PTBP1

PTBP1
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologów:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, HNRNP-I, HNRNPI, HNRPI, PTB, PTB-1, PTB-T, PTB2, PTB3, PTB4, pPTB, białko wiążące układ polipirymidynowy 1 Identyfikatory
zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
	; ; ; ;
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Komponent komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
Ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

Białko wiążące przewód polipirymidynowy 1 jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen PTBP1 .

Gen ten należy do podrodziny wszechobecnych heterogennych jądrowych rybonukleoprotein (hnRNP). hnRNP są białkami wiążącymi RNA i tworzą kompleksy z heterogenicznym jądrowym RNA (hnRNA). Białka te są związane z pre-mRNA w jądrze i wydają się wpływać na przetwarzanie pre-mRNA oraz inne aspekty metabolizmu i transportu mRNA. Chociaż wszystkie hnRNP są obecne w jądrze, niektóre wydają się przemieszczać między jądrem a cytoplazmą. Białka hnRNP mają różne właściwości wiązania kwasów nukleinowych. Białko kodowane przez ten gen ma cztery powtórzenia domen motywu rozpoznawania quasi-RNA (RRM), które wiążą RNA. Białko to wiąże się z intronowymi szlakami polipirymidynowymi, które wymagają składania pre-mRNA i działa poprzez szlak degradacji białek ubikwityna-proteasom. Może również promować wiązanie U2 snRNP z pre-mRNA. Białko to jest zlokalizowane w nukleoplazmie i jest również wykrywane w strukturze okołojądrowej. Opisano alternatywne splicingowe warianty transkryptu kodujące różne izoformy.

Ewolucja

W mózgach ssaków w transkryptach genu PTBP1 brakuje jednego eksonu (eksonu 9), który występuje w mózgach innych kręgowców, w wyniku alternatywnego splicingu . Przyczynia się to do ewolucyjnej różnicy między układem nerwowym ssaków i innych kręgowców.

Interakcje

Wykazano, że PTBP1 oddziałuje z HNRPK , PCBP2 , SFPQ i HNRNPL .

Ten gen jest celem mikroRNA miR-124 . Podczas różnicowania neuronów miR-124 zmniejsza poziomy PTBP1, prowadząc do akumulacji prawidłowo złożonego PTBP2 i dramatycznego wzrostu białka PTBP2.

Dalsza lektura

Rasmussen HH, van Damme J, Puype M, Gesser B, Celis JE, Vandekerckhove J (grudzień 1992). „Mikrosekwencje 145 białek zarejestrowanych w dwuwymiarowej bazie danych białek żelowych normalnych ludzkich keratynocytów naskórka”. Elektroforeza . 13 (12): 960–969. doi : 10.1002/elps.11501301199 . PMID 1286667 . S2CID 41855774 .
Ghetti A, Pinol-Roma S, Michael WM, Morandi C, Dreyfuss G (lipiec 1992). „hnRNP I, białko wiążące przewód polipirymidynowy: odrębna lokalizacja jądrowa i powiązanie z hnRNA” . Badania kwasów nukleinowych . 20 (14): 3671–3678. doi : 10.1093/nar/20.14.3671 . PMC 334017 . PMID 1641332 .
Gil A, Sharp PA, Jamison SF, Garcia-Blanco MA (lipiec 1991). „Charakterystyka cDNA kodujących białko wiążące przewód polipirymidynowy” . Geny i rozwój . 5 (7): 1224–1236. doi : 10.1101/gad.5.7.1224 . PMID 1906035 .
Raimondi E, Romanelli MG, Moralli D, Gamberi C, Russo MP, Morandi C (czerwiec 1995). „Przypisanie ludzkiego genu kodującego heterogenny jądrowy RNA rybonukleoproteinę I (PTB) do chromosomu 14q23-q24.1”. Genomika . 27 (3): 553–555. doi : 10.1006/geno.1995.1093 . PMID 7558043 .
Patton JG, Porro EB, Galceran J, Tempst P, Nadal-Ginard B (marzec 1993). „Klonowanie i charakterystyka PSF, nowego czynnika splicingu pre-mRNA” . Geny i rozwój . 7 (3): 393–406. doi : 10.1101/gad.7.3.393 . PMID 8449401 .
Wu-Baer F, Lane WS, Gaynor RB (luty 1996). „Identyfikacja grupy kofaktorów komórkowych, które stymulują wiązanie polimerazy RNA II i TRP-185 z ludzkim wirusem niedoboru odporności 1 TAR RNA” . Journal of Biological Chemistry . 271 (8): 4201–4208. doi : 10.1074/jbc.271.8.4201 . PMID 8626763 .
Czarny AC, Luo J, Chun S, Bakker A, Fraser JK, Rosenblatt JD (1997). „Specyficzne wiązanie białka wiążącego przewód polipirymidynowy i hnRNP A1 z elementami HIV-1 CRS”. Geny wirusów . 12 (3): 275–285. doi : 10.1007/bf00284648 . PMID 8883365 . S2CID 11678179 .
Huang S, Deerinck TJ, Ellisman MH, Spector DL (czerwiec 1997). „Dynamiczna organizacja przedziału okołojądrowego w jądrze komórkowym” . Journal of Cell Biology . 137 (5): 965–974. doi : 10.1083/jcb.137.5.965 . PMC 2136227 . PMID 9166399 .
Oh YL, Hahm B, Kim YK, Lee HK, Lee JW, Song O i in. (kwiecień 1998). „Określenie domen funkcjonalnych w białku wiążącym układ polipirymidynowy” . Dziennik biochemiczny . 331 (część 1): 169–175. doi : 10.1042/bj3310169 . PMC 1219335 . PMID 9512476 .
Hahm B, Cho OH, Kim JE, Kim YK, Kim JH, Oh YL, Jang SK (kwiecień 1998). „Białko wiążące przewód polipirymidynowy oddziałuje z HnRNP L” . Listy FEBS . 425 (3): 401–406. doi : 10.1016/S0014-5793(98)00269-5 . PMID 9563502 . S2CID 4980318 .
Meissner M, Dechat T, Gerner C, Grimm R, Foisner R, Sauermann G (styczeń 2000). „Różnicowa lokalizacja jądrowa i asocjacja macierzy jądrowej czynników splicingowych PSF i PTB”. Journal of Cellular Biochemistry . 76 (4): 559–566. doi : 10.1002/(SICI)1097-4644(20000315)76:4<559::AID-JCB4>3.0.CO;2-U . PMID 10653975 . S2CID 25669908 .
Kim JH, Hahm B, Kim YK, Choi M, Jang SK (maj 2000). „Interakcja białko-białko między hnRNP przemieszczającymi się między jądrem a cytoplazmą”. Dziennik biologii molekularnej . 298 (3): 395–405. doi : 10.1006/jmbi.2000.3687 . PMID 10772858 .
Conte MR, Grüne T, Ghuman J, Kelly G, Ladas A, Matthews S, Curry S (czerwiec 2000). „Struktura tandemowych motywów rozpoznawania RNA z białka wiążącego przewód polipirymidynowy ujawnia nowe cechy fałdu RRM” . Dziennik EMBO . 19 (12): 3132–3141. doi : 10.1093/emboj/19.12.3132 . PMC 203357 . PMID 10856256 .
Markovtsov V, Nikolic JM, Goldman JA, Turck CW, Chou MY, Black DL (październik 2000). „Kooperacyjne składanie kompleksu hnRNP indukowanego przez tkankowo specyficzny homolog białka wiążącego przewód polipirymidynowy” . Biologia molekularna i komórkowa . 20 (20): 7463–7479. doi : 10.1128/MCB.20.20.7463-7479.2000 . PMC86300 . _ PMID 11003644 .
de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W, Friedlein A, Langen H, Keller W (listopad 2000). „Ludzki czynnik cięcia pre-mRNA II (m) zawiera homologi białek drożdży i łączy dwa inne czynniki cięcia” . Dziennik EMBO . 19 (21): 5895–5904. doi : 10.1093/emboj/19.21.5895 . PMC 305781 . PMID 11060040 .
Zang WQ, Li B, Huang PY, Lai MM, Yen TS (listopad 2001). „Rola białka wiążącego przewód polipirymidynowy w funkcji potranskrypcyjnego elementu regulacyjnego wirusa zapalenia wątroby typu B” . Dziennik wirusologii . 75 (22): 10779–10786. doi : 10.1128/JVI.75.22.10779-10786.2001 . PMC 114659 . PMID 11602719 .
Hüttelmaier S, Illenberger S, Grosheva I, Rüdiger M, Singer RH, Jockusch BM (listopad 2001). „Raver1, białko z dwoma przedziałami, jest ligandem dla PTB / hnRNPI i białek przyłączających mikrofilamenty” . Journal of Cell Biology . 155 (5): 775–786. doi : 10.1083/jcb.200105044 . PMC 2150882 . PMID 11724819 .
Kamath RV, Leary DJ, Huang S (grudzień 2001). „Przemieszczanie nukleocytoplazmatyczne białka wiążącego przewód polipirymidynowy jest odłączone od eksportu RNA” . Biologia molekularna komórki . 12 (12): 3808–3820. doi : 10.1091/mbc.12.12.3808 . PMC 60757 . PMID 11739782 .