Sortuj B
| Sortuj | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identyfikatory B | |||||||||
| nr WE | 3.4.22.71 | ||||||||
| Bazy danych | |||||||||
| IntEnz | Widok IntEnz | ||||||||
| BRENDA | Wpis BRENDY | ||||||||
| ExPASy | Widok NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Wpis KEGG | ||||||||
| MetaCyc | szlak metaboliczny | ||||||||
| PRYM | profil | ||||||||
| Struktury PDB | RCSB PDB PDBe PDB suma | ||||||||
| |||||||||
Sortazy to enzymy zakotwiczone w błonie komórkowej , które sortują te białka powierzchniowe na powierzchni komórki bakteryjnej i zakotwiczają je w peptydoglikanie . Istnieją różne rodzaje sortaz , z których każda katalizuje zakotwiczanie różnych białek w ścianach komórkowych.
Bardzo ważne jest, aby bakterie nabywały żelazo podczas infekcji. Żelazo jest prawdopodobnie najważniejszym mikroelementem niezbędnym do namnażania się bakterii i powodowania chorób. Sortaza B jest polipeptydem złożonym z 246 aminokwasów z domniemaną kotwicą błonową na N-końcu i cysteiną w miejscu aktywnym zlokalizowaną w motywie sygnaturowym TLXTC sortaz.
Wydaje się, że enzymy te są przeznaczone do pomocy bakteriom w pozyskiwaniu żelaza poprzez zakotwiczenie białek pozyskiwania żelaza w błonie komórkowej. Sortaza B rozpoznaje i rozszczepia motyw NPQTN. Łączy IsDC z dojrzałym złożonym peptydoglikanem. Enzym katalizuje ściany komórkowej , w której rozszczepiane jest białko powierzchniowe z sygnałem sortującym zawierającym motyw NXTN.
Enzym ten należy do rodziny peptydaz C60.
Struktura
Ogólna struktura SrtB jest zachowana w różnych bakteriach Gram-dodatnich . Ogólna struktura SrtB w S. aureus , jak pokazano na rysunku, składa się z unikalnej ośmioniciowej struktury rdzenia β-beczki i subdomeny dwóch helis na N-końcu.
SrtB ma podobną strukturę do SrtA z rmsd 1,25Å, ale SrtB ma bardziej obwodowe helisy. Ma N-końcową spiralną wiązkę i α -helisę między β6 a β7. Wydłużenie N-końca obecne w SrtB w stosunku do SrtA jest bardzo znaczące. Znane jest umieszczanie dwóch końców po tej samej stronie białka. Uważa się, że skutkuje to inną orientacją białka na powierzchni komórki, potencjalnie wpływając na dostęp do substratu.
Kataliza
Enzym sortaza B katalizuje reakcję sortowania ściany komórkowej z białkiem powierzchniowym, w którym rozszczepiany jest motyw sygnałowy NXTN. W rezultacie C-koniec białka jest kowalencyjnie przyłączony do mostka krzyżowego pentaglicyny poprzez wiązanie amidowe, przywiązując w ten sposób C-koniec białka A do ściany komórkowej.
Rozszczepia cząsteczkę prekursora białka w motywie NPQTN. Wiązanie peptydowe między T i N motywu sortującego NPQTN jest rozszczepiane, tworząc tetraedryczny acylowy związek pośredni. Uważa się, że grupy aminowe mostków krzyżowych pentaglicyny połączone z cząsteczkami prekursora peptydoglikanu lipidu II działają jak nukleofile rozdzielające acylowe związki pośrednie i tworzące wiązanie amidowe między białkiem powierzchniowym a lipidem II, a następnie wbudowują ten związek pośredni do otoczki ściany komórkowej .
IsDC pozostaje zakopane w ścianie komórkowej, a nie na powierzchni, jak IsDA i IsDB zakotwiczone przez Sortazę A. Cały ten system współpracuje ze sobą, aby usuwać żelazo z hemoglobiny .
Rola biologiczna
Białka powierzchniowe bakterii Gram-dodatnich odgrywają ważną rolę w patogenezie zakażeń człowieka, takich jak zakażenie Clostridium difficile . Te białka powierzchniowe/adhezyjne pośredniczą w początkowym przyczepianiu się bakterii do tkanek gospodarza. Białka te są kowalencyjnie połączone z peptydoglikanem ściany komórkowej bakterii. Ponieważ coraz więcej patogenów staje się opornych na antybiotyki , hamowanie sortaz może stanowić nową strategię przeciwko infekcjom bakteryjnym Gram-dodatnim.
W szczególności SrtB zyskał wiele uwagi i jest uznawany za obiecujący cel, a delecja jego genu w bakteriach Gram-dodatnich doprowadzi do poważnych defektów wirulencji. Struktury krystaliczne tych enzymów SrtB z różnych gatunków zostały rozwiązane za pomocą ligandów/inhibitorów związanych z ich miejscem aktywnym. Dzięki znajomości miejsca aktywnego można opracować lepsze środki terapeutyczne przeciwko tym gatunkom bakterii.
Linki zewnętrzne
- Sortase+B w US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
