EGR1

EGR1
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologiczne:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, odpowiedź na wczesny wzrost 1
Identyfikatory zewnętrzne
Lokalizacja genu ( człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
	; ;
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Komponent komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
ortologi
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

EGR-1 (białko odpowiedzi wczesnego wzrostu 1), znane również jako ZNF268 (białko palca cynkowego 268) lub NGFI-A (białko A indukowane czynnikiem wzrostu nerwów) jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen EGR1 .

EGR-1 jest ssaczym czynnikiem transkrypcyjnym . Został również nazwany Krox-24, TIS8 i ZENK . Pierwotnie został odkryty u myszy .

Funkcjonować

Białko kodowane przez ten gen należy do rodziny białek palca cynkowego typu Cys ₂ His ₂ EGR . Jest białkiem jądrowym i działa jako regulator transkrypcji. Produkty docelowych genów, które aktywuje, są niezbędne do różnicowania i mitogenezy . Badania sugerują, że jest to gen supresorowy guza .

Ma wyraźny wzór ekspresji w mózgu, a wykazano, że jego indukcja jest związana z aktywnością neuronów. Kilka badań sugeruje, że odgrywa rolę w plastyczności neuronów .

EGR-1 jest ważnym czynnikiem transkrypcyjnym w tworzeniu pamięci . Odgrywa istotną rolę w epigenetycznym przeprogramowaniu neuronów mózgu . EGR-1 rekrutuje TET1 , które inicjuje szlak demetylacji DNA . Usunięcie śladów metylacji DNA umożliwia aktywację dalszych genów. EGR-1 wraz z TET1 jest wykorzystywany do programowania dystrybucji miejsc metylacji w DNA mózgu podczas rozwoju mózgu, uczenia się i długoterminowej plastyczności neuronów . Stwierdzono również, że EGR-1 reguluje ekspresję VAMP2 (białka ważnego dla egzocytozy synaptycznej ).

Oprócz jego funkcji w układzie nerwowym istnieją znaczące dowody na to, że EGR-1 wraz z jego paralogiem EGR-2 jest indukowany w chorobach zwłóknieniowych, pełni kluczowe funkcje w fibrynogenezie i jest niezbędny do eksperymentalnie wywołanego zwłóknienia u myszy.

Może być również zaangażowany w czynność jajników

Struktura

Domena wiążąca DNA EGR-1 składa się z trzech domen palca cynkowego typu Cys ₂ His ₂ . Struktura aminokwasowa domeny palca cynkowego EGR-1 jest podana w tej tabeli, przy użyciu jednoliterowego kodu aminokwasowego. Palce od 1 do 3 są oznaczone przez f1 - f3. Liczby odnoszą się do reszt (aminokwasów) helisy alfa (nie ma zera). Pozostałości oznaczone jako „x” nie są częścią palców cynkowych, ale służą do połączenia ich wszystkich razem.


																				-1	1	2	3	4	5	6	7	8	9			X	X	X	X	X
f1	M	A	mi	mi	R	P	Y	A	C	P	V	mi	S	C	D	R	R	F	S	R	S	D	mi	Ł	T	R	H	I	R	I	H	T	G	Q	k	P
f2							F	Q	C	R	I	-	-	C	M	R	N	F	S	R	S	D	H	Ł	T	T	H	I	R	T	H	T	G	mi	k	P
f3							F	A	C	D	I	-	-	C	G	R	k	F	A	R	S	D	mi	R	k	R	H	T	k	I	H	Ł	R	Q	k	D

Klucz aminokwasowy: alanina (Ala, A), arginina (Arg, R), asparagina (Asn, N), kwas asparaginowy (Asp, D), cysteina (Cys, C), kwas glutaminowy (Glu, E), glutamina ( Gln, Q), glicyna (Gly, G), histydyna (His, H), izoleucyna (Ile, I), leucyna (Leu, L), lizyna (Lys, K), metionina (Met, M), fenyloalanina (Phe , F), prolina (Pro, P), seryna (Ser, S), treonina (Thr, T), tryptofan (Trp, W), tyrozyna (Tyr, Y), walina (Val, V)

Struktura krystaliczna DNA związanego przez domenę palca cynkowego EGR-1 została rozwiązana w 1991 roku, co znacznie pomogło wczesnym badaniom domen wiążących DNA palca cynkowego .

Ludzkie białko EGR-1 zawiera (w postaci nieprzetworzonej) 543 aminokwasy o masie cząsteczkowej 57,5 kDa , a gen znajduje się na chromosomie 5 .

Specyficzność wiązania DNA

EGR-1 wiąże sekwencję DNA 5'-GCG TGG GCG-3' (oraz podobne jak 5'-GCG GGG GCG-3'). Pozycja f1 6 wiąże 5' G (pierwsza liczba zasad od lewej); pozycja f1 3 do drugiej bazy (C); f1 pozycja -1 wiąże się z trzecią pozycją (G); f2 pozycja 6 do czwartej bazy (T); i tak dalej.

Interakcje

Wykazano, że EGR-1 wchodzi w interakcje z:

Zobacz też

Palec cynkowy

Dalsza lektura

Heath RG (marzec 1975). „Funkcje i zachowanie mózgu. I. Emocje i zjawiska sensoryczne u pacjentów psychotycznych i zwierząt doświadczalnych”. Dziennik chorób nerwowych i psychicznych . 160 (3): 159–75. doi : 10.1097/00005053-197503000-00002 . PMID 1090709 . S2CID 23024944 .
Silverman ES, Collins T (marzec 1999). „Szlaki transkrypcji genów za pośrednictwem Egr-1 w biologii naczyniowej” . Amerykański Dziennik Patologii . 154 (3): 665–70. doi : 10.1016/S0002-9440(10)65312-6 . PMC 1866415 . PMID 10079243 .
Adamson ED, Mercola D (2002). „Czynnik transkrypcyjny Egr1: wiele ról we wzroście i przeżyciu komórek nowotworu prostaty”. Biologia nowotworów . 23 (2): 93–102. doi : 10.1159/000059711 . PMID 12065847 . S2CID 46795197 .
Blaschke F, Bruemmer D, Law RE (sierpień 2004). „Egr-1 jest głównym patogennym czynnikiem transkrypcyjnym naczyniowym w miażdżycy tętnic i restenozie”. Recenzje w zaburzeniach endokrynologicznych i metabolicznych . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023/B:REMD.0000032413.88756.ee . PMID 15211096 . S2CID 11968305 .
Abdulkadir SA (listopad 2005). „Mechanizmy nowotworzenia prostaty: role czynników transkrypcyjnych Nkx3.1 i Egr1”. Roczniki Akademii Nauk w Nowym Jorku . 1059 (1): 33–40. Bibcode : 2005NYASA1059...33A . doi : 10.1196/annals.1339.018 . PMID 16382041 . S2CID 6774788 .
Khachigian LM (luty 2006). „Wczesna odpowiedź wzrostowa-1 w patofiologii układu sercowo-naczyniowego” . Badania krążenia . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161/01.RES.0000200177.53882.c3 . PMID 16456111 .

Linki zewnętrzne

Zif + 268 + białko, + człowiek w US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
FactorBook Egr-1
Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : P18146 (białko 1 ludzkiej odpowiedzi na wczesny wzrost) w PDBe-KB .
Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : P08046 (białko odpowiedzi wczesnego wzrostu myszy 1) w PDBe-KB .