domena POU
| Domena Pou - N-terminal do | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| identyfikatorów domeny homeobox | |||||||||
| Symbol | Pou | ||||||||
| Pfam | PF00157 | ||||||||
| InterPro | IPR000327 | ||||||||
| PROZYTA | PDOC00035 | ||||||||
| SCOP2 | 1oct / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
POU (wymawiane „pow”) to rodzina białek , które mają dobrze zachowane homeodomeny .
Etymologia
Akronim POU pochodzi od nazw trzech czynników transkrypcyjnych:
- specyficzny dla przysadki Pit -1
- białka oktameru transkrypcyjnego czynnika Oct-1 i Oct-2 (sekwencja oktameru to ATGCAAAT)
- neuronowy czynnik transkrypcyjny Unc -86 z Caenorhabditis elegans .
Różnorodność
Geny domeny POU zostały opisane w organizmach tak różnych, jak Caenorhabditis elegans , Drosophila , Xenopus , danio pręgowany i człowiek, ale nie zostały jeszcze zidentyfikowane w roślinach i grzybach .
Porównania genów domeny POU u zwierząt sugerują, że rodzinę można podzielić na sześć głównych klas (POU1-POU6). Pit-1 jest częścią klasy POU1, Oct-1 i Oct-2 są członkami POU2, a Unc-86 jest członkiem POU4 . Sześć klas rozdzieliło się na wczesnym etapie ewolucji zwierząt: klasy POU1, POU3, POU4 i POU6 wyewoluowały przed ostatnim wspólnym przodkiem gąbek i eumetazoanów , POU2 wyewoluował w Bilatera , a POU5 wydaje się być unikalny dla kręgowców .
Istnieje zaskakująco wysoki stopień zachowania sekwencji aminokwasowej (37% -42%) homeodomen POU względem regulatora transkrypcji comS, białka kompetencyjnego z Gram- dodatniego prokariota Bacillus subtilis . Podobnie do sposobu, w jaki regulatory homeodomen POU prowadzą do różnicowania tkanek u metazoanów , ten czynnik transkrypcyjny ma kluczowe znaczenie dla różnicowania subpopulacji B. subtilis w stan kompetencji genetycznych .
Funkcjonować
Białka POU są eukariotycznymi czynnikami transkrypcyjnymi zawierającymi dwuczęściową domenę wiążącą DNA, określaną jako domena POU. Różni członkowie rodziny POU pełnią różnorodne funkcje, z których wszystkie są związane z funkcją układu neuroendokrynnego i rozwojem organizmu. Niektóre inne geny są również regulowane, w tym te dla lekkich i ciężkich immunoglobulin (Oct-2) oraz geny hormonów troficznych , takie jak te dla prolaktyny i hormonu wzrostu (Pit-1).
Struktura
Domena POU jest domeną dwudzielną złożoną z dwóch podjednostek oddzielonych niezachowanym regionem o długości 15-55 aa. Podjednostka N-końcowa jest znana jako domena specyficzna dla POU (POU) ( InterPro : IPR000327 ), podczas gdy podjednostka C-końcowa jest domeną homeobox ( InterPro : IPR007103 ). Dostępne są struktury 3D kompleksów, w tym obie subdomeny POU związane z DNA. Obie subdomeny zawierają motyw strukturalny „ helix-turn-helix”. ', który bezpośrednio łączy się z dwoma składnikami dwuczęściowych miejsc wiązania DNA i oba są wymagane do wiązania DNA specyficznego dla sekwencji o wysokim powinowactwie. Domena może być również zaangażowana w interakcje białko-białko. Subdomeny są połączone elastycznym linkerem . W białkach domenie specyficznej dla POU zawsze towarzyszy homeodomena. Pomimo braku homologii sekwencji, struktura 3D POU jest podobna do struktury 3D represora bakteriofaga lambda i innych członków rodziny HTH_3.
Przykłady
Ludzkie geny kodujące białka zawierające domenę POU i pokrewne pseudogeny obejmują:
- HDX;
- POU1F1 ;
- POU2F1 ; POU2F2 ; POU2F3 ;
- POU3F1 ; POU3F2 ; POU3F3 ; POU3F4 ;
- POU4F1 ; POU4F2 ; POU4F3 ;
- POU5F1 ; POU5F1B; POU5F1P2; POU5F1P3; POU5F1P4; POU5F1P5; POU5F1P6; POU5F1P7;
- POU5F2;
- POU6F1; POU6F2