Starożytne białko

Kalendarium kluczowych starożytnych analiz białek od lat pięćdziesiątych XX wieku.

Białka to makrocząsteczki zbudowane z jednego lub więcej łańcuchów aminokwasów . Są bytami dynamicznymi, pełniącymi szeroki zakres funkcji biologicznych i niezbędnymi dla żywych organizmów . Termin białko został po raz pierwszy ukuty przez Jönsa Jacoba Berzeliusa w 1838 roku i pochodzi od greckiego słowa proteios (oznaczającego: pierwszego rzędu). Zbiory białek lub proteomy to kompletne zestawy mieszanin białek związanych z komórką , tkanką lub organizmem . Badania nad nowoczesnymi białkami były napędzane przez postęp w biologii molekularnej , chemii analitycznej i bioinformatyce . Słowo proteomika zostało stworzone przez Marca Wilkinsa w 1995 roku w celu określenia wielkoskalowej analizy proteomów .

Podobnie, starożytne białka są złożonymi mieszaninami, a termin paleoproteomika jest używany do scharakteryzowania badań proteomów w przeszłości. Białka starożytnych zostały odzyskane z szerokiej gamy materiałów archeologicznych, w tym kości , zębów , skorupek jaj , skór , pergaminów , ceramiki , spoiw malarskich i dobrze zachowanych tkanek miękkich, takich jak jelita . Te zachowane białka dostarczyły cennych informacji na temat identyfikacji taksonomicznej , historii ewolucji ( filogenezy ), diety, zdrowia, chorób, technologii i dynamiki społecznej w przeszłości.

Podobnie jak w przypadku współczesnej proteomiki, badanie starożytnych białek stało się możliwe dzięki postępowi technologicznemu. Do analizy starożytnych białek zastosowano różne techniki analityczne, na przykład profilowanie aminokwasów, datowanie racemizacji , immunodetekcję, sekwencjonowanie Edmana , pobieranie odcisków palców masy peptydów i tandemową spektrometrię mas . Wprowadzenie wysokowydajnej spektrometrii mas (na przykład Orbitrap ) w 2000 r. zrewolucjonizowało tę dziedzinę, ponieważ można scharakteryzować całe zachowane sekwencje złożonych proteomów.

W ciągu ostatniej dekady badanie starożytnych białek przekształciło się w dobrze ugruntowaną dziedzinę nauk archeologicznych. Jednak, podobnie jak badania aDNA (starożytnego DNA zachowanego w pozostałościach archeologicznych), było ono ograniczone kilkoma wyzwaniami, takimi jak zasięg referencyjnych baz danych, identyfikacja, zanieczyszczenie i uwierzytelnianie. Naukowcy pracowali nad standaryzacją pobierania próbek, ekstrakcji, analizy danych i raportowania dla starożytnych białek. Nowatorskie narzędzia obliczeniowe, takie jak sekwencjonowanie de novo i otwarte badania, mogą również usprawnić identyfikację starożytnych proteomów.

Historia: pionierzy starożytnych badań nad białkami

Philipa Abelsona, Edgara Hare'a i Thomasa Hoeringa

Abelson , Hare i Hoering prowadzili badania nad starożytnymi białkami w latach pięćdziesiątych i wczesnych siedemdziesiątych XX wieku. Abelson kierował Laboratorium Geofizycznym w Carnegie Institute (Waszyngton, DC) w latach 1953-1971 i jako pierwszy odkrył aminokwasy w skamieniałościach. Do zespołu dołączył Hare i wyspecjalizował się w racemizacji aminokwasów (konwersja L- do D-aminokwasów po śmierci organizmów). Stosunki D/L były używane do datowania różnych starożytnych tkanek, takich jak kości, muszle i osady morskie. Hoering był kolejnym wybitnym członkiem, który przyczynił się do rozwoju izotopów i spektrometrii mas. To złote trio przyciągnęło wielu utalentowanych biologów, geologów, chemików i fizyków, w tym Marilyn Fogel , Johna Hedgesa i Noreen Tuross.

Ralpha Wyckoffa

Wyckoff był pionierem krystalografii rentgenowskiej i mikroskopii elektronowej . Za pomocą obrazów mikroskopowych wykazał zmienność i uszkodzenia kolagenowych w starożytnych kościach i muszlach. Jego badania przyczyniły się do zrozumienia diagenezy (degradacji) białek pod koniec lat 60. XX wieku i podkreśliły, że same starożytne profile aminokwasów mogą nie wystarczyć do identyfikacji białek.

Margaret Jope i Petera Wesbroeka

Jope i Wesbroek byli czołowymi ekspertami w dziedzinie białek otoczki i krystalizacji . Wesbroek założył później laboratorium Geobiochemii na Uniwersytecie w Leiden, skupiając się na biomineralizacji i tym, jak ten proces ułatwiał przetrwanie białek. Był także pionierem w stosowaniu przeciwciał do badania starożytnych białek w latach 70. i 80. XX wieku, wykorzystując różne techniki immunologiczne, takie jak podwójna immunodyfuzja Ouchterlony (interakcje przeciwciał i antygenów w żelu).

Peggy Ostróm

Ostrom był orędownikiem wykorzystania spektrometrii mas od lat 90. Jako pierwsza poprawiła pokrycie sekwencji starożytnych białek, łącząc różne techniki, takie jak odcisk palca masy peptydów i chromatografia cieczowa-tandemowa spektrometria mas (LC-MS/MS).

Biochemia starożytnych białek

Formacja i inkorporacja

Zrozumienie, w jaki sposób starożytne białka są formowane i włączane do materiałów archeologicznych, jest niezbędne do pobierania próbek, oceny zanieczyszczenia i planowania analiz. Ogólnie rzecz biorąc, w przypadku starożytnych białek w tkankach białkowych, w szczególności kolagenu w kościach, keratyny w wełnie , amelogenin w szkliwie zębów i białek wewnątrzkrystalicznych w muszlach, mogą one zostać włączone w czasie tworzenia tkanki. Jednak tworzenie się tkanek białkowych jest często złożone, dynamiczne i zależy od różnych czynników, takich jak pH, metale, stężenie jonów, dieta oraz inne parametry biologiczne, chemiczne i fizyczne. Jednym z najbardziej charakterystycznych zjawisk jest mineralizacja kości , proces, w którym kryształy hydroksyapatytu osadzają się we włóknach kolagenowych, tworząc macierz. Pomimo szeroko zakrojonych badań rusztowanie kostne nadal stanowi wyzwanie, a rola białek niekolagenowych (szeroka gama proteoglikanów i innych białek) pozostaje słabo poznana.

Inną kategorią są złożone i potencjalnie zmineralizowane tkanki, takie jak starodawny ludzki kamień nazębny i naczynia ceramiczne. Kamień nazębny definiuje się jako zwapniały biofilm , tworzony i pośredniczony przez interakcje między jonami fosforanu wapnia a szeroką gamą białek drobnoustrojów , ludzi i żywności w jamie ustnej podczas epizodycznej biomineralizacji . Podobnie minerały matrycy ceramicznej mogą wchodzić w interakcje z białkami żywności podczas przetwarzania żywności i gotowania. Najlepiej tłumaczą to osady kalcytu przylegające do wnętrza archeologicznych naczyń ceramicznych. Te bogate w białko, zmineralizowane osady mogą powstawać podczas wielokrotnego gotowania z użyciem twardej wody i późniejszego osadzania się kamienia.

Ochrona

Organiczne (zawierające węgiel) biomolekuły, takie jak białka, są podatne na degradację. Na przykład badania eksperymentalne wykazały, że solidne, włókniste i hydrofobowe keratyny, takie jak pierze i tkaniny wełniane, szybko rozkładają się w temperaturze pokojowej. Rzeczywiście starożytne białka są wyjątkowe i często są odzyskiwane z ekstremalnych kontekstów pochówku, zwłaszcza z suchych i zimnych środowisk. Dzieje się tak, ponieważ brak wody i niska temperatura mogą spowolnić hydrolizę, atak drobnoustrojów i aktywność enzymatyczną.

Istnieją również białka, których właściwości chemiczne i fizyczne mogą umożliwić ich zachowanie w długim okresie. Najlepszym przykładem jest kolagen typu 1 ; jest jednym z najobficiej występujących białek w macierzy zewnątrzkomórkowej skóry (80-85%) i kości (80-90%) . Jest również zmineralizowany, zorganizowany w potrójną helisę i stabilizowany wiązaniami wodorowymi . Kolagen typu 1 rutynowo ekstrahowano ze starożytnych kości, skór i pergaminów; cechy te mogą przyczynić się do jego stabilności w czasie. Innym powszechnym białkiem w zapisie archeologicznym jest beta-laktoglobulina mleka , często odzyskiwana ze starożytnych kamieni nazębnych. Beta-laktoglobulina to małe serwatki o masie cząsteczkowej około 18400 Da ( daltonów ). Jest odporny na ogrzewanie i degradację enzymatyczną; strukturalnie ma beczkę beta związaną z wiązaniem się z małymi cząsteczkami hydrofobowymi , takimi jak kwasy tłuszczowe , tworząc stabilne polimery .

Biorąc pod uwagę, że białka różnią się pod względem liczebności, wielkości, hydrofobowości (nierozpuszczalności w wodzie), struktury, konformacji (kształtu), funkcji i stabilności, zrozumienie zachowania białek jest trudne. Chociaż istnieją wspólne determinanty przetrwania białek, w tym historia termiczna (temperatura/czas), warunki zakopania (pH/ skład chemiczny gleby / poziom wód gruntowych ) i właściwości białek ( sąsiednie aminokwasy / struktura drugorzędowa / sfałdowanie trzeciorzędowe / zawartość proteomu ), nie ma jasna odpowiedź, a diageneza białek jest nadal aktywną dziedziną badań.

Wzorce struktury i uszkodzeń

Ogólnie białka mają cztery poziomy złożoności strukturalnej: czwartorzędowy (wiele polipeptydów lub podjednostek ), trzeciorzędowy (zwijanie polipeptydu w 3D), drugorzędowy ( helisy alfa / arkusze beta / losowe zwoje) i pierwszorzędowy (liniowe sekwencje aminokwasowe połączone przez wiązania peptydowe ). Oczekuje się, że starożytne białka z czasem stracą integralność strukturalną z powodu denaturacji (rozwijania białka) lub innych procesów diagenetycznych.

Starożytne białka również mają tendencję do fragmentacji, uszkodzeń i zmian. Białka można z czasem rozszczepiać na małe fragmenty, ponieważ hydroliza (dodatek wody) rozrywa wiązania peptydowe ( wiązania kowalencyjne między dwoma sąsiednimi alfa-aminokwasami ). Jeśli chodzi o modyfikacje potranslacyjne (zmiany zachodzą po translacji RNA ), białka starożytne często charakteryzują się rozległymi uszkodzeniami takimi jak utlenianie ( metionina ), hydroksylacja ( prolina ), deamidacja ( glutamina / asparagina ), cytrulinacja ( arginina ), fosforylacja ( seryna / treonina / tyrozyna ), N-końcowy glutaminian do piroglutaminianu oraz dodatek produktów zaawansowanej glikacji do lizyny lub argininy . Wśród tych modyfikacji deamidowanie glutaminy jest jednym z najbardziej zależnych od czasu procesów. Deamidacja glutaminy jest głównie procesem nieenzymatycznym, w którym glutamina jest przekształcana w kwas glutaminowy (+0,98406 Da) poprzez hydrolizę łańcucha bocznego lub tworzenie pierścienia glutarimidowego . Jest to powolna konwersja z długim okresem półtrwania , w zależności od sąsiednich aminokwasów , struktur drugorzędowych , fałdowania 3D, pH , temperatury i innych czynników. Dostępne są narzędzia bioinformatyczne do obliczania masowych i specyficznych dla miejsca współczynników deaminacji starożytnych białek.

Paleoproteomika

Przegląd

Paleoproteomika to szybko rozwijająca się dziedzina, która łączy w sobie archeologię , biologię , chemię i badania nad dziedzictwem . Porównywalnie do swojej siostrzanej dziedziny, aDNA , ekstrakcja, identyfikacja i uwierzytelnianie starożytnych białek stanowi wyzwanie, ponieważ zarówno starożytne DNA, jak i białka są zwykle bardzo krótkie, wysoce pofragmentowane, w znacznym stopniu uszkodzone i zmodyfikowane chemicznie.

Jednak starożytne białka są nadal jedną z najbardziej pouczających biomolekuł. Białka mają tendencję do degradacji wolniej niż DNA, zwłaszcza białka biomineralizowane. Podczas gdy starożytne lipidy można wykorzystać do rozróżnienia tłuszczów morskich, roślinnych i zwierzęcych, dane dotyczące starożytnych białek mają wysoką rozdzielczość i specyficzność taksonomiczną i tkankową.

Do tej pory starożytne sekwencje peptydowe zostały z powodzeniem wyekstrahowane i bezpiecznie scharakteryzowane z różnych pozostałości archeologicznych, w tym 3,8 Ma (milion lat) skorupy jaja strusia, 1,77 Ma Homo erectus zębów, kości szczękowej Denisovana 0,16 Ma i kilku neolitycznych (6000-5600 cal pne) garnki. Dlatego paleoproteomika dostarczyła cennych informacji na temat przeszłych związków ewolucyjnych, wymarłych gatunków i społeczeństw.

Ekstrakcja

Zasadniczo istnieją dwa podejścia: metoda odgórna bez trawienia i proteomika oddolna . Proteomika odgórna jest rzadko stosowana do analizy starożytnych białek ze względu na trudności analityczne i obliczeniowe. W przypadku proteomiki oddolnej lub strzelbowej starożytne białka są trawione do peptydów przy użyciu enzymów, na przykład trypsyny . Zmineralizowane pozostałości archeologiczne, takie jak kości, zęby, muszle, kamień nazębny i ceramika wymagają dodatkowego etapu demineralizacji w celu uwolnienia białek z matryc mineralnych. Osiąga się to często za pomocą słabego kwasu ( kwas etylenodiaminotetraoctowy , EDTA) lub zimnego (4°C) kwasu solnego (HCl), aby zminimalizować modyfikacje chemiczne, które mogą zostać wprowadzone podczas ekstrakcji.

Aby rozpuścić starożytne białka, można zastosować ciepło, sonikację , środki chaotropowe ( mocznik / chlorowodorek guanidyny , GnHCl), detergenty lub inne bufory. Alkilowanie i redukcja są często włączane do cysteiny w celu przerwania wiązań dwusiarczkowych i uniknięcia sieciowania .

Po demineralizacji, solubilizacji białek, alkilowaniu i redukcji konieczna jest wymiana buforu, aby zapewnić zgodność ekstraktów z dalszą analizą. Obecnie istnieją trzy szeroko stosowane protokoły dla starożytnych białek i żeli (GASP), filtrów (FASP) i kulek magnetycznych (SP3), które można wykorzystać do tego celu. Po zakończeniu wymiany buforu ekstrakty inkubuje się z enzymami trawiącymi, a następnie zatęża, oczyszcza i odsala.

W przypadku niezmineralizowanych materiałów archeologicznych, takich jak pergaminy, skóry i obrazy, demineralizacja nie jest konieczna, a protokoły można zmieniać w zależności od zachowania próbki i wielkości próbki.

Instrumentacja i analiza danych

Obecnie paleoproteomika jest zdominowana przez dwie techniki oparte na spektrometrii mas: MALDI-ToF (desorpcja laserowa wspomagana matrycą/jonizacja-czas przelotu) oraz LC-MS/MS . MALDI - ToF służy do określania stosunku masy do ładunku (m/z) jonów i ich wzorców pików. Strawione peptydy nanosi się na płytkę MALDI, współkrystalizuje z matrycą (głównie kwas α-cyjano-4-hydroksycynamonowy , CHCA); laser wzbudza i jonizuje matrycę, a następnie mierzy się czas przebycia rury próżniowej i przekształca na widmo stosunków i natężeń m/z.

Ponieważ scharakteryzowano tylko wzorce pików, a nie całe sekwencje aminokwasowe trawionych peptydów, do dopasowania wzorców i identyfikacji starożytnych białek potrzebne są markery peptydowe. W kontekstach archeologicznych MALDI-ToF był rutynowo używany do kości i kolagenu w dziedzinie znanej jako ZooMS (zooarchaeolgia za pomocą spektrometrii mas).

LC-MS/MS to inne szeroko stosowane podejście. Jest to potężna technika analityczna do oddzielania, sekwencjonowania i oznaczania ilościowego złożonych mieszanin białek. Pierwszym krokiem w LC-MS/MS jest chromatografia cieczowa. Mieszaniny białek rozdziela się w ciekłej fazie ruchomej za pomocą kolumny stacjonarnej. Sposób interakcji analitów ciekłych z fazą stacjonarną zależy od ich wielkości, ładunku, hydrofobowości i powinowactwa. Różnice te prowadzą do różnych elucji i retencji (kiedy składnik mieszaniny opuszcza kolumnę). Po chromatograficznym rozdzieleniu składniki białkowe są jonizowane i wprowadzane do spektrometrów masowych. Podczas pierwszego skanu masy (MS1) mierzone są stosunki m/z jonów prekursorowych. Wybrane prekursory są dalej fragmentowane, a stosunki m/z jonów fragmentacyjnych są określane w drugim skanie masowym (MS2). Istnieją różne metody fragmentacji, na przykład wysokoenergetyczna dysocjacja pułapki C (HCD) i dysocjacja wywołana kolizją (CID), ale często celem są jony b i y.

Wyszukiwarki i narzędzia programowe są często używane do przetwarzania starożytnych danych MS/MS, w tym MaxQuant, Mascot i PEAKS. Dane sekwencji białek można pobrać z publicznych banków genów ( UniProt / NCBI ) i wyeksportować jako pliki FASTA do algorytmów sekwencjonowania. Ostatnio zwrócono uwagę na otwarte wyszukiwarki, takie jak MetaMorpheus, pFind i Fragpipe, ponieważ umożliwiają one identyfikację wszystkich modyfikacji związanych z dopasowaniami widmowymi peptydów (PSM).

Sekwencjonowanie de novo jest również możliwe do analizy starożytnych widm MS/MS. Jest to technika sekwencjonowania, która łączy sekwencje aminokwasowe bezpośrednio z widm bez referencyjnych baz danych. Postępy w głębokim uczeniu się prowadzą również do rozwoju wielu potoków, takich jak DeNovoGUI, DeepNovo2 i Casanovo. Jednak ocena wyników sekwencji de novo może być trudna, a dla starożytnych białek może być wymagana optymalizacja, aby zminimalizować fałszywe alarmy i nadmierne dopasowanie.

Aplikacje

Paleoproteomy

  • Kości. Starożytne kości są jednymi z najlepiej scharakteryzowanych i ikonicznych paleoproteomów. Starożytne proteomy kości zostały zsekwencjonowane z hominidów , ludzi, mamutów , moa i obecnie wymarłych nosorożców . Kolagen włóknisty jest najobficiej występującym białkiem we współczesnych kościach; podobnie typu 1 i III są również powszechne w zapisach archeologicznych. Podczas gdy współczesne kości zawierają około 10% białek niekolagenowych (NCP), odnotowano różne NCP, w tym osteokalcynę , biglikan i lumikan . Ogólnie rzecz biorąc, NCP są doskonałymi celami do badania historii ewolucji, ponieważ mają wyższy wskaźnik rotacji niż kości. Biorąc pod uwagę obfitość starożytnych proteomów kostnych, dostępny jest oddolny przepływ pracy proteomicznej znany jako SPIN (Species by Proteome INvestigation) do wysokowydajnej analizy 150 milionów kości ssaków.
  • Zęby. Szkliwo zębów jest jedną z najtwardszych i najbardziej zmineralizowanych tkanek w organizmie człowieka, ponieważ składa się głównie z kryształów hydroksyapatytu. Podczas gdy proteom szkliwa jest mały, starożytne amelogeniny i inne białka istotne dla ameloblastów są często dobrze zachowane w zmineralizowanym, zamkniętym systemie. Starożytne białka szkliwa są przydatne, gdy aDNA lub inne białka nie przeżywają, i zostały przeanalizowane, aby zrozumieć wymarłe gatunki i ewolucję.
  • Muszle. Muszle archeologiczne zawierają również bogate palaoproteomy. Podobnie jak szkliwo zębów, są mniej lub bardziej zamkniętymi systemami, które izolują białka od wody lub innych sił degradacji. Stratiokalcyna-1 i -2 są bezpiecznie identyfikowane w próbkach skorupek jaj strusich 3,8 Ma w miejscu Laetoli w Tazanii. lektyny typu C są związane z biomineralizacją i znajdują się również w skorupach wymarłych dużych ptaków zebranych z Australii. Biorąc pod uwagę wiek skorupy jaja strusiego, zweryfikowano go za pomocą kombinacji sześciu metod: replikacji analitycznej (te same próbki analizowane w różnych laboratoriach), racemizacji aminokwasów (stosunki D/L), analizy pozostałości (przed i po wstrzyknięciu popłuczyny w celu oceny stopnia przeniesienia w spektrometrach mas), wzorców uszkodzeń (deamidacja/utlenianie/fosforylacja/amidacja/rozkład) oraz badania aDNA. Te niezależne procedury zapewniają autentyczność najstarszych sekwencji peptydowych.

Inne złożone mieszaniny

  • Ceramika i skórki spożywcze. Scharakteryzowano różne starożytne białka dietetyczne z ceramiki i związanych z nią skórek żywności (zwęglone i kalcytowe osady na naczyniach ceramicznych). W tym kontekście dominują białka beta-laktoglobulin mleka krowiego, owczego i koziego, ale są też kazeiny mleka (kazeina alfa-, beta- i kappa), hemoglobiny krwi zwierzęcej oraz szeroka gama białek roślinnych ( gluteniny pszenicy , hordeiny jęczmienia) , rośliny strączkowe i inne białka magazynujące nasiona). Identyfikacja tych starożytnych środków spożywczych może być wykorzystana do zrozumienia, w jaki sposób żywność była przygotowywana, gotowana i spożywana w przeszłości. Oczywiste jest również, że archeologiczna ceramika i skorupy pokarmowe są złożonymi mieszaninami zawierającymi metaproteomy (wiele proteomów).

Wyzwania analityczne

Podczas gdy paleoproteomika jest użytecznym narzędziem dla szerokiego wachlarza pytań badawczych, istnieją pewne wyzwania analityczne, które uniemożliwiają wykorzystanie jej potencjału. Pierwsza kwestia to konserwacja. Wiązanie minerałów wydaje się stabilizować białka, ale jest to złożony, dynamiczny proces, który nie był systematycznie badany w różnych kontekstach archeologicznych i pogrzebowych.

Destrukcyjne pobieranie próbek to kolejny problem, który może spowodować nieodwracalne uszkodzenia materiałów archeologicznych. Chociaż opracowywane są minimalnie niszczące lub nieniszczące metody pobierania próbek pergaminów, kości, zmumifikowanych tkanek i skór, nie jest jasne, czy są one odpowiednie dla innych rodzajów szczątków, takich jak kamień nazębny, ceramika i skorupy pokarmowe.

Równie trudna jest ekstrakcja białek związanych z minerałami ze względu na ich małą liczebność, rozległą degradację i często silne oddziaływania międzycząsteczkowe (wiązania wodorowe, dyspersja, oddziaływania jon-dipol i dipol-dipol) z matrycą mineralną. Starożytne białka różnią się również stanem zachowania, hydrofobowością, rozpuszczalnością i optymalnymi wartościami pH; nadal wymagany jest rozwój metodologiczny, aby zmaksymalizować odzysk białka.

Identyfikacja starożytnych białek nadal stanowi wyzwanie, ponieważ algorytmy przeszukiwania baz danych nie są zoptymalizowane pod kątem słabych i uszkodzonych starożytnych białek, co zwiększa prawdopodobieństwo wyników fałszywie dodatnich i fałszywie ujemnych. Istnieje również kwestia ciemnych proteomów (nieznane regiony białek, których nie można zsekwencjonować); około 44-54% białek u eukariontów , takich jak zwierzęta i rośliny, jest ciemnych. Referencyjne bazy danych są również stronnicze w stosunku do organizmów modelowych, takich jak drożdże i myszy , a aktualne dane sekwencyjne mogą nie obejmować wszystkich materiałów archeologicznych.

Wreszcie, podczas gdy deaminacja cytozyny (cytozyna jest przekształcana z czasem w uracyl , co powoduje błędne odczyty) była szeroko stosowana w uwierzytelnianiu aDNA, nie ma znormalizowanych procedur uwierzytelniania starożytnych białek. Ten problem z uwierzytelnieniem jest podkreślony przez identyfikację 78 Ma Brachylophosaurus canadensis ( hadrosaur ) i 68 Ma Tyrannosaurus rex peptydów kolagenowych. Brak modyfikacji potranslacyjnych i późniejsze badania eksperymentalne wskazują, że sekwencje te mogą pochodzić z biofilmów bakteryjnych , zanieczyszczeń krzyżowych próbek kontrolnych lub nowoczesnych procedur laboratoryjnych.

Przyszłe kierunki

Pomimo znacznych wyzwań analitycznych, paleoproteomika stale się rozwija i przyjmuje nowe technologie. Najnowsza wysokowydajna spektrometria mas, na przykład TimsToF (ruchliwość uwięzionych jonów-czas przelotu) w trybie DIA (akwizycja niezależna od danych) może pomóc w separacji, selekcji i rozdzielczości starożytnych danych MS/MS. Nowe protokoły ekstrakcji, takie jak procedury wspomagane DES ( Deep Eutectic Solvent ), mogą zwiększyć liczbę i typy ekstrahowanych paleoproteomów. Dzięki postępowi bioinformatyki, uczenia maszynowego i sztucznej inteligencji ulepszane są również narzędzia identyfikacji.

Użyteczne narzędzia

Publiczne magazyny surowych danych

Referencyjne bazy danych

Wyszukiwanie bazy danych

Otwórz wyszukiwanie

Programy de novo

Zobacz też

Dalsza lektura

strony Wikipedii

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ancient_protein&oldid=1141725879 ”