histonami a białkami HP1” . Komórka Molekularna . 7 (4): 729–39. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00218-0 . PMID 11336697 .

Linki zewnętrzne

• Białko TRIM28, ludzkie w US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
• NURSA C153
• FactorBook KAP1
• Lokalizacja ludzkiego genu TRIM28 w przeglądarce genomu UCSC .
• Szczegóły ludzkiego genu TRIM28 w przeglądarce genomu UCSC .

Ten artykuł zawiera tekst z Narodowej Biblioteki Medycznej Stanów Zjednoczonych , która jest własnością publiczną .