Domena palca RING
| Palec cynkowy typu C3HC4 (palec RING) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura domeny C3HC4. Jony cynku to czarne kule, skoordynowane przez reszty cysteiny (niebieskie).
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
| Symbol | zf-C3HC4 | ||||||||
| Pfam | PF00097 | ||||||||
| InterPro | IPR001841 | ||||||||
| MĄDRY | SM00184 | ||||||||
| PROZYT | PDOC00449 | ||||||||
| SCOP2 | 1chc / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
W biologii molekularnej domena palca PIERŚCIENIEGO ( skrót od „ Really I interesting New Gene ”) jest białkową domeną strukturalną typu palca cynkowego , która zawiera motyw aminokwasowy C 3 HC 4 , który wiąże dwa kationy cynku (siedem cystein i jedną histydynę ułożone nie po sobie). Ta domena białkowa zawiera od 40 do 60 aminokwasów. Wiele białek zawierających palec PIERŚCIENI odgrywa kluczową rolę w ubikwitynacji .
Palce cynkowe
Domeny palca cynkowego (Znf) to stosunkowo małe motywy białkowe , które wiążą jeden lub więcej atomów cynku i które zwykle zawierają wiele występów przypominających palce, które tworzą tandemowy kontakt z cząsteczką docelową. Wiążą DNA , RNA , białka i/lub lipidy podłoża. Ich właściwości wiążące zależą od sekwencji aminokwasów domen palców i łącznika między palcami, a także od struktur wyższego rzędu i liczby palców. Domeny Znf często występują w klastrach, w których palce mogą mieć różną specyficzność wiązania. Istnieje wiele nadrodzin motywów Znf, różniących się zarówno sekwencją, jak i strukturą. Wykazują znaczną wszechstronność sposobów wiązania, nawet pomiędzy członkami tej samej klasy (np. niektóre wiążą DNA, inne białka), co sugeruje, że motywy Znf są stabilnymi rusztowaniami, które wyewoluowały wyspecjalizowane funkcje. Na przykład białka zawierające Znf biorą udział w transkrypcji genów , translacja, handel mRNA, organizacja cytoszkieletu , rozwój nabłonka, adhezja komórek , zwijanie białek , przebudowa chromatyny i wykrywanie cynku. Motywy wiążące cynk są stabilnymi strukturami i rzadko ulegają zmianom konformacyjnym po związaniu celu.
Niektóre domeny palców Zn rozdzieliły się w taki sposób, że nadal zachowują swoją strukturę rdzenia, ale utraciły zdolność wiązania cynku przy użyciu innych środków, takich jak mostki solne lub wiązanie się z innymi metalami w celu stabilizacji fałd przypominających palce.
Funkcjonować
Wiele domen palca RING jednocześnie wiąże enzymy ubikwitynacyjne i ich substraty, a zatem działa jako ligazy . Ubikwitynacja z kolei ukierunkowuje białko substratu na degradację.
Struktura
Domena palca PIERŚCIENIEGO ma sekwencję konsensusową C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4 -48] - C -X 2 - C . Gdzie:
- C to konserwatywna reszta cysteiny związana z koordynacją cynku,
- H to konserwatywna histydyna zaangażowana w koordynację cynku,
- Zn oznacza atom cynku i
- X oznacza dowolną resztę aminokwasową.
Poniżej znajduje się schematyczne przedstawienie struktury domeny palca PIERŚCIENNEGO:
xxxxxx xxxx xxxx xxxx CCCC x \ / xx \ / x x Zn xx Zn x C / \ HC / \ C xxxx xxxxxxxxxxxxx
Przykłady
Przykłady ludzkich genów kodujących białka zawierające domenę palca PIERŚCIENIEGO obejmują:
AMFR , BARD1 , BBAP, BFAR, BIRC2 , BIRC3 , BIRC7 , BIRC8, BMI1 , BRAP, BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , CNOT4 , COMMD3, DTX1 , DTX2 , DTX3, DTX3L , DTX4, DZIP3, HCGV, HLTF , HOIL-1 , IRF2BP2, LNX1 , LNX2, LONRF1, LONRF2, LONRF3, 1 MARCA, 10 MARCA, 2 marca , 3 marca, 4 marca , 5 marca , 6 marca , 7 marca, 8 marca, marca 9, MDM2, MEX3A , MEX3B, MEX3C , MEX3D , MGRN1, MIB1 , MID1 , MID2 , MKRN1, MKRN2, MKRN3 , MKRN4, MNAT1 , MYLIP , NFX1 , NFX2, PCGF1 , PCGF2 , PCGF3, PCGF4, PCGF5 , PCGF6 , PDZRN3 , PDZRN4, PEX10 , PHRF1, PJA1 , PJA2 , PML , PML-RAR, PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1 , RC3H1 , RC3H2, RCHY1 , RFP2, RFPL1, RFPL2, RFPL3, RFPL4B , RFWD2 , RFWD3, RING1 , RNF2 , RNF4 , RNF5 , RNF6, RNF7 , RNF8 , RNF10 , RNF11 , RNF12 , RNF13 , RNF14 , RNF19A , RNF20 , RNF24 , RNF25 , RNF26 , RNF32 , RNF38 , RNF39 , RNF40 , RNF41 , RNF43 , RNF44 , RNF55 , RNF71 , RNF103 , RNF111 , RNF113A , RNF113B , RNF121, RNF122 , RNF123 , RNF125 , RNF126, RNF128 , RNF130, RNF133, RNF135 , RNF138 , RNF139 , RNF141, RNF144A , RNF145 , RNF146 , RNF148 , RNF149, RNF150, RNF151, RNF152, RNF157 , RNF16 5, RNF166, RNF167 , RNF168, RNF169, RNF170, RNF175 , RNF180, RNF181, RNF182, RNF185, RNF207, RNF213, RNF215 , RNFT1, SH3MD4, SH3RF1 , SH3RF2, SYVN1 , TIF1, TMEM118, TOPORS , TRAF2 , TRAF3 , TRAF4 , TRAF5 , TRAF6 , TRAF7, TRAIP , TRIM2, TRIM3 , TRIM4, TRIM5 , TRIM6 , TRIM7, TRIM8, TRIM9, TRIM10 , TRIM11, TRIM13 , TRIM15, TRIM17 , TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25 , TRIM26, TRIM27 , PRZYCIĘCIE28 , PRZYTNIJ31 , PRZYTNIJ32 , PRZYTNIJ33 , PRZYTNIJ34, PRZYTNIJ35, PRZYTNIJ36, TRIM38 , TRIM39, TRIM40, TRIM41 , TRIM42, TRIM43, TRIM45, TRIM46 , TRIM47, TRIM48, TRIM49, TRIM50, TRIM52, TRIM54, TRIM55, TRIM56, TRIM58, TRIM59, TRIM60, TRIM61 , TRIM62 , TRIM63 , TRIM65 , PRZYTRÓJ67 , PRZYTNIJ68 , TRIM69 , TRIM71, TRIM72, TRIM73, TRIM74, TRIML1 , TTC3 , UHRF1 , UHRF2 , VPS11 , VPS8, ZNF179, ZNF294, ZNF313, ZNF364 , ZNF451 , ZNF650, ZNFB7, ZNRF1 , ZNRF2, ZNRF3, ZNRF4 i ZSWIM2.
Linki zewnętrzne
- RING+Finger+Domains w Narodowej Bibliotece Medycznej USA Nagłówki tematów medycznych (MeSH)