Domena homologii Pleckstrina
 Domena PH kinazy tyrozynowo-białkowej BTK
| |||||||||
| Identyfikatory | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Symbol | PH | ||||||||
| Pfam | PF00169 | ||||||||
| Klan Pfamów | CL0266 | ||||||||
| InterPro | IPR001849 | ||||||||
| MĄDRY | PH | ||||||||
| PROZYT | PDOC50003 | ||||||||
| SCOP2 | 1dyn / ZAKRES / SUPFAM | ||||||||
| Nadrodzina OPM | 49 | ||||||||
| Białko OPM | 1 proszę | ||||||||
| CDD | cd00821 | ||||||||
| |||||||||
Domena homologii Pleckstryna ( domena PH ) lub ( PHIP ) to domena białkowa złożona z około 120 aminokwasów , która występuje w szerokim zakresie białek zaangażowanych w sygnalizację wewnątrzkomórkową lub jako składniki cytoszkieletu .
Domena ta może wiązać lipidy fosfatydyloinozytolu w błonach biologicznych (takie jak (3,4,5)-trifosforan fosfatydyloinozytolu i (4,5)-bisfosforan fosfatydyloinozytolu ) oraz białka, takie jak podjednostki βγ heterotrimerycznych białek G i kinaza białkowa C . Poprzez te interakcje domeny PH odgrywają rolę w rekrutacji białek do różnych błon , kierując je w ten sposób do odpowiednich przedziałów komórkowych lub umożliwiając im interakcję z innymi składnikami błony komórkowej. szlaki przekazywania sygnału .
Specyficzność wiązania lipidów
Poszczególne domeny PH posiadają specyficzność wobec fosfoinozytydów fosforylowanych w różnych miejscach w pierścieniu inozytolu , np. niektóre wiążą (4,5)-bisfosforan fosfatydyloinozytolu, ale nie (3,4,5)-trifosforan fosfatydyloinozytolu lub (3,4)-bisfosforan fosfatydyloinozytolu , podczas gdy inne mogą posiadać wymagane powinowactwo. Jest to ważne, ponieważ sprawia, że rekrutacja różnych domen PH zawierających białka jest wrażliwa na aktywność enzymów, które fosforylują lub defosforylują te miejsca w pierścieniu inozytolu, takich jak 3-kinaza fosfoinozytydowa lub PTEN , odpowiednio. Zatem takie enzymy wywierają część swojego wpływu na funkcję komórki poprzez modulowanie lokalizacji dalszych białek sygnalizacyjnych, które posiadają domeny PH zdolne do wiązania ich produktów fosfolipidowych.
Struktura
Określono strukturę 3D kilku domen PH. Wszystkie znane przypadki mają wspólną strukturę składającą się z dwóch prostopadłych , antyrównoległych arkuszy beta , po których następuje C-końcowa helisa amfipatyczna . Pętle łączące nici beta różnią się znacznie długością, co sprawia, że domena PH jest stosunkowo trudna do wykrycia, zapewniając jednocześnie źródło specyficzności domeny. Jedyną konserwatywną resztą wśród domen PH jest pojedynczy tryptofan zlokalizowany w helisie alfa , który służy do zarodkowania rdzenia domeny.
Białka zawierające domenę PH
Domeny PH można znaleźć w wielu różnych białkach, takich jak OSBP lub ARF . Rekrutacja do aparatu Golgiego jest w tym przypadku uzależniona zarówno od PtdIns, jak i ARF. Duża liczba domen PH ma słabe powinowactwo do fosfoinozytydów i przypuszcza się, że działają jako domeny wiążące białka. Spojrzenie na cały genom Saccharomyces cerevisiae wykazało, że większość z 33 domen PH drożdży rzeczywiście nieregularnie wiąże się z fosfoinozytydami, podczas gdy tylko jedna (Num1-PH) zachowywała się wysoce specyficznie. Białka, o których wiadomo, że zawierają domeny PH, należą do następujących rodzin:
- Pleckstrin , białko, w którym po raz pierwszy wykryto tę domenę, jest głównym substratem kinazy białkowej C w płytkach krwi. Pleckstrin zawiera dwie domeny PH. Białka ARAP zawierają pięć domen PH.
- Kinazy białkowe specyficzne dla seryny/treoniny, takie jak rodzina Akt/Rac, kinaza białkowa D1 i rodzina trypanosomalna NrkA.
- Niereceptorowe kinazy tyrozynowe należące do podrodziny Btk/Itk/Tec.
- Substrat receptora insuliny 1 ( IRS-1 ).
- Regulatory małych białek G : 64 RhoGEF z rodziny Dbl-podobnych i kilka białek aktywujących GTPazę, takich jak białka ABR, BCR lub ARAP.
- Białka cytoszkieletowe, takie jak dynamina (patrz InterPro : IPR001401 ), Caenorhabditis elegans białko kinezynopodobne unc-104 (patrz InterPro : IPR001752 ), łańcuch beta spektryny, syntrofina (2 domeny PH) i białko migracji jądrowej S. cerevisiae NUM1.
- Białka wiążące oksysterol OSBP, S. cerevisiae OSH1 i YHR073w.
- Kinaza ceramidowa , kinaza lipidowa, która fosforyluje ceramidy do ceramido-1-fosforanu.
- Kinazy receptora białka G (GRK) z podrodziny GRK2 (kinazy receptora beta-adrenergicznego): GRK2 i GRK3 .
Podrodziny
Przykłady
Ludzkie geny kodujące białka zawierające tę domenę obejmują:
- ABR, ADRBK1 , ADRBK2 , AFAP, AFAP1 , AFAP1L1, AFAP1L2, AKAP13, AKT1 , AKT2 , AKT3 , ANLN , APBB1IP , APPL1 , APPL2 , ARHGAP10, ARHGAP12 , ARHGAP15 , ARHGAP21, ARHGAP22, ARHGAP23, ARHGA P24, ARHGAP25 , ARHGAP26 , ARHGAP27 , ARHGAP9 , ARHGEF16, ARHGEF18, ARHGEF19, ARHGEF2 , ARHGEF3 , ARHGEF4 , ARHGEF5 , ARHGEF6 , ARHGEF7 , ARHGEF9 , ASEF2,
- BMX , BTK ,
- C20orf42 , C9orf100, CADPS , CADPS2 , CDC42BPA , CDC42BPB, CDC42BPG, CENTA1 , CENTA2 , CENTB1 , CENTB2 , CENTB5, CENTD1 , CENTD2 , CENTD3 , CENTG1 , CENTG2 , CENTG3 , CERK , CIT , CNKSR1 , CNKSR2 , COL4A3BP , CTGLF1, CTGLF2, CTGLF3, * CTGLF4, CTGLF5, CTGLF6,
- Dab2ip , dapp1 , ddef1 , ddef2 , ddefl1, def6, depdc2, dgkd , dgkh, dgkk, dnm1, dnm2, dnm3 , Dock10 , Dock11 , Dock9 , Dok1 , Dok2 , Dok3 , DoK4 , dokt5 , DTGCU2,
- EXOC8 ,
- FAM109A, FAM109B, FARP1 , FARP2 , FGD1 , FGD2 , FGD3 , FGD4 , FGD5, FGD6,
- GAB1 , GAB2 , GAB3 , GAB4, GRB10 , GRB14 , GRB7 ,
- IRS1 , IRS2 , IRS4 , ITK , ITSN1 , ITSN2 ,
- KALRN , KIF1A , KIF1B , KIF1Bbeta,
- MCF2 , MCF2L , MCF2L2, MRIP , MYO10 ,
- NET1 , NGEF ,
- OBPH1, OBSCN , OPHN1 , OSBP , OSBP2 , OSBPL10, OSBPL11 , OSBPL3 , OSBPL5 , OSBPL6, OSBPL7, OSBPL8 , OSBPL9 ,
- PHLDA2 , PHLDA3, PHLDB1 , PHLDB2 , PHLPP , PIP3-E, PLCD1 , PLCD4 , PLCG1 , PLCG2 , PLCH1 , PLCH2 , PLCL1, PLCL2, PLD1 , PLD2 , PLEK , PLEK2 , PLEKHA1 , PLEKHA2, PLEKHA3, PLEKHA4, PLEKHA5 , PLEKHA6 , PLEKHA7 , PLEKHA8 , PLEKHB1, PLEKHB2 , PLEKHC1 , PLEKHF1, PLEKHF2 , PLEKHG1, PLEKHG2 , PLEKHG3, PLEKHG4 , PLEKHG5 , PLEKHG6, PLEKHH1, PLEKHH2, PLEKHH3, PLEKHJ1, PLEKHK1, PLEKHM1, PLEKHM2, PLEKHO1, PLEKHQ1 , PREX1 , PRKCN , PRKD1 , PRKD2 , PRKD 3 , PSCD1 , PSCD2 , PSCD3 , PSCD4 , PSD , PSD2 , PSD3 , PSD4, RALGPS1 , RALGPS2, RAPH1 ,
- RASA1 , RASA2, RASA3 , RASA4 , RASAL1, RASGRF1 , RGNEF, ROCK1 , ROCK2 , RTKN ,
- SBF1 , SBF2 , SCAP2, SGEF , SH2B, SH2B1 , SH2B2 , SH2B3 , SH3BP2 , SKAP1, SKAP2 , SNTA1 , SNTB1 , SNTB2 , SOS1 , SOS2 , SPATA13 , SPNB4, SPTBN1 , SPTBN2 , SPTBN4 , SP TBN5 , STAP1 , SWAP70 , SYNGAP1 ,
- TBC1D2, TEC , TIAM1 , TRIO , TRIOBP , TYL,
- URP1, URP2,
- VAV1 , VAV2 , VAV3 , VEPH1
Zobacz też
- Pleckstrina
- Niepowiązana domena FYVE wiąże 3-fosforan fosfatydyloinozytolu i została znaleziona w ponad 60 białkach.
- Domena GRAM jest strukturalnie pokrewną domeną białkową.
Linki zewnętrzne
- Domeny interakcji białek Nash Lab - opis domeny PH [ stały martwy link ]
- UMich Orientacja białek w rodzinach/nadrodzinach błon komórkowych-51 - Obliczone orientacje domen PH w błonach