Długość powtórzeń nukleosomów

Długość powtórzeń nukleosomów ( NRL ) to średnia odległość między środkami sąsiednich nukleosomów . NRL jest ważną fizyczną chromatyny , która określa jej funkcję biologiczną. NRL można określić w całym genomie dla chromatyny w danym typie komórki i stanie lub lokalnie dla wystarczająco dużego regionu genomowego zawierającego kilka nukleosomów .

W chromatynie sąsiednie nukleosomy są oddzielone łącznikowym DNA , aw wielu przypadkach także łącznikowym histonem H1 oraz białkami niehistonowymi. Ponieważ rozmiar nukleosomu jest zwykle stały (146-147 par zasad), NRL jest głównie określany przez rozmiar regionu łącznikowego między nukleosomami. Alternatywnie, częściowe odwijanie DNA z oktameru histonowego lub częściowy demontaż oktameru histonowego może zmniejszyć efektywny rozmiar nukleosomu, a tym samym wpłynąć na NRL.

Wcześniejsze badania sięgające lat 70. XX wieku wykazały, że ogólnie NRL jest różny dla różnych gatunków, a nawet dla różnych typów komórek tego samego organizmu. Ponadto ostatnie publikacje donosiły o zmianach NRL dla różnych regionów genomowych tego samego typu komórek. W ostatnich pracach porównano NRL wokół drożdżowych miejsc startu transkrypcji (TSS) in vivo i odtworzonej chromatyny na tych samych DNA in vitro. Wykazano, że uporządkowane pozycjonowanie nukleosomów powstaje tylko w przypadku przebudowy chromatyny zależnej od ATP . Ponadto doniesiono, że NRL określony wokół TSS drożdży jest wartością niezmienną uniwersalną dla danego szczepu drożdży typu dzikiego, chociaż może się zmieniać, gdy brakuje jednego z remodelerów chromatyny. Ogólnie rzecz biorąc, NRL zależy od sekwencji DNA, stężeń histonów i białek niehistonowych , a także od interakcji dalekiego zasięgu między nukleosomami. NRL określa właściwości geometryczne macierzy nukleosomów, a tym samym upakowanie DNA wyższego rzędu we włóknie chromatyny, co może wpływać na ekspresję genów .